PDB-5dul: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase from Yersinia pes...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dul

タイトル

1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase from Yersinia pestis in complex with NADPH

要素

1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / structural genomics / IDP00499 / xylulose / reductoisomerase / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway involved in terpenoid biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity / NADPH binding / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Mulligan, R. / Stam, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272200700058C	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201200026C	米国

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase from Yersinia pestis in complex with NADPH .
著者: Osipiuk, J. / Mulligan, R. / Stam, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2015年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dul.cif.gz	573.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dul.ent.gz	476.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dul.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/5dul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/5dul	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3iieS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ann-d 4zn6-d 5kqo-d 1onp-d 5jo0-d 1jvs-d 2egh-d 1ono-d 5krv-d 3anl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: idp00499

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

B: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

C: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

D: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

ヘテロ分子

177 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

B: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

D: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.306, 121.306, 86.827
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4- ...DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate synthase 分子量: 43430.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: dxr, YPO1048, y3131, YP_2802 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8ZH62, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES buffer, 25% PEG 3350, 10 mM NADPH

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月28日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.558
1	1	K, H, -L	2	0.442

反射

解像度: 2.6→35.1 Å / Num. all: 43562 / Num. obs: 43562 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.111 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.123 / Χ²: 1.372 / Net I/av σ(I): 16.666 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 230854

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.6-2.64	4.6	0.738	2	2185	0.871	0.379	0.832	0.874	98.8
2.64-2.69	4.9	0.683		2169	0.887	0.342	0.766	0.866	99.9
2.69-2.74	5.2	0.642		2165	0.921	0.314	0.716	0.894	99.8
2.74-2.8	5.3	0.556		2205	0.947	0.267	0.617	0.905	99.7
2.8-2.86	5.4	0.484		2176	0.938	0.231	0.537	0.936	100
2.86-2.93	5.4	0.436		2148	0.963	0.208	0.484	0.988	99.6
2.93-3	5.4	0.352		2182	0.974	0.168	0.391	1.111	99.5
3-3.08	5.5	0.288		2190	0.974	0.136	0.319	1.247	99.8
3.08-3.17	5.5	0.263		2221	0.977	0.124	0.291	1.288	99.9
3.17-3.28	5.6	0.222		2145	0.981	0.103	0.245	1.32	99.4
3.28-3.39	5.7	0.18		2154	0.987	0.083	0.198	1.529	100
3.39-3.53	5.7	0.145		2220	0.989	0.067	0.16	1.677	100
3.53-3.69	5.7	0.122		2167	0.994	0.056	0.134	1.708	100
3.69-3.88	5.6	0.105		2184	0.994	0.049	0.116	1.74	100
3.88-4.13	5.5	0.092		2205	0.996	0.044	0.102	1.715	100
4.13-4.45	5.3	0.083		2167	0.994	0.041	0.093	1.775	99.9
4.45-4.89	5.2	0.075		2180	0.995	0.037	0.084	1.714	100
4.89-5.6	5.2	0.079		2180	0.995	0.039	0.088	1.704	100
5.6-7.05	5.1	0.075		2215	0.995	0.037	0.084	1.6	100
7.05-50	4.3	0.065		2104	0.992	0.036	0.075	1.745	96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IIE

3iie

解像度: 2.6→35.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 24.602 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2382	2208	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1936	-	-	-
obs	0.1959	41318	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 162.69 Å² / B_iso mean: 75.532 Å² / B_iso min: 37.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	45.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	45.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-90.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→35.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11481	0	192	17	11690
B_iso mean	-	-	70.87	51.75	-
残基数	-	-	-	-	1519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	11844
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11504
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.516	1.994	16083
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.82	3	26434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.635	5	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.844	24.283	474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.744	15	2038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.128	15	85
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	13271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.241	6.183	6065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.242	6.183	6064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.274	9.266	7562

LS精密化シェル

解像度: 2.603→2.671 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	124	-
R_work	0.303	3003	-
all	-	3127	-
obs	-	-	95.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0812	0.045	-0.2172	0.1061	-0.2054	0.6906	-0.0237	0.0289	0.0346	-0.1025	0.0642	0.0055	0.1517	-0.1417	-0.0405	0.1096	-0.0607	-0.0269	0.0673	0.0274	0.2209	15.154	21.9716	-18.3992
2	0.3664	0.0201	0.186	0.125	-0.0522	0.254	-0.0361	0.0571	0.0353	-0.0168	0.0045	-0.056	0.0384	-0.0047	0.0316	0.083	-0.0009	-0.0118	0.0239	0.0228	0.2383	35.9129	14.2809	18.7972
3	0.1327	0.0914	0.0333	0.194	-0.0981	0.7388	0.013	-0.0112	-0.0106	0.1204	0.0301	0.017	-0.1625	-0.1273	-0.0431	0.1036	0.037	0.0347	0.0519	0.0256	0.2797	15.3203	47.8893	33.8854
4	0.4346	-0.0322	-0.0951	0.0866	-0.103	0.2134	-0.0243	-0.0279	-0.02	-0.0154	0.0064	-0.0349	-0.0396	0.001	0.0179	0.1058	-0.0022	0.0114	0.0025	0.0101	0.2869	35.941	55.684	-3.2807

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 701
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 701
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-2 - 701
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 701

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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