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- PDB-5du8: Crystal structure of M. tuberculosis EchA6 bound to GSK572A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5du8
タイトルCrystal structure of M. tuberculosis EchA6 bound to GSK572A
要素Probable enoyl-CoA hydratase echA6
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / lyase / enoyl-CoA hydratase-like
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5FK / Probable enoyl-CoA hydratase EchA6
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Cox, J.A.G. / Besra, G.S. / Futterer, K.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: THPP target assignment reveals EchA6 as an essential fatty acid shuttle in mycobacteria.
著者: Cox, J.A. / Abrahams, K.A. / Alemparte, C. / Ghidelli-Disse, S. / Rullas, J. / Angulo-Barturen, I. / Singh, A. / Gurcha, S.S. / Nataraj, V. / Bethell, S. / Remuinan, M.J. / Encinas, L. / ...著者: Cox, J.A. / Abrahams, K.A. / Alemparte, C. / Ghidelli-Disse, S. / Rullas, J. / Angulo-Barturen, I. / Singh, A. / Gurcha, S.S. / Nataraj, V. / Bethell, S. / Remuinan, M.J. / Encinas, L. / Jervis, P.J. / Cammack, N.C. / Bhatt, A. / Kruse, U. / Bantscheff, M. / Futterer, K. / Barros, D. / Ballell, L. / Drewes, G. / Besra, G.S.
履歴
登録2015年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable enoyl-CoA hydratase echA6
B: Probable enoyl-CoA hydratase echA6
C: Probable enoyl-CoA hydratase echA6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0336
ポリマ－84,6913
非ポリマー1,3423
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.390, 115.980, 171.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETGLYGLYAA1 - 5921 - 79
21METMETGLYGLYBB1 - 5921 - 79
31METMETGLYGLYCC1 - 5921 - 79
12ASPASPALAALAAA73 - 24393 - 263
22ASPASPALAALABB73 - 24393 - 263
32ASPASPALAALACC73 - 24393 - 263

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.406254, -0.801214, 0.439333), (0.185299, -0.398571, -0.898223), (0.894775, 0.446315, -0.013457)37.41028, 36.88296, -33.97377
3given(0.413625, 0.191228, 0.890138), (-0.794937, -0.400763, 0.455483), (0.443836, -0.896003, -0.013751)8.08462, 60.31478, 16.13243

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要素

#1: タンパク質 Probable enoyl-CoA hydratase echA6


分子量: 28230.186 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: echA6, Rv0905, MTCY31.33 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WNP1, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物 ChemComp-5FK / (5R,7S)-5-(4-ethylphenyl)-N-[(5-fluoropyridin-2-yl)methyl]-7-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydropyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide


分子量: 447.429 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21F4N5O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 2 M ammonium sulfate, cryoprotected adding a 10 % ethylene glycol
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→96.1 Å / Num. obs: 50922 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HE2

3he2


解像度: 2.23→96.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 11.655 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25368 2580 5.1 %RANDOM
Rwork0.21988 ---
obs0.22157 48273 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.413 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.11 Å20 Å2-0 Å2
2--2.36 Å20 Å2
3----1.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.23→96.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5344 0 96 166 5606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0195540
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.9797530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3945714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.7123.87230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.73815872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.7741545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1715 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.320.5
Bmedium positional0.260.5
Cmedium positional0.350.5
Amedium thermal2.272
Bmedium thermal2.592
Cmedium thermal2.182
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.288 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 182 -
Rwork0.329 3235 -
obs--99.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20780.0348-0.70561.313-0.00512.3955-0.16050.2472-0.313-0.1591-0.00770.00120.4402-0.06960.16820.1007-0.02110.0370.2499-0.0210.091-12.42622.093-28.094
21.71320.9454-0.22731.9374-0.58711.31280.0655-0.11860.36980.3372-0.01110.2249-0.35-0.1618-0.05440.1190.04860.02010.19540.0170.091-18.11548.458-8.419
31.7197-0.1492-0.38551.78190.14591.45840.0020.34330.315-0.20260.0879-0.221-0.3520.165-0.08990.1074-0.06340.02680.31330.11540.10142.35351.469-35.325
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 243
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 243
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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