PDB-5dtw: Crystal structure of M. tuberculosis EchA6 bound to C20-CoA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dtw

タイトル

Crystal structure of M. tuberculosis EchA6 bound to C20-CoA

要素

enoyl-CoA hydratase echA6

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / enoyl-CoA hydratase-like / lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.439 Å

データ登録者

Cox, J.A.G. / Besra, G.S. / Futterer, K.

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: THPP target assignment reveals EchA6 as an essential fatty acid shuttle in mycobacteria.
著者: Cox, J.A. / Abrahams, K.A. / Alemparte, C. / Ghidelli-Disse, S. / Rullas, J. / Angulo-Barturen, I. / Singh, A. / Gurcha, S.S. / Nataraj, V. / Bethell, S. / Remuinan, M.J. / Encinas, L. / ...

履歴

登録	2015年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月14日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dtw.cif.gz	535.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dtw.ent.gz	442.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dtw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dtw_validation.pdf.gz	803.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dtw_full_validation.pdf.gz	816.3 KB	表示
XML形式データ	5dtw_validation.xml.gz	51.1 KB	表示
CIF形式データ	5dtw_validation.cif.gz	69.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dtpC 5du4C 5du6C 5du8C 5ducC 5dufC 3he2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5duc-d 3he2-d 4fjw-d 3q0g-1 5du4-1 5du6-d 4q1g-d 4q1k-d 3h81-d 5duf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: enoyl-CoA hydratase echA6

B: enoyl-CoA hydratase echA6

C: enoyl-CoA hydratase echA6

D: enoyl-CoA hydratase echA6

E: enoyl-CoA hydratase echA6

F: enoyl-CoA hydratase echA6

ヘテロ分子

172 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: enoyl-CoA hydratase echA6

B: enoyl-CoA hydratase echA6

C: enoyl-CoA hydratase echA6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: enoyl-CoA hydratase echA6

E: enoyl-CoA hydratase echA6

F: enoyl-CoA hydratase echA6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.603, 51.275, 156.825
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.80, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	enoyl-CoA hydratase echA6 分子量: 28230.186 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: echA6, Rv0905, MTCY31.33 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WNP1, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物	ChemComp-5F9 / Arachinoyl-CoA 分子量: 1062.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₇₄N₇O₁₇P₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.01 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.17 M ammonium sulfate, 25.5 % w/v PEG 4000, 15 % v/v glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→108.9 Å / Num. all: 246225 / Num. obs: 68420 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.084 / R_sym value: 0.084 / Net I/av σ(I): 9.6 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.3_928	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HE2

3he2

解像度: 2.439→42.848 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 27.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2749	3255	5.06 %
R_work	0.2218	-	-
obs	0.2245	64285	98.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 8.26 Å² / k_sol: 0.322 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3317 Å²	0 Å²	5.8651 Å²
2-	-	6.8418 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.5102 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.439→42.848 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10792	0	138	121	11051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	11123
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.202	15112
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.033	4039
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1717
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1992

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4392-2.4756	0.3473	130	0.3131	2570	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4756-2.5143	0.3732	143	0.2948	2648	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5143-2.5555	0.3423	139	0.2793	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5555-2.5995	0.3396	147	0.2701	2611	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5995-2.6468	0.3307	148	0.2643	2630	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6468-2.6977	0.317	148	0.2603	2612	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6977-2.7527	0.3212	127	0.2525	2601	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7527-2.8126	0.3112	132	0.2417	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8126-2.878	0.3125	132	0.2557	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
2.878-2.95	0.3506	167	0.2578	2588	X-RAY DIFFRACTION	98
2.95-3.0297	0.32	138	0.2591	2650	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0297-3.1188	0.3129	127	0.2544	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1188-3.2195	0.2985	118	0.2557	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2195-3.3345	0.2986	153	0.2405	2609	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3345-3.4679	0.2863	151	0.2383	2664	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4679-3.6257	0.2947	139	0.2158	2633	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6257-3.8167	0.2822	152	0.2244	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8167-4.0557	0.2199	144	0.1882	2657	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0557-4.3686	0.2344	121	0.1678	2695	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3686-4.8077	0.2055	161	0.1525	2635	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8077-5.5021	0.2465	141	0.1868	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5021-6.9273	0.2248	141	0.1982	2728	X-RAY DIFFRACTION	99
6.9273-42.8548	0.1883	156	0.1754	2814	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7301	0.0722	0.1755	0.8151	-0.0506	0.6374	0.097	0.1435	0.037	-0.1525	-0.048	-0.0979	0.0153	0.0846	0.049	0.0806	0.0019	0.0034	-0.0606	0.01	0.0947	-30.4115	-9.379	-12.8889
2	1.0936	-0.1081	-0.0727	0.6477	0.0822	0.6885	0.0719	-0.1948	0.054	0.1426	0.0133	0.0099	0.1171	0.0206	0.0552	0.0568	0.0094	-0.0531	0.0736	-0.0122	0.0635	-19.4259	-23.8588	-49.2335
3	0.8655	0.3179	0.2635	0.7229	-0.0288	0.4434	-0.0175	0.4263	-0.0973	-0.2804	0.0239	-0.0686	0.1041	0.1246	-0.0332	0.2005	0.1208	-0.0425	0.3195	-0.0398	0.0409	-14.1639	-28.3303	-82.2825
4	0.9698	-0.0428	0.0444	1.1419	-0.2114	0.4278	-0.1402	-0.395	-0.1553	0.2412	0.0155	-0.1125	0.1254	0.1741	-0.0711	0.2033	0.1075	-0.0246	0.1735	0.0595	0.1898	-17.6605	-23.7599	14.6709
5	0.9603	-0.1126	-0.0402	0.6079	-0.0011	0.3417	-0.0965	-0.4796	0.1206	0.3431	0.1076	0.0966	-0.0996	-0.0113	0.0124	0.2182	0.08	0.0565	0.168	-0.0462	0.1102	-44.44	-3.4731	17.2536
6	0.8428	0.2031	0.1415	1.1328	-0.0149	0.505	0.0749	0.1252	0.1585	-0.1382	-0.0025	-0.1912	-0.1368	0.3098	0.0433	0.0765	-0.0063	0.0289	0.2238	0.0102	0.1922	7.7501	-10.06	-64.0441

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 1:243)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq 1:243)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resseq 1:243)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resseq 1:243)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain E and resseq 1:243)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain F and resseq 1:243)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)