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- PDB-5drv: Crystal structure of the G3BP2 NTF2-like domain in complex with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5drv
タイトルCrystal structure of the G3BP2 NTF2-like domain in complex with a peptide
要素
  • Non-structural protein 3
  • Ras GTPase-activating protein-binding protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / NTF2-like / G3BP / peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of stress granule assembly / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity ...: / positive regulation of stress granule assembly / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / mRNA transport / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / stress granule assembly / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / molecular condensate scaffold activity / protein homooligomerization / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic stress granule / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / signaling receptor complex adaptor activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / methylation / Ras protein signal transduction / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / innate immune response / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / mRNA binding / GTP binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
G3BP2, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / : / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : ...G3BP2, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / : / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / Peptidase family C9 / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / : / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyprotein P1234 / Ras GTPase-activating protein-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Semliki forest virus (セムリキ森林ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Kristensen, O.
資金援助 デンマーク, 3件
組織認可番号国
Alfred Benzon Foundation デンマーク
Brdr. Hartmann Foundation デンマーク
the Danish Natural Science Council (DANSCATT) デンマーク
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the G3BP2 NTF2-like domain in complex with a canonical FGDF motif peptide.
著者: Kristensen, O.
履歴
登録2015年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 2
B: Non-structural protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0812
ポリマ－17,0812
非ポリマー00
水00
1
A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 2
B: Non-structural protein 3

A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 2
B: Non-structural protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1624
ポリマ－34,1624
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area14240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.850, 94.850, 114.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-109-

MET

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要素

#1: タンパク質 Ras GTPase-activating protein-binding protein 2 / G3BP-2 / GAP SH3 domain-binding protein 2


分子量: 16138.208 Da / 分子数: 1 / 断片: NTF2-like domain, UNP residues 1-139 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: G3BP2, KIAA0660 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UN86
#2: タンパク質・ペプチド Non-structural protein 3 / nsP3


分子量: 942.966 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1785-1792 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Semliki forest virus (セムリキ森林ウイルス)
参照: UniProt: P08411

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: long trigonal needle
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.9 M tri-sodium citrate, 20 % glycerol, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.4)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→46.8 Å / Num. all: 5273 / Num. obs: 5273 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 19 % / Biso Wilson estimate: 70.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / 冗長度: 20.6 % / Rmerge(I) obs: 2.12 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FCM

4fcm


解像度: 2.75→38.641 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2991 526 9.98 %
Rwork0.2446 --
obs0.2503 5273 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→38.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1130 0 0 0 1130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5771563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.402418
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.019162
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005205
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7502-3.02680.39231330.36761162X-RAY DIFFRACTION99
3.0268-3.46460.35831250.31051164X-RAY DIFFRACTION99
3.4646-4.36410.3271310.25891186X-RAY DIFFRACTION100
4.3641-38.6450.24541370.19221235X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4191.94051.28454.56281.08053.19980.0025-0.45820.6733-0.49430.09690.2524-0.49380.0404-0.12320.8184-0.1014-0.1620.6315-0.10620.54178.301632.833311.1276
23.751-1.3598-4.67573.57193.03997.24470.72431.43680.0277-0.6991-0.82390.1193-1.78730.10220.23560.9522-0.0364-0.37070.93310.20830.8137-0.901933.6439-3.6077
35.05353.1653-0.95567.64151.85540.94990.0073-0.3097-0.093-0.0775-0.17310.1225-0.429-0.0140.19070.7395-0.1732-0.16920.63810.04420.37036.357525.24194.4714
42.0381-7.61236.69011.9949-8.26736.7665-0.8136-3.31471.5067-0.4181.3646-0.4009-1.9079-2.60170.04081.5166-0.1135-0.18341.0648-0.31970.66315.845439.255614.1652
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 38 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 68 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 69 through 139 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 8 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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