PDB-5do2: Complex structure of MERS-RBD bound with 4C2 antibody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5do2

タイトル

Complex structure of MERS-RBD bound with 4C2 antibody

要素

4C2 heavy chain
4C2 light chain
S protein

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / receptor-binding domain of MERS-CoV spike / 4C2 antibody / neuralization / receptor-binding blocking. / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...
類似検索 - 分子機能

ubp-family deubiquitinating enzyme fold - #30 / Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / ubp-family deubiquitinating enzyme fold / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single Sheet / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Middle East respiratory syndrome coronavirus (ウイルス)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.409 Å

データ登録者

Li, Y. / Wan, Y. / Liu, P. / Zhao, J. / Lu, G. / Qi, J. / Wang, Q. / Lu, X. / Wu, Y. / Liu, W. ...

引用

ジャーナル: Cell Res. / 年: 2015
タイトル: A humanized neutralizing antibody against MERS-CoV targeting the receptor-binding domain of the spike protein.
著者: Li, Y. / Wan, Y. / Liu, P. / Zhao, J. / Lu, G. / Qi, J. / Wang, Q. / Lu, X. / Wu, Y. / Liu, W. / Zhang, B. / Yuen, K.Y. / Perlman, S. / Gao, G.F. / Yan, J.

履歴

登録	2015年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: chem_comp / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5do2.cif.gz	508.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5do2.ent.gz	422.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5do2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5do2_validation.pdf.gz	498.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5do2_full_validation.pdf.gz	536.6 KB	表示
XML形式データ	5do2_validation.xml.gz	47.9 KB	表示
CIF形式データ	5do2_validation.cif.gz	65.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/5do2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/5do2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4kr0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1g3n-2 1c0i-1 1g3n-1 6foa-d 3p2a-d 1r1c-d 3ez7-d 6s79-2 7an4-d 5lb8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: S protein

H: 4C2 heavy chain

L: 4C2 light chain

B: S protein

C: 4C2 heavy chain

D: 4C2 light chain

ヘテロ分子

150 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S protein

C: 4C2 heavy chain

D: 4C2 light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
75 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: 4C2 heavy chain

L: 4C2 light chain

B: S protein

登録者が定義した集合体
74.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.083, 110.401, 172.981
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

S protein

分子量: 27598.953 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 367-606 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Middle East respiratory syndrome coronavirus (ウイルス)
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: W5ZZM0, UniProt: K0BRG7*PLUS

#2: 抗体

4C2 heavy chain

分子量: 23477.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Mus musculus (ハツカネズミ)

#3: 抗体

4C2 light chain

分子量: 23707.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Mus musculus (ハツカネズミ)

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium thiocyanate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月30日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 55462 / Num. obs: 55049 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.098 / R_sym value: 0.098 / Net I/σ(I): 19.915
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 2.092 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KR0

4kr0

解像度: 2.409→46.531 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2891	2789	5.07 %	Random selection
R_work	0.2446	-	-	-
obs	0.2468	54975	98.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.409→46.531 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9784	0	14	139	9937

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	10042
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.922	13655
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.398	3602
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	1558
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1739

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4094-2.451	0.3198	93	0.3295	2159	X-RAY DIFFRACTION	82
2.451-2.4955	0.3497	138	0.3158	2488	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4955-2.5435	0.3268	134	0.3199	2598	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5435-2.5955	0.3375	134	0.3131	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5955-2.6519	0.3705	159	0.3101	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6519-2.7136	0.3747	129	0.3071	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7136-2.7814	0.3324	142	0.3079	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7814-2.8566	0.2962	133	0.3108	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8566-2.9407	0.3416	152	0.292	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9407-3.0356	0.3935	129	0.3013	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0356-3.144	0.3454	143	0.2987	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.144-3.2699	0.3467	138	0.2809	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2699-3.4187	0.2926	141	0.2876	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4187-3.5988	0.2957	142	0.2582	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5988-3.8242	0.2712	133	0.2502	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8242-4.1193	0.2474	144	0.2227	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1193-4.5335	0.2361	148	0.1897	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5335-5.1888	0.2571	149	0.1811	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1888-6.5345	0.2669	161	0.2153	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5345-46.5399	0.2517	147	0.191	2833	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7404	-0.7234	-0.517	2.2675	-0.5271	2.1565	-0.2534	-0.2173	-0.387	0.2175	0.0861	0.0613	0.1379	0.2235	0.1567	0.3774	-0.0214	-0.0299	0.5659	0.1916	0.5361	103.3004	210.0633	37.773
2	1.2995	-0.13	0.4825	4.9738	-1.6825	0.7276	0.0481	-1.1401	-0.0277	1.0152	-0.1253	-0.0172	-0.2571	0.1981	0.0757	0.4619	-0.0584	0.0036	0.8428	0.0685	0.3494	106.2513	224.0179	41.7293
3	1.8284	0.7622	-0.5955	2.3569	-0.1588	2.9627	-0.1714	-0.5741	-0.0967	0.1801	0.3545	-0.1012	0.3045	0.0006	-0.2335	0.3953	0.0404	-0.0611	0.6355	0.1941	0.5029	108.5974	216.8483	38.077
4	3.04	-4.1342	-0.5723	5.815	0.4864	5.9421	0.242	-0.3086	0.8713	0.035	-0.2378	-0.6225	-1.196	-0.1714	0.0042	0.5561	-0.1082	0.0239	0.4344	-0.0098	0.5128	102.5107	241.3947	34.6491
5	1.9975	-0.4969	-0.3439	3.4277	-1.1778	2.4193	-0.1211	-0.2408	-0.1705	0.1404	0.1334	0.1651	-0.027	0.002	0.0052	0.2786	-0.0481	-0.028	0.4544	0.0175	0.268	102.5432	226.9057	33.0226
6	2.8876	-0.9535	-1.1662	1.0281	0.1887	3.3992	0.0694	-0.1619	0.2524	0.05	0.0177	-0.1612	0.0717	0.3779	-0.0925	0.2717	-0.066	-0.0144	0.323	0.0304	0.3519	119.1458	239.2117	11.7472
7	1.8337	0.322	-1.1798	0.4427	-0.1956	4.1164	0.0257	0.1376	-0.0041	-0.0263	-0.0409	-0.0136	0.1859	-0.0937	0.0184	0.2533	-0.0254	-0.0108	0.3512	0.023	0.3748	117.2989	237.624	3.272
8	5.9938	-1.1799	0.7998	3.3451	-0.6182	2.0165	-0.1103	0.336	0.0742	-0.1967	0.0695	0.2076	-0.2612	0.1147	0.0354	0.3526	-0.0578	-0.0232	0.3028	0.0339	0.2171	107.4245	247.7447	-17.7611
9	5.2483	-2.3155	-0.1968	6.953	-0.7757	0.1345	-0.0588	1.8348	0.3231	-1.1215	0.0331	0.1132	-0.6052	0.535	-0.0102	0.5292	-0.1241	-0.0288	0.6636	0.1461	0.4684	110.3115	254.675	-24.8281
10	3.193	-0.1598	0.3719	0.5728	-0.0866	2.7899	0.0217	-0.0243	-0.3059	-0.16	0.0123	-0.0134	0.3537	-0.2774	-0.0313	0.3179	-0.0628	0.0209	0.317	0.0468	0.3439	97.6303	229.1191	10.9888
11	1.3139	-0.0902	0.7368	0.0849	-0.0557	2.0244	0.0331	0.2063	-0.0897	-0.1022	0.0914	-0.0483	0.1394	-0.173	-0.1031	0.3744	-0.0615	0.0114	0.3249	-0.042	0.3172	100.7338	234.7359	-13.4408
12	8.1193	2.3651	-4.3221	2.2791	-0.8842	4.8128	-0.3774	1.0969	0.2231	-0.6329	0.3499	0.0381	0.0282	-0.2474	0.0133	0.5478	-0.1214	-0.0387	0.6575	-0.0609	0.2931	103.1653	237.0439	-33.1451
13	0.2877	-0.4812	-0.1713	0.8997	0.2196	0.1272	-0.0313	0.422	-0.4037	-0.7262	-0.0817	-0.7979	0.4755	0.1893	-0.3601	2.2513	0.0007	1.4139	0.5499	-0.4976	2.1231	95.9219	204.3468	1.7712
14	1.5663	0.7382	-0.1581	1.4725	0.1094	1.0203	-0.8242	0.5363	-0.9807	-1.2503	0.3964	-0.411	-0.0504	0.0404	0.1791	2.2393	-0.5438	0.6215	0.7375	-0.2074	1.0205	82.9349	213.5346	0.1088
15	0.2753	-0.1243	0.1159	0.4436	0.2462	0.307	-0.6818	0.3663	-1.0907	-0.8884	0.0041	-0.6609	1.2504	-0.1636	0.437	1.7162	-0.1338	0.5471	0.5366	-0.0591	1.1404	77.7695	214.0108	5.9469
16	0.01	-0.029	-0.008	0.0917	0.0281	0.0091	-0.4526	0.5709	-0.0667	0.1113	0.5483	0.8502	-0.1931	-0.5472	-0.1224	1.8189	0.4494	0.5947	1.674	-0.0865	2.6636	112.1752	209.6561	1.324
17	2.3596	0.8171	-0.6465	3.3731	-0.4833	0.7308	-0.7418	-0.4249	-0.7743	-0.8706	0.0098	0.1043	0.9854	0.0451	0.461	0.696	0.0364	0.2352	0.4605	0.1697	0.7366	63.1292	211.1395	26.8862
18	2.5738	0.6261	0.9875	3.8462	0.1934	1.7443	-0.2387	-0.3396	1.6056	0.1692	-0.2028	2.055	-0.6045	-0.3677	0.4247	0.6374	0.0322	0.0031	0.9073	0.1822	1.865	58.8201	228.9439	53.1601
19	0.7434	1.3271	-0.0377	2.477	-0.4578	1.4645	-0.2197	-0.6634	-0.7332	0.0741	-0.5524	-0.7398	0.2913	1.3394	0.675	0.5356	0.0885	0.2125	1.2377	0.5748	0.9495	87.4958	220.7546	31.5572
20	1.0933	0.1844	1.0157	1.3257	0.8472	1.7456	-0.47	-0.5291	-0.6787	-0.6322	-0.5373	-0.6477	0.4707	0.9017	-0.3288	0.5632	0.1111	0.3247	0.6985	0.412	0.6742	81.4455	222.764	22.7962
21	2.8982	-0.5016	-0.813	1.8913	2.4747	7.6558	-0.2001	-0.3838	-0.2416	-0.2717	-0.5054	-0.3526	-0.6822	0.847	0.4111	0.3901	-0.0247	0.0133	1.0624	0.4565	0.662	80.2241	227.5553	30.8967
22	1.609	1.2969	0.5141	1.3383	-0.0088	0.7352	-0.4641	-0.7864	-0.1333	0.4025	-0.3722	0.8238	0.2774	1.0758	0.5563	0.6941	0.1496	0.3921	0.8578	0.2974	1.0101	72.8874	223.7824	46.6016
23	2.8689	1.0337	0.1521	5.8341	-0.5433	4.5095	0.3865	0.3993	0.9459	1.0435	-0.3501	0.5075	-0.5388	0.7956	-0.0457	0.7183	-0.0427	0.1063	0.8237	0.2253	0.6061	74.682	224.2824	61.2945
24	7.4614	4.6997	-2.8003	6.0871	-4.0971	2.8946	0.1863	0.2078	0.6966	0.9469	-0.2418	0.7997	-1.1779	0.2701	-0.0731	0.635	0.0202	0.1012	0.7069	0.1475	0.8011	70.2293	225.5112	56.4135
25	6.6992	3.9704	-0.488	3.2839	-1.9033	2.8344	0.1562	-1.3575	-0.586	0.9514	-0.6009	0.5543	0.3599	-0.5288	0.3376	1.7925	-0.0431	0.6103	0.9733	0.1395	0.8297	70.27	225.1296	72.0511
26	1.4171	1.7462	1.8143	8.3497	-2.2489	8.0559	0.1822	-0.9389	0.5783	1.6729	-0.5271	1.5339	-0.4207	-0.4206	0.305	1.249	-0.1026	0.2236	0.9684	-0.1705	0.7253	73.9878	232.7029	67.8111

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 381 through 439 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 440 through 467 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 468 through 495 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 496 through 515 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 516 through 588 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 1 through 83 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 84 through 122 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 123 through 205 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 206 through 219 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 1 through 75 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 76 through 174 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 175 through 214 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 381 through 456 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 457 through 528 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 529 through 576 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 577 through 588 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 1 through 122 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 123 through 219 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 1 through 25 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 26 through 75 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 76 through 90 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 91 through 128 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 129 through 163 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 164 through 186 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 187 through 197 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 198 through 214 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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