PDB-5do0: The structure of PKMT1 from Rickettsia prowazekii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5do0

タイトル

The structure of PKMT1 from Rickettsia prowazekii

要素

protein lysine methyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / rossman fold / sam binding protein / methylation

機能・相同性

: / PKMT, C-terminal winged helix domain / Methyltransferase regulatory domain, predicted / Predicted methyltransferase regulatory domain / : / Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Uncharacterized protein RP789

機能・相同性情報

生物種

Rickettsia prowazekii (発疹チフスリケッチア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Noinaj, N. / Abeykoon, A. / He, Y. / Yang, D.C. / Buchanan, S.K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into Substrate Recognition and Catalysis in Outer Membrane Protein B (OmpB) by Protein-lysine Methyltransferases from Rickettsia.
著者: Abeykoon, A.H. / Noinaj, N. / Choi, B.E. / Wise, L. / He, Y. / Chao, C.C. / Wang, G. / Gucek, M. / Ching, W.M. / Chock, P.B. / Buchanan, S.K. / Yang, D.C.

履歴

登録	2015年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月28日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5do0.cif.gz	417.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5do0.ent.gz	342.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5do0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/5do0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/5do0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dnkC 5dooC 5dpdC 5dplC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dpd-d 5dnk-d 5dpl-d 5doo-d 3c45-d 3t8s-d 6ccz-d 4pnz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: protein lysine methyltransferase 1

A: protein lysine methyltransferase 1

127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.498, 62.466, 107.853
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.780, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	protein lysine methyltransferase 1 分子量: 63484.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rickettsia prowazekii (strain Madrid E) (発疹チフスリケッチア) 株: Madrid E / 遺伝子: RP789 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O05979
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES-NaOH buffer at pH 7.5, 10 % v/v isopropanol, 20 % w/v polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 40220 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.163 / Χ²: 1.375 / Net I/av σ(I): 9.523 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 148342

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.6-2.69	2.9	0.685	3838	1.347	96.9
2.69-2.8	3.5	0.622	4018	1.136	99.7
2.8-2.93	3.6	0.483	4000	1.056	99.9
2.93-3.08	3.7	0.383	4031	1.028	100
3.08-3.28	3.8	0.274	4015	1.02	100
3.28-3.53	3.9	0.191	4027	1.199	100
3.53-3.88	3.9	0.15	4057	1.383	100
3.88-4.45	3.9	0.112	4038	1.714	99.9
4.45-5.6	3.9	0.095	4057	1.906	99.7
5.6-50	3.7	0.065	4139	1.871	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

解像度: 2.6→48.379 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2431	2000	4.98 %
R_work	0.2136	38193	-
obs	0.2151	40193	98.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 127.35 Å² / B_iso mean: 45.4265 Å² / B_iso min: 7.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→48.379 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8012	0	0	333	8345
B_iso mean	-	-	-	34.68	-
残基数	-	-	-	-	1016

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	8175
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.856	11089
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1271
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1430
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.26	4956

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5872-2.6519	0.3356	127	0.3171	2432	2559	89
2.6519-2.7235	0.3587	142	0.3044	2695	2837	99
2.7235-2.8037	0.3032	143	0.2812	2741	2884	100
2.8037-2.8942	0.335	144	0.2599	2736	2880	100
2.8942-2.9976	0.2958	143	0.262	2751	2894	100
2.9976-3.1176	0.2895	144	0.248	2743	2887	100
3.1176-3.2594	0.2914	142	0.2414	2704	2846	100
3.2594-3.4312	0.2361	144	0.224	2761	2905	100
3.4312-3.6462	0.2512	144	0.2137	2756	2900	100
3.6462-3.9276	0.2384	144	0.1888	2746	2890	100
3.9276-4.3226	0.1936	145	0.1768	2774	2919	100
4.3226-4.9475	0.1813	144	0.1641	2746	2890	100
4.9475-6.2313	0.2029	146	0.2003	2791	2937	100
6.2313-48.3878	0.2023	148	0.1788	2817	2965	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8218	0.0056	0.0895	0.879	-0.4632	2.8787	-0.0804	-0.0456	0.2482	0.2004	-0.0968	0.0423	-0.351	0.0501	0.1741	0.2329	0.0064	0.0112	0.2161	0.0195	0.2403	21.1961	12.1481	-84.0483
2	2.497	0.698	0.6875	1.5383	0.9192	3.9486	-0.0245	-0.2207	-0.1472	0.1075	-0.0727	-0.0829	0.0862	0.1313	0.0659	0.2728	0.0087	0.0128	0.3493	0.0791	0.2365	24.7839	-2.2326	-77.2383
3	5.9219	1.2519	0.978	5.8615	0.2987	3.8916	-0.1738	0.3539	0.1845	0.042	0.1289	-0.9347	-0.2953	0.3623	-0.0168	0.2675	0.0048	0.0318	0.2707	-0.0018	0.2843	51	-1.629	-95.2177
4	1.8283	-0.5611	-0.2685	2.7814	0.0363	0.854	-0.0305	0.4274	0.2466	-0.1578	0.046	-0.3222	-0.0833	0.1003	0.0092	0.1794	-0.0084	-0.0114	0.4676	0.0721	0.3107	43.2994	12.2521	-102.2773
5	2.3107	0.4879	0.3961	1.857	-1.2799	2.8505	-0.0449	-0.2608	-0.0368	-0.0143	-0.0789	0.1761	0.077	-0.6214	0.0446	0.248	-0.0192	0.0107	0.3927	-0.099	0.2914	19.6997	5.892	-30.844
6	1.6902	-2.2019	-2.3035	4.9568	4.4413	6.6461	-0.1846	-0.213	-0.1081	0.0113	0.3099	-0.1423	0.4789	0.6551	-0.1649	0.3058	-0.0042	-0.0723	0.4457	0.0365	0.2859	29.843	-1.2184	-55.7158
7	3.6435	0.1075	-0.1762	3.5232	0.8706	5.6564	-0.0188	0.2087	0.2912	-0.3339	-0.0918	0.0823	-0.42	0.0266	0.1336	0.2925	0.019	-0.0759	0.3818	0.0271	0.2103	27.9031	16.7442	-47.1888
8	2.9436	1.3305	0.4675	2.0743	0.5809	1.9132	-0.0063	-0.0196	-0.6766	0.1651	0.0495	-0.5856	0.1668	0.2403	0.01	0.2631	-0.0022	-0.069	0.3633	0.0053	0.4576	48.1041	1.527	-26.5054

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 43 through 242 )	B
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 243 through 336 )	B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 337 through 377 )	B
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 378 through 553 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 43 through 166 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 167 through 242 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 243 through 336 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 337 through 553 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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