PDB-5dnk: The structure of PKMT1 from Rickettsia prowazekii in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dnk

タイトル

The structure of PKMT1 from Rickettsia prowazekii in complex with AdoHcy

要素

protein lysine methyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / rossman fold / sam binding protein / methylation

機能・相同性

機能・相同性情報

Methyltransferase regulatory domain, predicted / : / Predicted methyltransferase regulatory domain / PKMT, C-terminal winged helix domain / : / Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Rickettsia prowazekii (発疹チフスリケッチア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Noinaj, N. / Abeykoon, A. / He, Y. / Yang, D.C. / Buchanan, S.K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into Substrate Recognition and Catalysis in Outer Membrane Protein B (OmpB) by Protein-lysine Methyltransferases from Rickettsia.
著者: Abeykoon, A.H. / Noinaj, N. / Choi, B.E. / Wise, L. / He, Y. / Chao, C.C. / Wang, G. / Gucek, M. / Ching, W.M. / Chock, P.B. / Buchanan, S.K. / Yang, D.C.

履歴

登録	2015年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月28日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dnk.cif.gz	436.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dnk.ent.gz	354.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dnk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/5dnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/5dnk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5do0C 5dooC 5dpdC 5dplC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5do0-d 5dpd-d 5doo-d 5dpl-d 5ze3-d 3c45-d 2ide-d 1r9n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: protein lysine methyltransferase 1

B: protein lysine methyltransferase 1

ヘテロ分子

128 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.016, 62.127, 107.392
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	protein lysine methyltransferase 1 分子量: 63484.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rickettsia prowazekii (strain Madrid E) (発疹チフスリケッチア) 株: Madrid E / 遺伝子: RP789 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O05979
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 928 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.95 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 20 % w/v polyethylene glycol 1000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 134251 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / R_sym value: 0.12 / Χ²: 1.606 / Net I/av σ(I): 13.9 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 429501

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.9-1.97	2.8	0.72	1.5	11739	1.09	97.3
2.18-2.26	3.2	0.689		12014	1.157	81.3
2.26-2.37	3.2	0.57		12297	1.166	83.1
2.37-2.49	3.1	0.433		12667	1.204	85.7
2.49-2.65	3.1	0.333		13135	1.343	88.6
2.65-2.85	3.1	0.234		13687	1.487	92.3
2.85-3.14	3.1	0.163		14184	1.637	95.4
3.14-3.59	3.2	0.112		14510	2.038	97.5
3.59-4.52	3.3	0.082		14785	2.332	98.7
4.52-50	3.5	0.065		15233	2.093	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2142)	精密化
Blu-Ice	JBluIce	データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→19.998 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2493	1999	2.01 %
R_work	0.2024	-	-
obs	0.2034	99427	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.998 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8044	0	52	928	9024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8274
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.037	11229
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.088	5005
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	1279
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1446

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8999-1.9473	0.3414	133	0.3197	6508	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9473-1.9999	0.3617	143	0.2915	6933	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9999-2.0587	0.2828	141	0.2625	6871	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0587-2.1251	0.2887	142	0.2428	6959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1251-2.201	0.2676	143	0.2221	6957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.201-2.289	0.227	144	0.2127	6992	X-RAY DIFFRACTION	100
2.289-2.393	0.2709	143	0.2082	6986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.393-2.5189	0.2886	143	0.211	6966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5189-2.6764	0.2764	143	0.2108	6985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6764-2.8825	0.2695	144	0.2024	7025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8825-3.1715	0.2686	143	0.2013	6982	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1715-3.6281	0.2477	144	0.1849	7021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6281-4.562	0.1848	145	0.1646	7042	X-RAY DIFFRACTION	100
4.562-19.999	0.2176	148	0.1773	7201	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5985	0.2644	-0.2032	1.188	0.1396	1.4785	0.015	-0.1108	0.0741	-0.0346	-0.0092	-0.0709	-0.0705	0.1579	0.003	0.1062	-0.0147	0.0159	0.0974	-0.0083	0.0816	42.8314	-6.9543	39.8699
2	1.3232	-0.4733	0.3448	0.9607	-0.4152	2.3349	-0.0601	0.1541	0.018	-0.0494	-0.0225	0.088	-0.1448	-0.3687	0.0418	0.1641	0.0071	-0.0056	0.2186	-0.0375	0.1277	32.4517	-10.654	20.9089
3	1.1954	0.5696	-0.1483	2.5765	0.1063	0.7417	-0.0807	-0.0598	0.1452	0.0075	0.1047	0.4177	-0.0744	-0.1034	-0.0059	0.1142	0.0157	0.0111	0.1403	0.0086	0.1902	14.5155	-6.5502	47.7555
4	2.0544	-0.4361	0.5449	1.4684	0.7223	1.6315	-0.0143	0.3376	0.0522	-0.1355	-0.1037	-0.1834	-0.0775	0.3943	0.1039	0.1661	0.0239	0.0266	0.3043	0.0608	0.1444	39.1409	-10.8589	-22.2857
5	1.1975	0.2695	0.4103	1.6443	-1.2023	3.5187	-0.1016	-0.0727	0.0858	0.0783	-0.0728	-0.0145	-0.19	-0.2155	0.1558	0.1647	0.0427	-0.0181	0.2323	-0.0342	0.134	30.6564	-8.6674	-2.0868
6	2.4064	-1.1655	0.6484	1.5725	-0.2904	1.9366	-0.1371	-0.1386	-0.4039	-0.0736	0.1342	0.481	0.1789	-0.3016	0.0197	0.2037	0.0282	-0.0102	0.2843	0.0366	0.3051	10.805	-14.3439	-26.3134

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 44 through 166 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 167 through 336 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 337 through 553 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 44 through 166 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 167 through 336 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 337 through 553 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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