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万見
- PDB-5dnj: Mouse Polo-box domain and Peptide analog 702 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dnj
タイトルMouse Polo-box domain and Peptide analog 702
要素
  • Serine/threonine-protein kinase PLK1
  • peptide 707-56A-SER-TPO-NH2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PLK1 / Emi2 / Protein Kinase / meiosis / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Polo-like kinase mediated events / Phosphorylation of the APC/C / Phosphorylation of Emi1 / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Mitotic Telophase/Cytokinesis / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Condensation of Prophase Chromosomes / polar body extrusion after meiotic divisions ...Polo-like kinase mediated events / Phosphorylation of the APC/C / Phosphorylation of Emi1 / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Mitotic Telophase/Cytokinesis / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Condensation of Prophase Chromosomes / polar body extrusion after meiotic divisions / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / protein localization to organelle / regulation of protein localization to cell cortex / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / synaptonemal complex disassembly / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / RHO GTPases Activate Formins / nuclear membrane disassembly / homologous chromosome segregation / Separation of Sister Chromatids / polo kinase / protein localization to nuclear envelope / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / synaptonemal complex / female meiosis chromosome segregation / anaphase-promoting complex binding / outer kinetochore / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / regulation of mitotic spindle assembly / condensed chromosome, centromeric region / microtubule bundle formation / centrosome cycle / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic spindle pole / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic sister chromatid segregation / mitotic cytokinesis / centriolar satellite / chromosome, centromeric region / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / spindle midzone / protein localization to chromatin / centriole / mitotic spindle organization / regulation of cytokinesis / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / spindle microtubule / protein destabilization / establishment of protein localization / kinetochore / spindle pole / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / microtubule binding / protein kinase activity / protein ubiquitination / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / chromatin / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
POLO box domain / Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Arylsulfatase, C-terminal domain / Serine/threonine-protein kinase, active site ...POLO box domain / Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Arylsulfatase, C-terminal domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
peptide inhibitor / Serine/threonine-protein kinase PLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Namgoong, S. / Han, Y.H.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structural basis for recognition of Emi2 by Polo-like kinase 1 and development of peptidomimetics blocking oocyte maturation and fertilization.
著者: Jia, J.L. / Han, Y.H. / Kim, H.C. / Ahn, M. / Kwon, J.W. / Luo, Y. / Gunasekaran, P. / Lee, S.J. / Lee, K.S. / Bang, J.K. / Kim, N.H. / Namgoong, S.
履歴
登録2015年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PLK1
B: peptide 707-56A-SER-TPO-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1372
ポリマ－28,1372
非ポリマー00
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.149, 59.989, 67.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PLK1 / Polo-like kinase 1 / PLK-1 / Serine/threonine-protein kinase 13 / STPK13


分子量: 27242.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 367-603 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plk1, Plk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07832, polo kinase
#2: タンパク質・ペプチド peptide 707-56A-SER-TPO-NH2


タイプ: Polypeptide / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 893.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: peptide inhibitor
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.74 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 28% 2-propanol, 3% PEG 200, 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月20日
放射モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.7 Å / Num. obs: 9156 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 23.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.3→44.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 8.572 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.444 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27693 466 4.8 %RANDOM
Rwork0.19603 ---
obs0.19983 9156 90.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.458 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.25 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.9 Å2-0 Å2
3---2.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1769 0 0 11 1780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.021806
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.821.9922442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2523.0073872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1555214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.47424.05179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.01415301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3011510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022001
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02418
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3953.058870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3863.057868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9024.5741078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9024.5741079
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5253.539936
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5233.539937
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6775.1441365
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.73924.8731979
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.73424.8791979
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.305→2.364 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 24 -
Rwork0.264 566 -
obs--76.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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