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- PDB-5dni: Crystal structure of Methanocaldococcus jannaschii Fumarate hydra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dni
タイトルCrystal structure of Methanocaldococcus jannaschii Fumarate hydratase beta subunit
要素Putative L(+)-tartrate dehydratase subunit beta
キーワードLYASE / alpha beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


L(+)-tartrate dehydratase activity / L(+)-tartrate dehydratase
類似検索 - 分子機能
fumarase / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase beta-type, catalytic domain / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase beta-type, catalytic domain / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase beta-type, catalytic domain superfamily / Fumarase C-terminus / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative L(+)-tartrate dehydratase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jayaraman, V. / Kunala, J. / Balaram, H.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology インド
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Revisiting the Burden Borne by Fumarase: Enzymatic Hydration of an Olefin.
著者: Bellur, A. / Das, S. / Jayaraman, V. / Behera, S. / Suryavanshi, A. / Balasubramanian, S. / Balaram, P. / Jindal, G. / Balaram, H.
履歴
登録2015年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative L(+)-tartrate dehydratase subunit beta
B: Putative L(+)-tartrate dehydratase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,73811
ポリマ－40,0422
非ポリマー6969
水2,576143
1
A: Putative L(+)-tartrate dehydratase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4396
ポリマ－20,0211
非ポリマー4185
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area7900 Å2
手法PISA
2
B: Putative L(+)-tartrate dehydratase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2995
ポリマ－20,0211
非ポリマー2784
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area7950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.610, 85.610, 121.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative L(+)-tartrate dehydratase subunit beta / Putative fumarate hydratase subunit beta / L-TTD beta


分子量: 20021.168 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-179 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: MjFHbeta, MJ0617 / プラスミド: pET-DUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q58034, L(+)-tartrate dehydratase

-
非ポリマー , 5種, 152分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1MBis-Tris, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年8月22日
放射モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→60.92 Å / Num. all: 22550 / Num. obs: 22550 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 4.85 %
Data reduction method: data reduction merge and scaling used SCALA (CCP4)
Rmerge(I) obs: 0.127 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/av σ(I): 4.5853 / Net I/σ(I): 7.0091 / Num. measured all: 109381
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) allNum. measured allNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.3-2.424.620.860.891516632821100
2.42-2.574.770.681.12148013104100
2.57-2.754.860.51.55141682916100
2.75-2.974.90.332.32133492727100
2.97-3.254.910.193.89122312490100
3.25-3.644.940.125.81112202271100
3.64-4.24.950.087.8798972000100
4.2-5.144.960.086.9284221699100
5.14-7.274.970.087.3965471317100
7.27-60.924.810.0412.77358074499.73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ収集
SCALACCP4_3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
SCALAデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ISB

2isb


解像度: 2.3→28.022 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2307 1101 4.9 %
Rwork0.1807 --
obs0.183 22451 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.022 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2740 0 44 143 2927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1763816
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6031020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005480
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.40470.35741350.28442675X-RAY DIFFRACTION100
2.4047-2.53140.32211340.26762660X-RAY DIFFRACTION100
2.5314-2.68990.29191150.25012670X-RAY DIFFRACTION100
2.6899-2.89740.32151450.23072646X-RAY DIFFRACTION100
2.8974-3.18860.27721630.21112665X-RAY DIFFRACTION100
3.1886-3.64920.22021340.18112653X-RAY DIFFRACTION100
3.6492-4.59430.19641360.13922676X-RAY DIFFRACTION100
4.5943-28.02450.16821390.14292705X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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