PDB-5dle: Crystal structure from a domain (Thr161-F265) from fructose-speci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dle

タイトル

Crystal structure from a domain (Thr161-F265) from fructose-specific iiabc component (Pts system) from Borrelia burgdorferi

要素

Pts system, fructose-specific iiabc component

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Borellia burgdorferi / Pts system / fructose-specific iiabc component / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-Npi-phosphohistidine-D-fructose phosphotransferase / protein-N(PI)-phosphohistidine-fructose phosphotransferase system transporter activity / protein-phosphocysteine-sugar phosphotransferase activity / carbohydrate:proton symporter activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Borrelia burgdorferi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure from a domain (Thr161-F265) from fructose-specific iiabc component (Pts system) from Borrelia burgdorferi
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Davies, D.R. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2015年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dle.cif.gz	191.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dle.ent.gz	153 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dle.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5dle_validation.pdf.gz	461.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dle_full_validation.pdf.gz	462.1 KB	表示
XML形式データ	5dle_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	5dle_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/5dle ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/5dle	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2r48S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vs7-2 3bni-d 1yd6-d 3jtp-d 1unk-d 5eyz-d 5d1w-1 5d1w-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BobuA.18902.a

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

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PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pts system, fructose-specific iiabc component

B: Pts system, fructose-specific iiabc component

C: Pts system, fructose-specific iiabc component

D: Pts system, fructose-specific iiabc component

ヘテロ分子

50.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.950, 91.740, 80.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.330, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pts system, fructose-specific iiabc component 分子量: 12571.346 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 161-265 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (strain ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680) (バクテリア) 株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: BB_0408 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O51369
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.33 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Microlytic MCSG1 screen G4: 20% PEG 3350, 200mM K/Na tartrate; BobuA.18902.a.B2.PS02426 at 22.3mg/ml, cryo 15% EG; tray 265189g4, puck nvm2-3

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月24日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 82616 / Num. obs: 80255 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.14 % / B_iso Wilson estimate: 16.68 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.053 / Χ²: 0.998 / Net I/σ(I): 18.31 / Num. measured all: 412988

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59	5.13	0.926	0.511	2.91	29531	6120	5754	0.568	94
1.59-1.63		0.947	0.425	3.49	29326	5876	5635	0.472	95.9
1.63-1.68		0.949	0.373	4.04	28996	5781	5558	0.414	96.1
1.68-1.73		0.966	0.294	5.07	28385	5654	5444	0.327	96.3
1.73-1.79		0.975	0.239	6.15	27146	5414	5234	0.265	96.7
1.79-1.85		0.988	0.175	8.2	26330	5250	5087	0.195	96.9
1.85-1.92		0.995	0.116	11.54	25520	5093	4934	0.129	96.9
1.92-2		0.996	0.093	14.36	24653	4910	4775	0.104	97.3
2-2.09		0.996	0.081	17.05	23446	4667	4555	0.09	97.6
2.09-2.19		0.997	0.064	21.33	22356	4454	4357	0.071	97.8
2.19-2.31		0.998	0.053	24.38	21419	4276	4192	0.059	98
2.31-2.45		0.998	0.049	26.14	20465	4047	3976	0.055	98.2
2.45-2.62		0.998	0.042	29.89	19262	3800	3738	0.047	98.4
2.62-2.83		0.999	0.039	32.85	18003	3546	3503	0.043	98.8
2.83-3.1		0.999	0.034	36.8	16458	3271	3225	0.038	98.6
3.1-3.47		0.999	0.031	40.91	14689	2929	2904	0.034	99.1
3.47-4		0.999	0.028	45.85	13180	2641	2610	0.031	98.8
4-4.9		0.999	0.024	47.5	10972	2186	2173	0.027	99.4
4.9-6.93		0.999	0.024	45.64	8621	1731	1712	0.026	98.9
6.93-50		0.999	0.023	46.68	4230	970	889	0.026	91.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
ARP		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX	(1.10_2142: ???)	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2r48, treated in MorDa

2r48

解像度: 1.55→38.216 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1857	4041	5.04 %	Random selection
R_work	0.1608	76144	-	-
obs	0.1621	80185	97.13 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.78 Å² / B_iso mean: 24.3631 Å² / B_iso min: 9.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→38.216 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3184	0	21	532	3737
B_iso mean	-	-	57.13	36.12	-
残基数	-	-	-	-	416

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3401
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.167	4631
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	562
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	603
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.633	2141

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.55-1.5682	0.2342	131	0.2157	2452	2583	92
1.5682-1.5874	0.2531	149	0.219	2625	2774	95
1.5874-1.6075	0.2677	133	0.2054	2539	2672	95
1.6075-1.6286	0.2224	130	0.1915	2564	2694	96
1.6286-1.6509	0.2189	132	0.186	2615	2747	96
1.6509-1.6745	0.2231	149	0.1821	2584	2733	96
1.6745-1.6995	0.2298	126	0.1732	2579	2705	96
1.6995-1.7261	0.2136	157	0.1905	2600	2757	96
1.7261-1.7544	0.2318	132	0.1967	2620	2752	97
1.7544-1.7846	0.192	162	0.1899	2543	2705	97
1.7846-1.8171	0.2633	124	0.1801	2687	2811	97
1.8171-1.852	0.2281	140	0.1742	2549	2689	97
1.852-1.8898	0.2001	121	0.1621	2639	2760	97
1.8898-1.9309	0.1675	120	0.1584	2648	2768	97
1.9309-1.9758	0.1759	126	0.1549	2629	2755	97
1.9758-2.0252	0.1807	142	0.1621	2620	2762	98
2.0252-2.08	0.2102	128	0.1678	2640	2768	97
2.08-2.1412	0.1826	156	0.1571	2641	2797	98
2.1412-2.2103	0.1672	156	0.1507	2639	2795	98
2.2103-2.2893	0.1727	148	0.1536	2596	2744	98
2.2893-2.3809	0.1731	135	0.1522	2701	2836	98
2.3809-2.4893	0.1669	142	0.1573	2653	2795	98
2.4893-2.6205	0.1925	151	0.1549	2637	2788	99
2.6205-2.7846	0.197	134	0.1639	2686	2820	99
2.7846-2.9995	0.1917	151	0.1652	2659	2810	99
2.9995-3.3012	0.1948	157	0.1633	2691	2848	99
3.3012-3.7785	0.1623	144	0.1446	2685	2829	99
3.7785-4.7591	0.1552	146	0.1365	2715	2861	99
4.7591-38.2274	0.1776	119	0.1652	2708	2827	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0317	0.1297	-0.0916	0.2693	-0.1082	0.1289	0.023	-0.0062	-0.0947	-0.1611	0.0308	0.2788	0.1109	-0.0761	0	0.1436	0.0093	-0.0417	0.1656	0.028	0.2202	23.8467	0.2415	3.1073
2	0.0103	-0.0298	-0.3272	1.3555	-0.7648	0.7498	0.044	0.0362	0.0455	-0.1303	0.0358	0.2265	0.077	-0.0303	0.0118	0.1195	0.0046	-0.0083	0.1182	0.011	0.1638	27.1453	-5.4035	10.1232
3	0.2604	0.0346	-0.1694	0.5576	0.0029	0.3016	0.2025	0.125	0.0996	-0.8122	-0.1057	-0.1935	0.5764	0.115	-0.0001	0.3025	0.0841	0.0322	0.1653	0.0032	0.1965	34.3099	-2.7642	0.1652
4	0.3165	-0.4119	0.8751	1.4951	-1.0199	1.3317	-0.0821	-0.0662	0.133	0.1178	-0.0355	0.0143	-0.3077	0.0085	-0.1183	0.1525	0.0313	0.0062	0.1293	0.0221	0.1401	27.6355	6.0549	9.4116
5	0.0837	-0.1132	-0.048	0.326	0.0763	0.0098	-0.1131	-0.1188	0.0747	0.3689	0.0405	0.0287	-0.0957	0.0174	0.0001	0.2306	0.0348	-0.0184	0.1952	0.0027	0.117	49.5659	-23.2125	35.3126
6	0.6279	-0.4321	0.0307	0.6646	-0.1041	0.0875	0.009	-0.1027	-0.057	0.1866	0.0785	-0.0036	0.0844	0.1688	0.0068	0.1338	0.0169	-0.0055	0.1396	0.0055	0.1369	41.1296	-16.4302	28.9505
7	0.6824	-0.2735	0.0212	0.6492	-0.031	0.1148	0.0563	0.034	0.2755	0.2129	0.0046	-0.2096	-0.0844	0.023	0.0135	0.1408	0.0206	-0.0085	0.1784	0.0132	0.1497	50.0294	-18.2527	28.6914
8	0.1386	-0.0907	-0.1765	0.4266	0.0264	0.244	-0.1245	-0.1886	0.0845	0.3148	0.0848	-0.0865	-0.0303	-0.0125	0.0075	0.2164	0.0441	-0.0644	0.1899	0.0237	0.1675	53.7848	-26.4662	32.5343
9	0.0391	0.0391	-0.0558	0.1192	-0.106	0.0393	0.2602	0.3494	-0.1657	-0.0475	-0.2336	0.1044	0.1604	0.3467	-0.0369	0.1652	0.1001	-0.0423	0.2792	-0.0419	0.1798	47.7987	-27.4745	19.3999
10	0.0932	-0.2126	-0.0782	0.189	0.159	0.1555	0.0159	-0.0495	-0.0644	0.0042	0.0306	0.0932	0.2218	0.086	-0.0122	0.2069	0.0353	-0.0219	0.1688	0.0404	0.1807	49.3173	-31.7579	28.8344
11	0.1425	-0.0233	0.3111	0.251	-0.0085	0.3008	0.0347	-0.0757	-0.1863	0.159	0.0755	0.2157	0.1344	-0.1733	0.086	0.2009	0.0107	0.0253	0.1897	0.0746	0.177	39.4821	-28.0219	33.6951
12	0.1188	-0.1723	-0.2888	0.7601	0.0332	0.2913	-0.017	-0.0019	0.1045	0.0668	-0.049	-0.0726	0.0151	0.1322	0.0001	0.1503	-0.0219	-0.0152	0.1713	0.0032	0.1387	43.5521	-1.6059	34.0033
13	0.0548	0.1357	-0.0289	0.287	0.0992	0.2471	0.0516	-0.0536	-0.1406	0.0794	-0.02	-0.1207	0.14	0.1627	0	0.1278	-0.0059	0.0095	0.1739	-0.0052	0.1609	46.7649	-6.9425	28.9719
14	0.0328	0.1139	0.0516	0.537	0.1609	0.7919	0.0375	0.0127	-0.1022	0.3696	-0.1402	-0.0481	0.1703	-0.0093	-0.0564	0.1921	-0.0478	0.0122	0.1975	-0.0272	0.1493	42.1445	-4.4877	37.0695
15	0.0426	-0.0036	0.0242	0.026	-0.0015	0.062	0.0711	-0.5936	-0.0563	0.6804	-0.0903	-0.2496	0.1009	-0.0802	-0.0078	0.4067	-0.0953	-0.0332	0.2632	-0.0334	0.1655	45.0772	2.9948	47.3948
16	0.117	0.0725	-0.1435	0.2412	0.142	0.2167	-0.015	-0.1116	0.21	0.1003	-0.1406	0.0843	-0.2733	-0.1025	0.0082	0.1883	-0.0459	-0.0019	0.2049	-0.0462	0.1535	40.1549	5.2061	33.58
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18	0.091	0.0031	0.2956	0.2921	-0.1719	0.3064	0.0629	0.154	0.0666	-0.2375	-0.2789	-0.1429	-0.4974	0.0538	-0.0878	0.2245	-0.1114	0.0038	0.2935	-0.0433	0.2108	51.2342	6.9734	29.9364
19	0.1649	0.1319	-0.0699	0.3764	-0.0462	0.023	-0.1004	0.0926	0.1625	-0.2784	-0.031	-0.0455	-0.1044	-0.0208	0.0003	0.1903	-0.0026	-0.0136	0.146	-0.0092	0.1102	21.0956	-23.1827	3.3347
20	0.3227	0.1036	0.1453	0.4158	0.0884	0.143	0.0013	0.0002	0.067	-0.0901	0.1367	-0.1174	-0.0411	-0.0243	0.005	0.1129	-0.0043	0.0208	0.124	-0.0127	0.1487	29.3357	-16.2414	9.9373
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22	0.1253	0.0762	-0.189	0.46	0.0026	0.297	-0.0099	0.0508	-0.0758	-0.1694	0.0908	0.0715	0.1052	-0.0278	0	0.156	-0.0111	-0.0476	0.1358	-0.0137	0.1867	16.911	-26.5719	6.0234
23	0.0775	0.213	-0.0251	0.5859	0.0021	-0.0326	0.3332	-0.4747	-0.3448	0.3879	-0.3483	-0.3829	-0.0856	-0.4025	0.0017	0.1844	-0.0494	-0.0302	0.3425	0.026	0.148	22.1708	-29.1136	18.8103
24	0.0571	0.0025	-0.0457	0.023	0.0763	0.0618	-0.0771	0.039	0.0541	0.096	0.1429	-0.0025	0.349	0.0072	0	0.2068	-0.0118	-0.0103	0.1192	-0.0231	0.1827	16.7073	-32.833	9.1838
25	0.0694	0.0539	0.0274	0.0862	0.0333	0.0667	0.0297	0.1656	-0.2283	0.0279	0.1135	-0.2765	0.0807	0.1332	0.0456	0.1255	0.0203	0.0003	0.1456	-0.0565	0.1935	32.6059	-25.9286	10.3497
26	0.3138	-0.1177	0.4713	0.313	0.073	0.4789	0.0708	-0.1403	-0.3612	-0.2171	0.0526	-0.3095	0.1571	0.0719	0.1715	0.2113	-0.0021	0.024	0.222	-0.0839	0.2274	29.1358	-29.9653	2.7498

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 162 through 171 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 172 through 202 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 203 through 218 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 219 through 265 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 162 through 171 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 172 through 192 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 193 through 212 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 213 through 226 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 227 through 232 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 233 through 244 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 245 through 265 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 162 through 176 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 177 through 192 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 193 through 212 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 213 through 218 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 219 through 232 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 233 through 251 )	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 252 through 265 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 162 through 171 )	D
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 172 through 192 )	D
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 193 through 212 )	D
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 213 through 226 )	D
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 227 through 232 )	D
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 233 through 239 )	D
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 240 through 251 )	D
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 252 through 265 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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