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- PDB-5dkw: Ternary crystal structure of polymerase lambda with a GA mispair ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dkw
タイトルTernary crystal structure of polymerase lambda with a GA mispair at the primer terminus with Ca2+ in the active
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
  • DNA polymerase lambda
キーワードTRANSFERASE/DNA / Polymerase lambda / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain ...Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase lambda
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.689 Å
データ登録者Liu, M.S. / Tsai, M.D.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Structural Mechanism for the Fidelity Modulation of DNA Polymerase lambda
著者: Liu, M.S. / Tsai, H.Y. / Liu, X.X. / Ho, M.C. / Wu, W.J. / Tsai, M.D.
履歴
登録2015年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年3月20日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase lambda
B: DNA polymerase lambda
D: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
T: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,17515
ポリマ－85,9928
非ポリマー1,1837
水3,693205
1
A: DNA polymerase lambda
D: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
T: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5677
ポリマ－42,9964
非ポリマー5713
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area17900 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase lambda
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6078
ポリマ－42,9964
非ポリマー6114
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area17920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.466, 151.310, 83.606
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase lambda / Pol Lambda / DNA polymerase beta-2 / Pol beta2 / DNA polymerase kappa


分子量: 36620.770 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 249-575 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UGP5, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 3種, 6分子 DCPETF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*G)-3')


分子量: 1191.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')


分子量: 1793.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')


分子量: 3390.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 212分子

#5: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES, 30%(v/v) Jeffamine ED-2100 Reagent

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.689→30 Å / Num. obs: 35654 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 40.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.155 / Χ2: 1 / Net I/av σ(I): 15.661 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 250577
反射 シェル

Χ2: 1 / Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.69-2.796.90.81833940.8350.3350.88596.6
2.79-2.97.40.64735200.9270.2560.697100
2.9-3.037.40.4535350.9660.1780.485100
3.03-3.197.40.30335240.9810.120.327100
3.19-3.397.30.19235280.990.0770.207100
3.39-3.657.10.14435580.9930.0580.155100
3.65-4.0270.11935870.9940.0490.129100
4.02-4.67.10.07835830.9970.0320.084100
4.6-5.786.70.07536370.9970.0310.081100
5.78-3060.04937880.9980.0230.05599.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XSL

1xsl


解像度: 2.689→29.472 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 1998 5.62 %
Rwork0.1837 --
obs0.1865 35577 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.689→29.472 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5022 854 65 205 6146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046142
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8538480
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3972324
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076926
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004942
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6887-2.75590.33471310.25872198X-RAY DIFFRACTION94
2.7559-2.83040.30291420.24682397X-RAY DIFFRACTION100
2.8304-2.91360.28221410.23232364X-RAY DIFFRACTION100
2.9136-3.00760.2761410.21912392X-RAY DIFFRACTION100
3.0076-3.11490.27381420.21032374X-RAY DIFFRACTION100
3.1149-3.23950.28421420.19972388X-RAY DIFFRACTION100
3.2395-3.38670.24911420.18232380X-RAY DIFFRACTION100
3.3867-3.5650.21621430.1752395X-RAY DIFFRACTION100
3.565-3.78790.19911430.17912412X-RAY DIFFRACTION100
3.7879-4.07970.241430.16222400X-RAY DIFFRACTION100
4.0797-4.4890.1911440.14752430X-RAY DIFFRACTION100
4.489-5.13560.24411460.15952437X-RAY DIFFRACTION100
5.1356-6.45910.19841460.19152477X-RAY DIFFRACTION100
6.4591-29.47390.19831520.17772535X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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