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- PDB-5diu: The Fk1 domain of FKBP51 in complex with the new synthetic ligand... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5diu
タイトルThe Fk1 domain of FKBP51 in complex with the new synthetic ligand 2-(3-((R)-1-((S)-1-((S)-2-cyclohexyl-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)acetyl)piperidine-2-carboxamido)-3-(3,4-dimethoxyphenyl)propyl)phenoxy)acetic acid
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
キーワードISOMERASE / Fk-506 binding domain / Hsp90 cochaperone / immunophiline / peptidyl-prolyl isomerase / ligand selectivity
機能・相同性
機能・相同性情報


FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / chaperone-mediated protein folding / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding ...FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / chaperone-mediated protein folding / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding / protein-macromolecule adaptor activity / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Chitinase A; domain 3 - #40 / Tetratricopeptide repeat / Chitinase A; domain 3 / Tetratricopeptide repeat / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. ...: / Chitinase A; domain 3 - #40 / Tetratricopeptide repeat / Chitinase A; domain 3 / Tetratricopeptide repeat / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5BG / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Gaali, S. / Feng, X. / Sippel, C. / Bracher, A. / Hausch, F.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Rapid, Structure-Based Exploration of Pipecolic Acid Amides as Novel Selective Antagonists of the FK506-Binding Protein 51.
著者: Gaali, S. / Feng, X. / Hahle, A. / Sippel, C. / Bracher, A. / Hausch, F.
履歴
登録2015年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7732
ポリマ－14,0261
非ポリマー7471
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.029, 48.414, 56.852
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase


分子量: 14026.077 Da / 分子数: 1 / 断片: Fk1 domain, UNP residues 16-140
変異: additional N-terminal sequence GAP, cloning artefact, mutation A19T
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / プラスミド: pProEx-HtB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon+ RIL / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-5BG / {3-[(1R)-1-[({(2S)-1-[(2S)-2-cyclohexyl-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)acetyl]piperidin-2-yl}carbonyl)amino]-3-(3,4-dimethoxyphenyl)propyl]phenoxy}acetic acid


分子量: 746.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H54N2O10
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10 % PEG-3350, 0.2 M NH4-acetate and 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.03679 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03679 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.301→48.414 Å / Num. all: 31101 / Num. obs: 31101 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.3 % / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.053 / Net I/av σ(I): 6.949 / Net I/σ(I): 15.7 / Num. measured all: 259151
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.3-1.377.41.0430.73216343270.4311.0431.797
1.37-1.457.90.74613368742640.30.7462.6100
1.45-1.558.40.4481.73357140050.1720.4484.4100
1.55-1.688.50.2542.93188037460.0960.2547.3100
1.68-1.848.70.1395.32999634480.0510.13912100
1.84-2.068.90.0788.92814831500.0290.07820.7100
2.06-2.378.70.05512.32436528010.020.05529.8100
2.37-2.918.80.04514.12071923670.0170.04537.3100
2.91-4.118.40.03614.71584318870.0130.03648.399.9
4.11-48.4147.90.02917.9877911060.0110.0295199.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å36.86 Å
Translation3 Å36.86 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP10.2.35位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSSeptember 26, 2012データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3o5q

3o5q


解像度: 1.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / WRfactor Rfree: 0.1849 / WRfactor Rwork: 0.1417 / FOM work R set: 0.887 / SU B: 1.896 / SU ML: 0.035 / SU R Cruickshank DPI: 0.0494 / SU Rfree: 0.0502 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1852 1550 5 %RANDOM
Rwork0.1441 ---
obs0.1462 29490 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.08 Å2 / Biso mean: 21.323 Å2 / Biso min: 8.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.16 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.83 Å2-0 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数968 0 54 141 1163
Biso mean--15.77 35.03 -
残基数----128
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.021123
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3742.0311519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.113.0152540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5755142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.45124.61539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.05415199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.997153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02234
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.08932214
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.975545
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.68152278
LS精密化 シェル解像度: 1.301→1.335 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 106 -
Rwork0.271 2024 -
all-2130 -
obs--95.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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