PDB-5dhu: Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dhu

タイトル

Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with a novel inhibitor

要素

NAD kinase 1

キーワード

TRANSFERASE / tetrameric NAD kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+ kinase / NADP biosynthetic process / NAD+ kinase activity / NAD metabolic process / NAD binding / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Gelin, M. / Paoletti, J. / Assairi, L. / Huteau, V. / Pochet, S. / Labesse, G.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 8-Thioalkyl-adenosine derivatives inhibit Listeria monocytogenes NAD kinase through a novel binding mode.
著者: Paoletti, J. / Assairi, L. / Gelin, M. / Huteau, V. / Nahori, M.A. / Dussurget, O. / Labesse, G. / Pochet, S.

履歴

登録	2015年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Data collection カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dhu.cif.gz	425.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dhu.ent.gz	353.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dhu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dhu_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dhu_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5dhu_validation.xml.gz	42.3 KB	表示
CIF形式データ	5dhu_validation.cif.gz	55 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/5dhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/5dhu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dhpC 5dhqC 5dhrC 5dhsC 5dhtC 2i1wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dht-d 5dhp-d 5dhs-d 6rbz-1 6rc5-1 6rbu-1 3v8p-1 6rbs-1 6rbp-1 6rr2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD kinase 1

B: NAD kinase 1

C: NAD kinase 1

D: NAD kinase 1

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.920, 119.340, 67.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.37, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NAD kinase 1 / ATP-dependent NAD kinase 分子量: 31045.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (バクテリア) 株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: nadK1, lmo0968 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y8D7, NAD+ kinase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-5A8 / 5'-azido-5'-deoxy-8-[(2-{[2-(1H-indol-3-yl)ethyl]amino}-2-oxoethyl)sulfanyl]adenosine 分子量: 524.556 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄N₁₀O₄S
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 30 mM sodium bromide, 220 mM potassium citrate, pH 4.8-5.1, glycerol 6%, 15-16% w/v polyethylene glycol 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.978002 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978002 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.33→66.643 Å / Num. all: 41403 / Num. obs: 41403 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 47.22 Å² / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.046 / R_sym value: 0.032 / Net I/av σ(I): 16.056 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 111019

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.33-2.46	2.8	0.441	1.4	18182	6495	0.377	0.441	2.1	100
2.46-2.61	2.7	0.229	2.7	16698	6152	0.201	0.229	3.7	100
2.61-2.78	2.7	0.141	4.3	11777	4443	0.128	0.141	5.5	76.5
2.78-3.01	2.6	0.079	8.2	13948	5346	0.07	0.079	8.4	100
3.01-3.3	2.6	0.04	17	13106	4976	0.036	0.04	13.7	100
3.3-3.68	2.6	0.028	21.1	8874	3436	0.026	0.028	19.1	76
3.68-4.25	2.6	0.022	27.6	8312	3152	0.019	0.022	24.7	79.3
4.25-5.21	2.6	0.019	30.4	8875	3359	0.017	0.019	29.8	99.9
5.21-7.37	2.6	0.021	26.2	6707	2600	0.019	0.021	28.5	99.7
7.37-59.67	3.1	0.016	34.7	4540	1444	0.012	0.016	35.2	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2i1w

2i1w

解像度: 2.33→47.453 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 32.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	2520	3.1 %
R_work	0.2245	-	-
obs	0.2255	41175	92.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→47.453 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8029	0	167	211	8407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8423
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.533	11406
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.608	3014
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.021	1238
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1450

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.33-2.3749	0.5523	140	0.4181	4628	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3749-2.4233	0.3407	163	0.3909	4672	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4233-2.476	0.4378	152	0.3634	4742	X-RAY DIFFRACTION	99
2.476-2.5336	0.3605	158	0.3332	4730	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5336-2.597	0.3021	131	0.3172	4717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.597-2.6672	0.3703	91	0.3148	3595	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6672-2.7457	0.3935	104	0.3207	3228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7457-2.8343	0.2806	142	0.3061	4748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8343-2.9356	0.3543	147	0.3037	4764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9356-3.0531	0.3392	157	0.2661	4744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0531-3.192	0.2634	166	0.2469	4725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.192-3.3602	0.2605	165	0.2289	4710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3602-3.5707	0.2167	129	0.1985	3614	X-RAY DIFFRACTION	76
3.5707-3.8463	0.2585	99	0.2063	3283	X-RAY DIFFRACTION	69
3.8463-4.2331	0.2182	127	0.1692	3556	X-RAY DIFFRACTION	75
4.2331-4.8452	0.1915	160	0.1482	4724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8452-6.1024	0.2011	156	0.1764	4756	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1024-47.4632	0.2446	133	0.2023	4711	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.831	2.73	-1.1862	6.0651	-1.8644	2.5988	0.12	-0.077	-0.3783	0.3232	-0.1734	-0.2395	0.3619	0.0095	0.0698	0.7852	-0.0681	0.0426	0.3045	0.0439	0.5442	5.5441	-31.7257	-26.3804
2	2.0544	0.87	-0.1987	2.4524	-0.9101	3.4303	0.1453	0.0097	0.0183	0.2665	-0.1198	0.1887	0.15	-0.3261	-0.0789	0.3616	-0.0238	0.0209	0.2017	-0.0397	0.368	10.0921	-7.6157	-38.9475
3	3.2632	1.6284	0.2462	6.7319	1.8003	2.2467	0.3895	-0.7008	0.8459	0.4222	-0.1568	0.116	-0.5779	0.5188	-0.2428	0.7821	-0.311	-0.0217	0.7162	-0.1739	0.7945	35.4836	16.7735	-24.0815
4	2.2146	0.1198	-0.4602	2.4661	0.4305	3.1281	0.1098	-0.3849	-0.215	0.4195	-0.1376	-0.4693	0.1154	0.657	0.0106	0.4033	-0.0526	-0.1595	0.3905	0.078	0.5153	34.6536	-7.8313	-34.1328
5	3.8934	-1.732	2.7094	3.5382	-2.8231	2.8708	0.0295	1.0189	1.1233	-0.2174	0.2081	0.2092	-0.5916	-0.3532	-0.1224	0.855	0.3321	0.0419	1.0822	0.3918	0.87	6.0986	7.0242	-77.4469
6	3.9269	0.5689	-0.7365	2.56	-0.4809	2.7571	0.1835	0.7542	-0.2971	-0.2819	-0.1357	0.1693	0.169	-0.2291	-0.0596	0.3954	0.1608	-0.0735	0.4726	-0.0988	0.3447	15.7935	-14.2167	-64.8939
7	6.512	-2.2188	-2.6848	3.9334	2.9266	2.3858	0.1819	0.8063	-0.8615	0.2473	-0.0574	-0.4417	0.866	0.8829	-0.1174	0.8392	0.4703	-0.0034	1.0217	-0.0656	0.8907	51.9717	-24.6034	-69.0069
8	3.8238	-0.9987	-0.4781	1.7112	0.5113	2.8595	0.43	0.5698	0.3128	-0.3102	-0.2861	-0.6887	-0.1995	0.5177	-0.1963	0.3677	0.1082	0.1176	0.4952	0.1118	0.4838	38.5218	-4.1262	-61.1984

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:100)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 101:264)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 1:100)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 101:264)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 1:100)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 101:264)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 1:100)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 101:264)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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