PDB-5dht: Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dht

タイトル

Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with a novel inhibitor

要素

NAD kinase 1

キーワード

TRANSFERASE / tetrameric NAD kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+ kinase / NADP biosynthetic process / NAD+ kinase activity / NAD metabolic process / NAD binding / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Gelin, M. / Paoletti, J. / Assairi, L. / Huteau, V. / Pochet, S. / Labesse, G.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 8-Thioalkyl-adenosine derivatives inhibit Listeria monocytogenes NAD kinase through a novel binding mode.
著者: Paoletti, J. / Assairi, L. / Gelin, M. / Huteau, V. / Nahori, M.A. / Dussurget, O. / Labesse, G. / Pochet, S.

履歴

登録	2015年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Data collection カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dht.cif.gz	428.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dht.ent.gz	356.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dht.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dht_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dht_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	5dht_validation.xml.gz	43.1 KB	表示
CIF形式データ	5dht_validation.cif.gz	55.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/5dht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/5dht	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dhpC 5dhqC 5dhrC 5dhsC 5dhuC 2i1wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dhu-d 5dhp-d 3v8p-1 6rbr-1 6rc5-1 6rc2-1 5dhq-d 6rbs-1 5dhs-d 6rc1-1 6rbt-1 6rbo-1 6rc0-1 6rbu-1 6rbp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD kinase 1

B: NAD kinase 1

C: NAD kinase 1

D: NAD kinase 1

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.781, 119.072, 67.347
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NAD kinase 1 / ATP-dependent NAD kinase 分子量: 31045.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (バクテリア) 株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: nadK1, lmo0968 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y8D7, NAD+ kinase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-5A9 / 5'-azido-8-[(2-{[2-(3-bromophenyl)ethyl]amino}-2-oxoethyl)sulfanyl]-5'-deoxyadenosine 分子量: 564.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂BrN₉O₄S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.07 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 30 mM sodium bromide, 220 mM potassium citrate, pH 4.8-5.1, glycerol 6%, 15-16% w/v polyethylene glycol 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9334 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.59→66.317 Å / Num. all: 32287 / Num. obs: 32287 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 50.88 Å² / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.052 / R_sym value: 0.035 / Net I/av σ(I): 19.333 / Net I/σ(I): 16.9 / Num. measured all: 89093

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.59-2.73	2.8	0.35	2.2	13181	4696	0.287	0.35	2.6	100
2.73-2.9	2.8	0.242	3.2	12437	4438	0.203	0.242	3.6	100
2.9-3.1	2.8	0.15	5.2	11574	4181	0.127	0.15	5.6	100
3.1-3.34	2.8	0.082	9.6	10768	3913	0.07	0.082	9.7	100
3.34-3.66	2.7	0.042	16.1	9477	3566	0.039	0.042	16.9	99.9
3.66-4.1	2.6	0.028	23.1	8465	3241	0.027	0.028	24.4	99.5
4.1-4.73	2.8	0.017	39.3	8089	2872	0.015	0.017	34.8	100
4.73-5.79	2.9	0.016	43	6927	2422	0.013	0.016	38	100
5.79-8.19	2.8	0.015	46.5	5358	1899	0.013	0.015	39.4	100
8.19-66.317	2.7	0.013	40.5	2817	1059	0.012	0.013	47.9	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2i1w

2i1w

解像度: 2.59→66.317 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 31.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2714	1973	3.12 %
R_work	0.2292	-	-
obs	0.2305	63300	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→66.317 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8109	0	178	188	8475

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8491
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.695	11493
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.019	3049
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	1247
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1466

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.59-2.6548	0.4244	109	0.3667	4352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6548-2.7266	0.4025	155	0.3419	4422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7266-2.8068	0.3151	130	0.3235	4416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8068-2.8974	0.3815	137	0.3173	4384	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8974-3.0009	0.3487	135	0.2929	4367	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0009-3.1211	0.295	170	0.2709	4364	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1211-3.2631	0.2566	125	0.2489	4432	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2631-3.4352	0.2861	162	0.2389	4379	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4352-3.6504	0.2718	163	0.2332	4307	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6504-3.9322	0.3281	127	0.2769	4365	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9322-4.3278	0.2218	153	0.183	4353	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3278-4.9539	0.2161	138	0.1481	4401	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9539-6.2407	0.2128	138	0.1877	4386	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2407-66.3385	0.2557	131	0.2064	4399	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0095	3.3928	-1.5282	5.641	-1.7927	2.6902	0.1996	-0.2844	-0.3098	0.7958	-0.1847	-0.08	0.3795	-0.0707	-0.0076	0.7812	-0.0993	0.0832	0.3678	0.0144	0.4728	5.2576	-32.5323	-26.2841
2	3.2615	1.0227	-0.7541	4.3051	-1.0167	3.6769	0.1408	-0.0072	0.0219	0.3745	-0.0969	0.2687	0.1454	-0.2864	-0.0709	0.3559	-0.05	0.0613	0.2478	-0.0573	0.2961	9.9395	-8.65	-38.616
3	3.6713	0.0715	1.3759	3.67	2.6713	3.45	0.5197	-0.5493	1.0595	0.4822	-0.3409	-0.444	-0.3843	0.4154	-0.1034	0.8752	-0.3615	-0.0583	0.6415	-0.0827	0.7928	35.9324	15.4513	-24.1016
4	2.8315	-0.5095	-0.2078	3.915	1.0367	3.2225	0.0705	-0.2873	-0.4468	0.6395	-0.0415	-0.604	0.2643	0.5942	-0.0066	0.456	-0.0572	-0.1418	0.4413	0.0928	0.5914	34.5765	-9.2696	-34.2275
5	3.2832	-1.1798	1.6185	4.6877	-2.1784	3.9193	0.1017	0.9903	1.2504	-0.7866	-0.0586	0.6331	-0.3654	-0.2544	-0.01	0.8575	0.1962	-0.0751	0.8299	0.3312	0.9407	6.0036	6.8606	-77.3073
6	4.2625	0.5154	-0.1754	4.5247	-0.3422	2.6576	0.0993	0.6332	-0.2859	-0.463	-0.0826	0.2371	0.1371	-0.2483	-0.0157	0.4166	0.1246	0.0009	0.4449	-0.0745	0.2783	15.3757	-15.0209	-64.7046
7	4.9746	-0.9574	-2.2922	3.3882	3.4357	3.8812	0.2819	0.388	-0.4381	-0.0399	-0.0541	-0.843	0.683	1.0659	-0.1577	0.8794	0.4106	0.1769	0.9805	-0.0759	1.005	51.1665	-26.8589	-69.7609
8	3.2628	-0.4407	-0.0511	2.8886	0.2133	2.7788	0.2161	0.5605	0.2891	-0.3924	-0.1037	-0.8091	-0.0597	0.486	-0.1509	0.3377	0.051	0.1102	0.4963	0.0786	0.5129	38.0268	-5.4827	-61.0987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:100)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 101:264)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 1:100)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 101:264)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 1:100)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 101:264)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 1:100)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 101:264)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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