PDB-5dhs: Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dhs

タイトル

Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with a novel inhibitor

要素

NAD kinase 1

キーワード

TRANSFERASE / tetrameric NAD kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+ kinase / NADP biosynthetic process / NAD+ kinase activity / NAD metabolic process / NAD binding / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.62 Å

データ登録者

Gelin, M. / Paoletti, J. / Assairi, L. / Huteau, V. / Pochet, S. / Labesse, G.

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 8-Thioalkyl-adenosine derivatives inhibit Listeria monocytogenes NAD kinase through a novel binding mode.
著者: Paoletti, J. / Assairi, L. / Gelin, M. / Huteau, V. / Nahori, M.A. / Dussurget, O. / Labesse, G. / Pochet, S.

履歴

登録	2015年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dhs.cif.gz	428.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dhs.ent.gz	355.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dhs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dhs_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dhs_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5dhs_validation.xml.gz	43.9 KB	表示
CIF形式データ	5dhs_validation.cif.gz	56.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/5dhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/5dhs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dhpC 5dhqC 5dhrC 5dhtC 5dhuC 2i1wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6rg6-1 2i2f-1 5dhu-d 2i2c-1 3v8p-1 5dht-d 6rbo-1 5dhp-d 6rg9-1 5dhr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD kinase 1

B: NAD kinase 1

C: NAD kinase 1

D: NAD kinase 1

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.770, 118.950, 66.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.140, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	MET	MET	ASP	ASP	chain A	A	A	1 - 264	1 - 264
2	MET	MET	HIS	HIS	chain B	B	B	1 - 267	1 - 267
3	MET	MET	GLU	GLU	chain C	C	C	1 - 263	1 - 263
4	LYS	LYS	GLU	GLU	chain D	D	D	2 - 263	2 - 263

#1: タンパク質	NAD kinase 1 / ATP-dependent NAD kinase / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1 分子量: 31045.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (バクテリア) 遺伝子: nadK1, lmo0968 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y8D7, NAD+ kinase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-5AG / 5'-azido-5'-deoxy-8-[(2-{[2-(3-ethynylphenyl)ethyl]amino}-2-oxoethyl)sulfanyl]adenosine 分子量: 509.541 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₃N₉O₄S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.59 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 30 mM sodium bromide, 220 mM potassium citrate, pH 4.8-5.1, glycerol 6%, 15-16% w/v polyethylene glycol 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9334 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.62→65.855 Å / Num. all: 30967 / Num. obs: 30967 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 49.1 Å² / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.063 / R_sym value: 0.045 / Net I/av σ(I): 12.759 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 80726

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.62-2.76	2.7	0.351	2.2	12034	4492	0.302	0.351	1.9	100
2.76-2.93	2.7	0.254	3	11380	4281	0.224	0.254	2.6	100
2.93-3.13	2.6	0.152	5.1	10509	3988	0.135	0.152	4.2	100
3.13-3.38	2.6	0.088	8.6	9717	3751	0.078	0.088	7.2	100
3.38-3.71	2.6	0.047	16.2	8851	3444	0.04	0.047	12.8	100
3.71-4.14	2.6	0.03	23.8	8077	3110	0.026	0.03	18.5	100
4.14-4.78	2.6	0.02	24.2	7248	2762	0.017	0.02	26.1	100
4.78-5.86	2.6	0.02	32.5	5924	2316	0.017	0.02	26.9	100
5.86-8.29	2.5	0.021	27.5	4548	1814	0.018	0.021	28.5	99.9
8.29-44.139	2.4	0.019	17	2438	1009	0.017	0.019	36.6	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2i1w

2i1w

解像度: 2.62→44.139 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 32.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2776	1910	3.14 %
R_work	0.2425	58876	-
obs	0.2437	30967	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 210.2 Å² / B_iso mean: 73.6062 Å² / B_iso min: 13.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.62→44.139 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8071	0	176	173	8420
B_iso mean	-	-	59.54	46.43	-
残基数	-	-	-	-	1030

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8449
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.756	11437
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	1247
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1456
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.748	3024

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4709	X-RAY DIFFRACTION	11.296	TORSIONAL
1	2	B	4709	X-RAY DIFFRACTION	11.296	TORSIONAL
1	3	C	4709	X-RAY DIFFRACTION	11.296	TORSIONAL
1	4	D	4709	X-RAY DIFFRACTION	11.296	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.62-2.6855	0.4259	137	0.4	4193	4330	99
2.6855-2.7581	0.4267	117	0.3813	4195	4312	99
2.7581-2.8393	0.4012	129	0.3726	4239	4368	100
2.8393-2.9309	0.3639	125	0.3511	4189	4314	100
2.9309-3.0356	0.4091	145	0.3253	4218	4363	100
3.0356-3.1571	0.2942	149	0.2978	4178	4327	100
3.1571-3.3008	0.305	130	0.2713	4215	4345	100
3.3008-3.4747	0.2805	167	0.2455	4174	4341	100
3.4747-3.6924	0.2439	145	0.2161	4236	4381	100
3.6924-3.9773	0.2313	120	0.217	4229	4349	100
3.9773-4.3772	0.2626	155	0.1887	4161	4316	100
4.3772-5.0098	0.208	134	0.1763	4216	4350	100
5.0098-6.3089	0.2465	134	0.2146	4205	4339	100
6.3089-44.1451	0.2679	123	0.23	4228	4351	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4782	1.0397	-1.2869	5.2761	-2.1144	3.3497	0.2078	-0.4172	-0.5633	0.7735	-0.4101	-0.101	0.2781	0.1503	0.1658	0.7253	-0.1243	-0.0098	0.3295	0.0346	0.4231	5.289	-30.4644	-25.9485
2	2.9453	1.8091	-0.9321	3.4345	-0.7965	3.2228	0.2073	-0.0785	0.0287	0.4775	-0.1472	0.232	-0.0788	-0.2345	-0.0777	0.3077	-0.0156	0.0108	0.216	-0.0543	0.2661	9.8662	-6.4075	-38.457
3	3.5305	1.3116	0.7873	1.4781	0.7017	1.6623	0.9553	-1.3843	1.2354	0.5888	-0.174	-0.0905	-0.7089	0.301	-0.1121	0.9758	-0.8084	-0.0182	1.1046	-0.3088	0.8625	35.3671	17.9311	-23.777
4	3.0646	0.1444	-0.18	0.9653	0.183	3.3423	0.1911	-0.4697	-0.4239	0.4214	-0.1606	-0.7832	0.0035	0.9081	-0.0758	0.4086	-0.1182	-0.2145	0.6108	0.1466	0.7375	34.4519	-6.7894	-33.6573
5	3.9247	-0.492	2.2143	2.8913	-1.5413	3.6519	0.3254	0.7711	0.9139	-0.9479	-0.0341	0.5216	-1.0093	-0.6443	-0.1369	0.9179	0.3509	0.0705	0.9506	0.3222	0.7881	6.1234	8.505	-77.2942
6	4.1307	0.886	-0.5697	3.6658	0.0823	3.1311	0.1168	0.7879	-0.2977	-0.2398	-0.0782	-0.0346	0.101	-0.2288	-0.0088	0.38	0.1885	-0.0159	0.5	-0.0923	0.3034	15.5584	-12.9741	-64.4097
7	8.3301	-3.1039	-3.61	3.6346	2.8811	4.7772	0.13	0.7657	-0.6874	-0.1164	-0.5506	0.1156	0.7586	0.4252	0.224	0.6624	0.3739	0.0162	1.2479	-0.083	0.8103	51.4171	-23.9281	-68.3525
8	2.1398	0.0788	-0.0962	2.8923	0.5219	2.3037	0.216	0.5287	0.1171	-0.1398	-0.1243	-0.9128	-0.1093	0.6774	-0.2004	0.2998	0.1093	0.085	0.6603	0.1149	0.593	38.1317	-3.2113	-60.7062

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:100)	A	1 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 101:264)	A	101 - 264
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 1:100)	B	1 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 101:264)	B	101 - 264
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 1:100)	C	1 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 101:264)	C	101 - 264
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 1:100)	D	1 - 100
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 101:264)	D	101 - 264

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