PDB-5dhr: Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dhr

タイトル

Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with a novel inhibitor

要素

NAD kinase 1

キーワード

TRANSFERASE / tetrameric NAD kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+ kinase / NAD+ kinase activity / NADP biosynthetic process / NAD metabolic process / NAD binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Gelin, M. / Paoletti, J. / Assairi, L. / Huteau, V. / Pochet, S. / Labesse, G.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 8-Thioalkyl-adenosine derivatives inhibit Listeria monocytogenes NAD kinase through a novel binding mode.
著者: Paoletti, J. / Assairi, L. / Gelin, M. / Huteau, V. / Nahori, M.A. / Dussurget, O. / Labesse, G. / Pochet, S.

履歴

登録	2015年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Data collection カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dhr.cif.gz	433.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dhr.ent.gz	358.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dhr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5dhr_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dhr_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	5dhr_validation.xml.gz	42.9 KB	表示
CIF形式データ	5dhr_validation.cif.gz	55.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/5dhr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/5dhr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5dhpC 5dhqC 5dhsC 5dhtC 5dhuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rc6-1 6rg9-1 6rg6-1 5dhs-d 3v8p-1 5dhp-d 6rr2-1 5dht-d 6rc2-1 2i2f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD kinase 1

B: NAD kinase 1

C: NAD kinase 1

D: NAD kinase 1

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.530, 118.710, 66.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NAD kinase 1 / ATP-dependent NAD kinase 分子量: 31045.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (バクテリア) 株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: nadK1, lmo0968 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y8D7, NAD+ kinase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-5AJ / 5'-azido-8-[(2-{[2-(1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]amino}-2-oxoethyl)sulfanyl]-5'-deoxyadenosine 分子量: 525.544 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₃N₁₁O₄S
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.95 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 30 mM sodium bromide, 220 mM potassium citrate, pH 4.8-5.1, glycerol 6%, 15-16% w/v polyethylene glycol 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.978002 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978002 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.31→65.499 Å / Num. all: 44486 / Num. obs: 44486 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 40.33 Å² / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.065 / R_sym value: 0.044 / Net I/av σ(I): 11.534 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 115228

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.31-2.43	2.7	0.392	1.8	17082	6443	0.38	0.392	2	99.8
2.43-2.58	2.6	0.248	2.8	16172	6146	0.234	0.248	3	99.8
2.58-2.76	2.6	0.175	4.1	15112	5779	0.159	0.175	4.3	99.9
2.76-2.98	2.6	0.11	6.6	13915	5340	0.1	0.11	6.3	99.9
2.98-3.27	2.6	0.059	12.4	12715	4942	0.055	0.059	10.3	99.9
3.27-3.65	2.6	0.033	19.1	11543	4491	0.03	0.033	16	99.9
3.65-4.22	2.6	0.026	24.6	10296	3959	0.024	0.026	20.3	99.9
4.22-5.17	2.5	0.026	19.7	8297	3341	0.024	0.026	22.9	99.5
5.17-7.3	2.4	0.029	15.3	6101	2596	0.028	0.029	22.3	99.7
7.3-59.355	2.8	0.022	22.5	3995	1449	0.018	0.022	27.3	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.31→57.303 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 32.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2664	2719	3.11 %
R_work	0.2235	-	-
obs	0.2249	87321	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→57.303 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8191	0	180	206	8577

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	8594
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.508	11641
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.203	3072
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.022	1261
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1482

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.31-2.352	0.4089	134	0.373	4324	X-RAY DIFFRACTION	98
2.352-2.3973	0.4031	145	0.3861	4356	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3973-2.4462	0.4661	164	0.385	4441	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4462-2.4994	0.3813	152	0.3586	4441	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4994-2.5575	0.314	117	0.3259	4510	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5575-2.6215	0.3678	119	0.3178	4488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6215-2.6924	0.3883	149	0.3118	4432	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6924-2.7716	0.35	126	0.2933	4520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7716-2.8611	0.3952	137	0.2993	4410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8611-2.9633	0.3445	144	0.289	4490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9633-3.0819	0.408	152	0.2719	4455	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0819-3.2222	0.263	142	0.2437	4471	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2222-3.3921	0.2693	166	0.22	4446	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3921-3.6046	0.2078	167	0.1837	4454	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6046-3.8828	0.2017	128	0.1749	4533	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8828-4.2734	0.1724	156	0.1603	4413	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2734-4.8915	0.1983	146	0.1469	4461	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8915-6.1617	0.2451	142	0.1825	4474	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1617-57.3204	0.2409	133	0.2021	4483	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4855	2.539	-0.6348	6.0324	-1.4801	4.5843	0.128	-0.1775	0.2972	0.4862	-0.4108	-0.4167	-0.4213	0.324	0.2336	0.4038	-0.0512	-0.0107	0.2766	0.0832	0.713	7.0235	24.9918	0.8301
2	4.0325	0.8674	-0.2784	2.5457	-1.3144	2.2855	0.092	0.1785	0.1148	-0.03	-0.2791	-0.3188	-0.0987	0.1183	0.1399	0.2861	0.0479	0.0213	0.1826	0.0279	0.305	-6.1383	1.1841	2.9079
3	1.2923	-0.2901	0.4112	1.3308	-1.4408	2.6934	-0.4225	-0.7513	-0.7338	0.0657	-0.3311	-0.5906	0.7283	0.7934	-0.4488	0.7329	0.1901	-0.1382	1.309	0.9855	0.8819	3.5688	-23.755	30.2491
4	2.7238	0.0354	0.1495	1.3426	-0.2575	2.6931	0.1103	-1.0776	0.0768	0.7621	-0.3162	-0.2063	-0.503	0.3547	0.1247	0.7506	-0.1901	-0.1046	0.6804	0.0307	0.349	-5.8709	1.0835	28.009
5	3.2623	2.0777	2.4464	2.4177	0.3911	3.1216	0.0618	0.7211	-0.8589	-0.5491	-0.2067	0.6126	0.9304	-0.6679	0.011	0.7619	-0.1732	-0.0474	0.9697	-0.4537	0.8504	-43.4909	-13.8349	-7.9468
6	2.6701	-0.4531	-0.438	2.6598	-0.4804	3.2947	0.0994	0.2173	0.1675	-0.1316	-0.1346	0.2377	-0.3506	-0.7363	0.0313	0.2957	0.1337	-0.0128	0.4346	-0.1016	0.3272	-32.708	7.6756	3.8979
7	4.713	-2.4458	-2.8548	2.9983	1.324	1.7599	0.1812	-0.3831	0.6944	0.112	-0.4447	0.2258	-0.7853	-1.3664	0.0321	0.9334	0.3134	0.0844	1.4092	-0.3692	0.6168	-44.5505	19.2195	38.592
8	3.0339	-0.5548	-0.8074	1.8459	0.4825	2.4132	-0.1164	-0.7365	-0.2086	0.669	-0.0949	0.3432	0.1466	-0.499	0.1795	0.5137	-0.0552	0.1332	0.6895	-0.0606	0.3421	-33.1751	-2.4156	26.8429

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:100)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 101:264)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 1:100)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 101:264)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 1:100)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 101:264)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid 1:100)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 101:264)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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