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- PDB-5dfy: Structure of the parental state of GAF3 from Slr1393 of Synechocy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dfy
タイトルStructure of the parental state of GAF3 from Slr1393 of Synechocystis sp. PCC6803 (in vitro assembled protein/chromophore)
要素Histidine kinase
キーワードTRANSFERASE / cyanobacteriochrome / phycocyanobilin chromophore / photochromicity / bilin-binding GAF domain / photochrome-related protein
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity
類似検索 - 分子機能
: / PAS domain / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily ...: / PAS domain / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Xu, X.-L. / Zhao, K.-H. / Gaertner, W. / Hoeppner, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural elements regulating the photochromicity in a cyanobacteriochrome
著者: Xu, X.-L. / Hoeppner, A. / Wiebeler, C. / Zhao, K.-H. / Schapiro, I. / Gaertner, W.
履歴
登録2015年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年1月29日Group: Atomic model / Database references / カテゴリ: atom_site / citation / citation_author
Item: _atom_site.occupancy / _citation.country ..._atom_site.occupancy / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4452
ポリマ－24,8571
非ポリマー5891
水3,945219
1
A: Histidine kinase
ヘテロ分子

A: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8914
ポリマ－49,7132
非ポリマー1,1772
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area3830 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area15990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.940, 62.940, 119.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-993-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Histidine kinase


分子量: 24856.637 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 441-597 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
遺伝子: slr1393 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P73184, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.02 M sodium citrate pH 5.6, 0.1 M sodium chloride, 11 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.00894 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00894 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→44.51 Å / Num. obs: 32428 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.71 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 27.87
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 12.4 % / Mean I/σ(I) obs: 6.44 / Rsym value: 0.342 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→33.629 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 16.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1806 1612 4.97 %
Rwork0.1546 --
obs0.1559 32422 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.629 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1299 0 43 219 1561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091405
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3221918
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05194
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006253
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5999-1.6470.22331160.18762503X-RAY DIFFRACTION99
1.647-1.70020.21471250.1832539X-RAY DIFFRACTION100
1.7002-1.76090.21581290.1772502X-RAY DIFFRACTION100
1.7609-1.83140.19381380.16962521X-RAY DIFFRACTION100
1.8314-1.91480.1941450.17292523X-RAY DIFFRACTION100
1.9148-2.01570.20321330.16112551X-RAY DIFFRACTION100
2.0157-2.1420.19451250.15992550X-RAY DIFFRACTION100
2.142-2.30730.18211440.15282542X-RAY DIFFRACTION100
2.3073-2.53940.18081340.15282570X-RAY DIFFRACTION100
2.5394-2.90670.18121410.1652583X-RAY DIFFRACTION100
2.9067-3.66140.19491290.1492646X-RAY DIFFRACTION100
3.6614-33.63610.15081530.14112780X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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