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- PDB-5dej: Transthyretin natural mutant A19D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dej
タイトルTransthyretin natural mutant A19D
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TRANSTHYRETIN / IMMUNOGLOBULIN-LIKE / EXTRACELLULAR / HORMONE-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / phototransduction, visible light / Non-integrin membrane-ECM interactions / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Pereira, H.M. / Ferreira, P. / Andrade, C. / Lima, C. / Palhano, F. / Foguel, D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human Transthyretin natural mutant A19D
著者: Ferreira, P. / Pereira, H.M. / Andrade, C. / Lima, C. / Palhano, F. / Foguel, D.
履歴
登録2015年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年1月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / diffrn_source / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id
改定 2.12024年3月6日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5353
ポリマ－25,4942
非ポリマー401
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10880 Å2
手法PISA
2
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0696
ポリマ－50,9894
非ポリマー802
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6500 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.930, 41.750, 62.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 12747.227 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-145 / 変異: A19D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM HEPES, 200 mM CaCl2 and 28% PEG400, pH 7.5 / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月27日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→41.75 Å / Num. all: 46599 / Num. obs: 46599 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDRejects% possible all
1.37-1.4140.5911098
6.13-41.753.80.0431093.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.37→37.552 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2074 2263 4.86 %
Rwork0.1785 44288 -
obs0.1799 46551 96.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 71.23 Å2 / Biso mean: 21.9055 Å2 / Biso min: 10.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.37→37.552 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1751 0 0 232 1983
Biso mean---34.76 -
残基数----231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0732495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006316
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.001631
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.37-1.39980.3141430.27782747289098
1.3998-1.43240.27531640.25692729289397
1.4324-1.46820.25031420.23972748289097
1.4682-1.50790.25191360.22262630276693
1.5079-1.55230.21731560.20832773292998
1.5523-1.60240.21331340.20022800293498
1.6024-1.65960.21911670.20132760292798
1.6596-1.72610.28541130.19372822293599
1.7261-1.80460.24731440.19372841298598
1.8046-1.89980.21511460.1812784293098
1.8998-2.01880.19721430.16812744288797
2.0188-2.17470.17411170.16822660277792
2.1747-2.39350.18331360.17382795293197
2.3935-2.73970.21491390.17672827296697
2.7397-3.45140.20351340.17172835296996
3.4514-37.56640.18991490.15762793294291
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2825-0.49672.71594.646-4.32295.57340.21970.41840.2374-0.7558-0.3996-0.23960.30480.33870.12880.1680.0262-0.00570.1809-0.00520.121-7.9328-0.2983-29.9346
23.9355-1.94850.29422.1426-0.4620.9078-0.03790.0312-0.11510.02140.04240.1852-0.016-0.0634-0.01010.1324-0.008-0.0160.1499-0.01220.1455-17.5348-0.9583-25.5221
32.6681-4.31391.26468.3353-3.96265.13080.27760.6384-0.0565-0.6665-0.4553-0.09790.19010.12610.22450.16760.00880.00320.2342-0.01350.1716-9.6421-4.3851-34.2165
41.3768-1.49430.83672.6247-1.36112.2660.16270.2498-0.1255-0.2506-0.12620.38680.0891-0.0862-0.03490.120.0294-0.05250.1669-0.02030.1224-18.69827.199-28.9962
54.46264.4742-0.17426.3319-2.57273.3478-0.1760.1146-0.3333-0.15790.09970.00190.36810.03450.04730.1720.00180.03540.1263-0.02840.2274-12.0722-13.8684-20.4591
61.1963-0.92410.14635.4358-3.04891.7983-0.09360.0627-0.2077-0.08570.13050.0980.0622-0.1355-0.07210.16850.0079-0.01540.1408-0.01780.1453-13.5749-2.7022-17.263
71.3022-0.89120.2943.0895-3.16073.57760.10320.20260.1676-0.0093-0.15660.0191-0.16870.07160.03080.1644-0.003-0.04460.1618-0.00540.1603-9.50518.6237-27.4151
81.9081-0.0927-0.15033.8139-5.18017.0496-0.10440.13780.0794-0.2953-0.0354-0.15450.1853-0.02930.11290.1927-0.0144-0.02610.1545-0.01780.1201-5.80763.4399-22.2923
96.52042.9687-0.53373.9288-0.67781.15170.0983-0.2463-0.36570.6371-0.1045-0.0373-0.1447-0.034-0.01380.1757-0.00060.05770.12330.00480.1366-7.57032.5036-1.4485
104.1705-0.41-4.92880.04110.48365.80440.0775-0.43240.51110.14840.116-0.0876-0.05910.5027-0.36020.1476-0.0297-0.00160.1703-0.01890.1538-1.848512.6455-5.5713
114.13442.4960.41824.73510.22451.5827-0.16430.25540.147-0.43930.23360.6924-0.008-0.2160.03670.1799-0.0142-0.0350.16760.01670.2531-24.59630.5606-8.0004
122.71321.6583-0.01723.0570.47010.9050.0872-0.26420.10860.1214-0.14170.13010.01110.1292-0.00410.18210.00920.02350.1519-0.00380.1423-14.64335.4978-0.2638
132.53332.823-1.24914.8372-1.98432.20380.1009-0.10.03240.1063-0.08380.28380.05580.0924-0.01380.1536-0.00210.03210.1167-0.00330.148-19.3294-2.1366-2.9646
143.3663-2.49210.38162.85680.83678.0390.03580.05340.31210.091-0.0166-0.0368-0.1788-0.07-0.06290.1191-0.00710.00990.08920.01120.1567-8.765715.4925-14.3034
153.94131.2992-3.66663.3531-0.44734.1538-0.0062-0.00890.0114-0.9016-0.0661-0.33730.25440.10580.05180.19140.01320.04740.1280.01440.1169-15.6863-2.705-10.3324
161.9433-1.01183.57083.67770.88129.1610.4298-0.0535-0.3305-0.05720.1304-0.63090.14610.6443-0.30660.2879-0.00130.14660.25370.03420.5395-14.3298-14.7938-0.6367
172.28961.6711-2.0073.4753-4.71916.92960.0024-0.1211-0.1623-0.1303-0.1692-0.0180.21450.1790.07840.14490.00870.00680.1238-0.01050.1334-6.13590.0311-8.8327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 18 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 48 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 49 through 58 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 59 through 74 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 75 through 82 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 83 through 97 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 98 through 112 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 113 through 125 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 10 through 18 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 19 through 28 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 29 through 40 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 41 through 58 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 59 through 74 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 75 through 90 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 91 through 97 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 98 through 103 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 104 through 124 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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