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- PDB-5ddg: The structure of transcriptional factor AraR from Bacteroides the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ddg
タイトルThe structure of transcriptional factor AraR from Bacteroides thetaiotaomicron VPI in complex with target double strand DNA
要素
  • (DNA (27-MER)) x 2
  • transcriptional factor AraR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / AraR / DNA binding / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON / HELIX-TURN-HELIX MOTIF / NUDIX FOLD / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
AraR-like, winged helix DNA-binding domain / AraR C-terminal winged HTH domain / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...AraR-like, winged helix DNA-binding domain / AraR C-terminal winged HTH domain / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / MALONIC ACID / DNA / DNA (> 10) / NUDIX family hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Chang, C. / Tesar, C. / Rodionov, D. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: A novel transcriptional regulator of L-arabinose utilization in human gut bacteria.
著者: Chang, C. / Tesar, C. / Li, X. / Kim, Y. / Rodionov, D.A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2015年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22015年12月16日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: transcriptional factor AraR
B: transcriptional factor AraR
C: DNA (27-MER)
D: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1358
ポリマ－69,8354
非ポリマー3004
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)163.017, 163.017, 163.017
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number195
Space group name H-MP23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-409-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 transcriptional factor AraR / NUDIX family hydrolase


分子量: 26622.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_0354 / プラスミド: PMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8AAV8

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8235.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8355.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

-
非ポリマー , 3種, 20分子

#4: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.21 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20mM Magnesium chloride, 50 mM MOPS, 55% Tacsimate, 5mM hexammine cobalt chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月3日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 27538 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 0.991 / Net I/av σ(I): 13.103 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 142294
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.05-3.085.20.8516670.772100
3.08-3.15.30.8176630.75100
3.1-3.135.20.7357130.822100
3.13-3.165.30.5956770.848100
3.16-3.195.30.4796900.901100
3.19-3.225.20.5116720.926100
3.22-3.255.20.326931.07199.9
3.25-3.295.30.2426771.029100
3.29-3.325.20.2486951.036100
3.32-3.365.30.3026501.09100
3.36-3.45.20.2777130.996100
3.4-3.435.30.2576941.029100
3.43-3.485.20.2296581.042100
3.48-3.525.30.216870.978100
3.52-3.575.20.1947000.966100
3.57-3.625.30.1896801.024100
3.62-3.675.30.1826840.974100
3.67-3.725.20.1656641.00799.8
3.72-3.785.30.1487051.06299.9
3.78-3.845.30.1386891.0799.9
3.84-3.915.20.1276871.102100
3.91-3.985.20.1196761.06799.9
3.98-4.065.30.1126971.037100
4.06-4.145.20.1066741.00999.9
4.14-4.235.20.0976890.973100
4.23-4.335.20.0966880.99799.9
4.33-4.445.20.0917021.018100
4.44-4.565.20.096691.045100
4.56-4.695.20.0867140.96100
4.69-4.845.20.0846830.979100
4.84-5.015.20.0886741.021100
5.01-5.215.10.0847110.884100
5.21-5.455.10.0866940.979100
5.45-5.745.10.0916901.024100
5.74-6.15.10.0887040.972100
6.1-6.575.10.0867070.992100
6.57-7.2350.0836950.898100
7.23-8.274.90.0887171.00999.9
8.27-10.44.70.0917121.11398.6
10.4-504.10.0956841.27690.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
Cootモデル構築
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.06→49.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 12.797 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.529 / ESU R Free: 0.31
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2299 1349 5 %RANDOM
Rwork0.1996 ---
obs0.2011 25711 97.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 202.64 Å2 / Biso mean: 64.319 Å2 / Biso min: 32.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.06→49.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3619 1107 20 16 4762
Biso mean--67.6 47.44 -
残基数----503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0174953
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3281.7666902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91539648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4345447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.55924.426183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.88215620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9561522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021119
LS精密化 シェル解像度: 3.056→3.135 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 89 -
Rwork0.318 1619 -
all-1708 -
obs--84.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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