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- PDB-5dby: Crystal Structure of Equine Serum Albumin in Complex with Diclofe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dby
タイトルCrystal Structure of Equine Serum Albumin in Complex with Diclofenac and Naproxen Obtained in Displacement Experiment
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Helical / Three-domain protein / Serum Albumin / Drugs delivery / Diclofenac / Naproxen
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / fatty acid binding / cellular response to starvation / response to nutrient levels / pyridoxal phosphate binding / lipid binding / protein-containing complex ...cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / fatty acid binding / cellular response to starvation / response to nutrient levels / pyridoxal phosphate binding / lipid binding / protein-containing complex / : / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2-[2,6-DICHLOROPHENYL)AMINO]BENZENEACETIC ACID / FORMIC ACID / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / MALONATE ION / (2S)-2-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propanoic acid / SUCCINIC ACID / Albumin / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Sekula, B. / Bujacz, A. / Bujacz, G.
資金援助 ポーランド, 3件
組織認可番号国
Polsih Ministry of Science and Higher EducationN N405 3636 39 ポーランド
National Science Centre Poland2013/11/B/ST5/02271 ポーランド
National Science Centre Poland2014/12/T/ST5/00136 ポーランド
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into the Competitive Binding of Diclofenac and Naproxen by Equine Serum Albumin.
著者: Sekula, B. / Bujacz, A.
履歴
登録2015年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,36118
ポリマ－65,6261
非ポリマー1,73517
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area26490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.320, 94.320, 141.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 65625.867 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-607 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: blood / 参照: UniProt: F7BAY6, UniProt: P35747*PLUS

-
非ポリマー , 8種, 101分子

#2: 化合物 ChemComp-DIF / 2-[2,6-DICHLOROPHENYL)AMINO]BENZENEACETIC ACID / DICLOFENAC


分子量: 296.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11Cl2NO2 / コメント: 抗炎症剤, 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NPS / (2S)-2-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propanoic acid / NAPROXEN


分子量: 230.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14O3 / コメント: 抗炎症剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION


分子量: 102.046 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.69 % / 解説: hexagonal prism
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M acetate buffer pH 5.0, unliganded crystal was soaked in the diclofenac solution for 1h and transferred to the naproxen solution for 1h

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月6日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 29716 / Num. obs: 29700 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.09 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 15.37
反射 シェル解像度: 2.35→2.45 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.989 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
REFMAC5.8.0124位相決定
XSCALEVERSION July 4,2012データスケーリング
XDSVERSION July 4,2012データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OT2

4ot2


解像度: 2.35→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 23.231 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23397 1121 3.8 %RANDOM
Rwork0.19332 ---
obs0.19499 28576 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.944 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å2-0.19 Å20 Å2
2---0.39 Å2-0 Å2
3---1.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4568 0 118 84 4770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0194790
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9326461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.135310452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9115581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.85225212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.67215849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3361520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021000
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6021.4622327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6021.4622327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8972.1712900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.8972.1712901
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0451.7242463
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0451.7262464
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4632.5223561
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.80612.8755402
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.80412.7625387
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 67 -
Rwork0.307 2115 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6975-0.21750.9582.34750.81222.29090.11440.19080.3069-0.33530.07530.1232-0.3663-0.1474-0.18960.681-0.10310.06070.54690.11540.103741.23442.16570.1
211.7089-0.6385-3.15341.34880.0143.12250.13771.0918-0.2225-0.51690.1094-0.44730.1079-0.0173-0.24711.104-0.19870.07350.641-0.02160.249849.14829.19956.375
39.68861.398-3.41250.7532-0.32594.04790.07630.333-0.6903-0.3622-0.0182-0.5348-0.1530.4096-0.05810.862-0.06310.21210.5412-0.00380.413153.72821.62662.513
41.7161.6061.18076.2910.34742.45330.0826-0.36940.31310.2084-0.1490.17130.042-0.03990.06640.5095-0.0421-0.03530.5421-0.04530.089541.45919.53684.061
51.3026-2.1549-0.473711.0312-3.00862.90340.0117-0.21910.2936-0.03660.0472-1.1365-0.06460.8083-0.05880.4033-0.0887-0.06210.7089-0.11780.277355.77420.79282.939
69.03873.88750.50313.7543-1.96692.3370.49-0.9363-0.13080.9195-0.4892-0.0519-0.63190.0936-0.00080.94260.0152-0.10780.60770.0690.066937.8684.74897.095
78.94760.6851-5.34374.044-2.18688.8569-0.04810.052-0.30670.41120.13240.4732-0.4856-0.431-0.08430.55530.0631-0.02310.40570.01180.085731.0462.66589.337
83.3816-0.3482-7.98070.24140.037721.8702-0.07360.074-0.1223-0.0159-0.01150.0840.3425-0.22890.08510.53080.00110.0250.42030.01560.235836.101-5.22877.127
910.9204-9.2069-1.56077.8831.85393.5379-0.0137-0.1379-0.1939-0.0112-0.03380.1771-0.1354-0.05410.04740.49880.0068-0.02140.5363-0.03770.007432.5052.69657.161
106.0904-3.58552.80444.7586-0.91475.12620.0926-0.12710.2864-0.35610.0002-0.51220.13010.194-0.09280.5385-0.04530.02080.4695-0.01890.063738.2558.61664.806
115.7589-0.42831.79586.25341.13894.86630.2618-0.13930.07790.1344-0.27680.85960.5378-0.560.0150.521-0.031-0.02740.5038-0.02790.132423.9116.86567.67
126.78212.7893-1.3284.8214-0.32776.28060.34850.04870.2672-0.5244-0.27310.0479-0.8674-0.1641-0.07540.86150.1332-0.02240.4162-0.05650.024732.0776.72544.296
134.89561.2977-1.26351.40370.00065.01680.33150.1955-0.022-0.3247-0.0237-0.149-0.0519-0.0724-0.30780.91860.04190.00310.4584-0.05160.045933.987-1.08638.252
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2A107 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3A148 - 198
4X-RAY DIFFRACTION4A199 - 250
5X-RAY DIFFRACTION5A251 - 295
6X-RAY DIFFRACTION6A296 - 336
7X-RAY DIFFRACTION7A337 - 366
8X-RAY DIFFRACTION8A367 - 398
9X-RAY DIFFRACTION9A399 - 417
10X-RAY DIFFRACTION10A418 - 468
11X-RAY DIFFRACTION11A469 - 497
12X-RAY DIFFRACTION12A498 - 537
13X-RAY DIFFRACTION13A538 - 583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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