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- PDB-5day: The structure of NAP1-Related Protein(NRP1) in Arabidopsis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5day
タイトルThe structure of NAP1-Related Protein(NRP1) in Arabidopsis
要素NAP1-related protein 1
キーワードCHAPERONE / histone chaperone / NAP1-Related protein / transcriptional activation
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic cell DNA recombination / double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleosome assembly protein / Nucleosome assembly protein (NAP) / NAP-like superfamily / Nucleosome assembly protein (NAP) / Arylsulfatase, C-terminal domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NAP1-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.329 Å
データ登録者Zhu, Y. / Rong, L. / Yang, Y. / Zhang, C. / Feng, H.Y. / Zheng, L.N. / Shen, W.H. / Ma, J.B. / Dong, A.W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of NAP1-Related Protein(NRP1) in Arabidopsis
著者: Zhu, Y. / Rong, L. / Yang, Y. / Zhang, C. / Feng, H.Y. / Zheng, L.N. / Shen, W.H. / Ma, J.B. / Dong, A.W.
履歴
登録2015年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAP1-related protein 1
B: NAP1-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1065
ポリマ－47,9852
非ポリマー1203
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.542, 60.812, 135.248
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NAP1-related protein 1 / Nucleosome/chromatin assembly factor group A6 / Protein SET homolog 1


分子量: 23992.643 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 19-225 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NRP1, NFA6, At1g74560, F1M20.24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CA59
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.58 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 25% PEG 400, 0.1 M HEPES pH 7.6, 0.2 M Calcium chloride dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97900, 0.97946, 0.97930, 0.95365
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月25日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.979461
30.97931
40.953651
反射解像度: 2.329→50 Å / Num. obs: 21817 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 43.7
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / Num. unique all: 1969

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2152精密化
HKL-2000データ削減
Cootデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.329→45.218 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 2004 9.2 %
Rwork0.23 --
obs0.2336 21784 98.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.329→45.218 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2841 0 3 101 2945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072903
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8333928
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4681730
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005497
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3293-2.38750.32831390.26681339X-RAY DIFFRACTION96
2.3875-2.45210.32131380.24781404X-RAY DIFFRACTION100
2.4521-2.52420.31431470.24461417X-RAY DIFFRACTION99
2.5242-2.60570.35951360.25271379X-RAY DIFFRACTION99
2.6057-2.69880.31651440.26031389X-RAY DIFFRACTION99
2.6988-2.80680.26941400.24331407X-RAY DIFFRACTION100
2.8068-2.93460.30491440.24751395X-RAY DIFFRACTION100
2.9346-3.08930.30931450.25141432X-RAY DIFFRACTION100
3.0893-3.28280.29831410.24641402X-RAY DIFFRACTION100
3.2828-3.53610.27371460.2231433X-RAY DIFFRACTION100
3.5361-3.89180.23951460.21421430X-RAY DIFFRACTION100
3.8918-4.45450.20391480.2061441X-RAY DIFFRACTION99
4.4545-5.61060.24291430.20531436X-RAY DIFFRACTION98
5.6106-45.22620.28211470.24271476X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2035-0.1058-0.79420.6969-0.98653.3861-0.1030.07890.15610.2099-0.0277-0.3475-0.63620.0580.17990.3138-0.1058-0.02940.3534-0.03290.412412.66392.601421.3343
23.22480.50050.05094.5292-0.13242.1361-0.12840.32570.4570.13880.1672-1.0129-0.48210.82-0.05640.4227-0.1435-0.06230.70440.01690.648521.5526-0.405135.5062
30.75730.3769-0.7871.0095-2.22234.2522-0.09770.21690.0047-0.230.0655-0.24950.2588-0.14970.05210.5191-0.01860.06290.2944-0.07430.364611.7825-1.90717.6595
45.1762-0.0514-0.50883.73830.51273.1769-0.41970.1638-0.66150.24610.2736-0.52090.73790.15510.1720.84880.04190.13890.4292-0.04550.533218.327-3.5404-4.7197
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 119 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 120 through 224 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 18 through 113 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 114 through 225 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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