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- PDB-5d6v: PduJ K25A mutant, from Salmonella enterica serovar Typhimurium LT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d6v
タイトルPduJ K25A mutant, from Salmonella enterica serovar Typhimurium LT2, PduJ mutant
要素Carboxysome shell protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Bacterial Microcompartment shell protein
機能・相同性bacterial microcompartment / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Propanediol utilization protein / Carboxysome structural protein EutM
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
Model detailsBacterial Microcompartment shell protein
データ登録者Chun, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM008496 米国
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2016
タイトル: The function of the PduJ microcompartment shell protein is determined by the genomic position of its encoding gene.
著者: Chowdhury, C. / Chun, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Bobik, T.A.
履歴
登録2015年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxysome shell protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8481
ポリマ－9,8481
非ポリマー00
水59433
1
A: Carboxysome shell protein
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0906
ポリマ－59,0906
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area10170 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.870, 67.870, 26.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C6 (6回回転対称))
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-132-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Carboxysome shell protein / Propanediol utilization protein PduJ


分子量: 9848.266 Da / 分子数: 1 / 変異: K25A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: pduJ / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q7BV81, UniProt: H9L478*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES sodium salt pH 6.5, 2.0M Ammonium sulfate, 5% w/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→58.78 Å / Num. obs: 11398 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 18.61 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 18.08 / Num. measured all: 104768
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.5-1.545.50.8750.5642.7945298338290.62599.5
1.54-1.580.9320.5043.756668228220.546100
1.58-1.630.9580.4734.772917847840.501100
1.63-1.680.9640.3816.0676457637630.401100
1.68-1.730.9810.3217.0774507477470.339100
1.73-1.790.9870.2388.9669877227220.252100
1.79-1.860.9910.18811.0166286926920.199100
1.86-1.940.9960.13814.0767986696680.14699.9
1.94-2.020.9960.1216.3765186486480.126100
2.02-2.120.9970.0920.759616136130.096100
2.12-2.240.9980.08222.9254775905900.087100
2.24-2.370.9980.07326.3557415635630.076100
2.37-2.540.9980.06229.3651975235220.06599.8
2.54-2.740.9990.05831.747194894890.062100
2.74-30.9990.04934.8341984554550.052100
3-3.350.9990.04639.8940884124120.049100
3.35-3.870.9990.04243.6534763683680.044100
3.87-4.740.9990.03745.2827833113110.04100
4.74-6.710.9990.03747.6624092532530.039100
6.710.9980.03645.112071471470.038100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.29 Å58.87 Å
Translation3.29 Å58.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→58.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9165 / SU R Cruickshank DPI: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.079 / SU Rfree Blow DPI: 0.079 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.079
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2188 1140 10 %RANDOM
Rwork0.1908 ---
obs0.1935 11398 99.94 %-
原子変位パラメータBiso max: 82.15 Å2 / Biso mean: 21.89 Å2 / Biso min: 11.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3537 Å20 Å20 Å2
2--2.3537 Å20 Å2
3----4.7074 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.174 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→58.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数620 0 0 33 653
Biso mean---27.14 -
残基数----90
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d221SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes13HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes98HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it633HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion88SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact790SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d633HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg863HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.12
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.64 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2294 268 9.99 %
Rwork0.18 2414 -
all0.1849 2682 -
obs--99.94 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.7034 Å / Origin y: 21.9131 Å / Origin z: 12.7925 Å
111213212223313233
T-0.029 Å2-0.0058 Å20.0019 Å2--0.0525 Å20.0041 Å2--0.0288 Å2
L2.4209 °20.4732 °2-0.3317 °2-0.693 °2-0.202 °2--0.5437 °2
S-0.0034 Å °0.0036 Å °-0.0549 Å °-0.0155 Å °-0.0306 Å °-0.0286 Å °0.0198 Å °0.0149 Å °0.0339 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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