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- PDB-5d4r: Crystal Structure of AraR(DBD) in complex with operator ORE1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d4r
タイトルCrystal Structure of AraR(DBD) in complex with operator ORE1
要素
  • Arabinose metabolism transcriptional repressor
  • DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*A)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / AraR / Transcription factor / winged-helix-turn-helix / DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arabinose metabolism transcriptional repressor, ligand-binding domain / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Periplasmic binding protein-like I / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arabinose metabolism transcriptional repressor, ligand-binding domain / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Periplasmic binding protein-like I / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Arabinose metabolism transcriptional repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Jain, D. / Narayanan, N. / Nair, D.T.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
インド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Plasticity in Repressor-DNA Interactions Neutralizes Loss of Symmetry in Bipartite Operators.
著者: Jain, D. / Narayanan, N. / Nair, D.T.
履歴
登録2015年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arabinose metabolism transcriptional repressor
B: Arabinose metabolism transcriptional repressor
T: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*A)-3')
U: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7424
ポリマ－32,7424
非ポリマー00
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.081, 42.433, 67.232
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Arabinose metabolism transcriptional repressor


分子量: 9931.353 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-68 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: araR, araC, yvbS, BSU33970 / プラスミド: pDJN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P96711
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*A)-3')


分子量: 6453.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*T)-3')


分子量: 6426.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium acetate, PEG 8000, Potassium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→36 Å / Num. obs: 21116 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 10

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H0E

4h0e


解像度: 2.07→36 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 1061 5.03 %
Rwork0.1973 --
obs0.1999 21087 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1193 855 0 213 2261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2263132
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.103872
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006258
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0701-2.16430.3271230.24512403X-RAY DIFFRACTION96
2.1643-2.27840.26911440.21632485X-RAY DIFFRACTION100
2.2784-2.42110.26761320.21542497X-RAY DIFFRACTION100
2.4211-2.6080.29851290.21792525X-RAY DIFFRACTION100
2.608-2.87030.28551400.21922478X-RAY DIFFRACTION100
2.8703-3.28550.28111160.2192527X-RAY DIFFRACTION99
3.2855-4.13840.22271440.16822506X-RAY DIFFRACTION99
4.1384-360.19621330.17672605X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2632-0.17650.46523.2687-0.07573.81930.02030.16550.28430.0319-0.10890.1883-0.2358-0.12160.08740.2180.04090.00980.14340.02430.242513.821230.60190.96
20.6775-0.0267-0.51151.8689-0.21653.48980.164-0.19130.18120.11540.168-0.03160.09390.3937-0.31520.1764-0.0128-0.01060.2275-0.03810.26518.663518.536814.0415
32.922-0.3078-0.48233.01950.97092.40980.07540.0242-0.1457-0.2265-0.16310.14460.0075-0.22890.09510.1955-0.0134-0.03120.14290.0040.16048.18697.526110.7226
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain T
3X-RAY DIFFRACTION3chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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