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- PDB-5d19: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Rv0302, form II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d19
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis Rv0302, form II
要素TetR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Mycobacterium tuberculosis / Transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily ...BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator AcrR / Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR/AcrR-family)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.655 Å
データ登録者Chou, T.-H. / Delmar, J. / Su, C.-C. / Yu, E.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis transcriptional regulator Rv0302.
著者: Chou, T.H. / Delmar, J.A. / Wright, C.C. / Kumar, N. / Radhakrishnan, A. / Doh, J.K. / Licon, M.H. / Reddy Bolla, J. / Lei, H.T. / Rajashankar, K.R. / Su, C.C. / Purdy, G.E. / Yu, E.W.
履歴
登録2015年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcriptional regulator
B: TetR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5112
ポリマ－48,5112
非ポリマー00
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.298, 118.888, 46.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-345-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TetR family transcriptional regulator


分子量: 24255.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: acrR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045J2D2, UniProt: O07229*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.61 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 2000, K MES, sodium chloride, isopropyl alcohol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→40 Å / Num. obs: 12523 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 1.02 / Net I/av σ(I): 12.212 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 56261
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.744.50.33412240.9250.1630.3740.99397.6
2.74-2.854.50.2812270.9380.1380.3141.04997.4
2.85-2.984.30.24612140.9390.1230.2760.99996.2
2.98-3.144.50.212100.9630.0960.2231.02696.9
3.14-3.344.70.16612570.9770.0780.1840.99898.2
3.34-3.64.60.13912550.9750.0660.1540.97898.9
3.6-3.964.40.11512150.9820.0580.130.98595.3
3.96-4.534.70.10412870.9870.0490.1151.05398.7
4.53-5.74.50.08912780.9880.0430.0991.06997.3
5.7-404.30.07313560.9930.0390.0831.04696.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.655→39.669 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2678 609 4.88 %
Rwork0.2329 --
obs0.2344 12485 96.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.79 Å2 / Biso mean: 49.5195 Å2 / Biso min: 10.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.655→39.669 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3180 0 0 79 3259
Biso mean---34.62 -
残基数----404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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