PDB-5d0y: Substrate bound S-component of folate ECF transporter

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d0y

タイトル

Substrate bound S-component of folate ECF transporter

要素

Conserved hypothetical membrane protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ECF transporter / folate / S-component / membrane protein / vitamin

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transporter activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.014 Å

データ登録者

Swier, L.J.Y.M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural insight in the toppling mechanism of an energy-coupling factor transporter.
著者: Swier, L.J. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.

履歴

登録	2015年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月13日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d0y.cif.gz	135.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d0y.ent.gz	106.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d0y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/5d0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/5d0y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5d3mSC 5jszC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kzy-2 3k6l-3 3wjg-d 1pbu-d 6tvn-4 3kzy-1 3qfg-2 6yyf-2 6p2e-d 1eh7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Conserved hypothetical membrane protein

B: Conserved hypothetical membrane protein

ヘテロ分子

41.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Conserved hypothetical membrane protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Conserved hypothetical membrane protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.910, 77.540, 89.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.36, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 13:167 )
2	1	1	chain 'B' and (resseq 13:167 )

#1: タンパク質	Conserved hypothetical membrane protein 分子量: 20519.537 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (乳酸菌) 遺伝子: LBVIB27_08730, LBVIB44_08025 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: A0A061BQC9, UniProt: Q1G930*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FOL / FOLIC ACID 分子量: 441.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉N₇O₆

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.78 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 24% 350 PEG MME, 100mM Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.92017 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92017 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→60 Å / Num. obs: 21443 / % possible obs: 82.4 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 41.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 4.3
反射シェル	解像度: 3→3.08 Å / R_merge(I) obs: 1.16 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / % possible all: 0.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5D3M

5d3m

解像度: 3.014→43.012 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2864	590	5.38 %	Random selection
R_work	0.2348	-	-	-
obs	0.2376	10960	82.31 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.014→43.012 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2392	0	64	0	2456

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2522
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.429	3428
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.513	840
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	398
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	400

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1196	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	2	B	1196	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0145-3.3177	0.3385	98	0.2674	1343	X-RAY DIFFRACTION	44
3.7976-4.7836	0.2497	176	0.2052	3112	X-RAY DIFFRACTION	98.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6404	-0.3859	-0.5728	2.9374	0.9646	0.5236	0.0522	-0.4851	0.177	0.4563	0.1054	-0.2362	0.1602	0.1867	0.0033	0.3735	-0.1855	-0.141	0.6603	0.1462	0.4554	3.4876	17.6556	24.6586
2	0.7243	0.0375	0.2234	0.6058	-0.1559	1.2544	0.3237	-0.3153	-0.0072	0.3395	0.117	-0.1648	-0.0404	0.2066	0.151	0.3314	-0.2069	-0.0747	0.3285	-0.0097	0.2862	-7.0753	15.3604	16.7985
3	2.787	-0.1455	-1.5437	1.0908	-0.0972	1.1713	0.2066	-0.3905	0.054	0.4558	-0.3651	0.0704	0.0991	-0.0038	0.0968	0.4015	-0.2031	-0.0285	0.359	0.0519	0.1845	-1.8061	25.0371	21.2557
4	0.1803	-0.1756	-0.286	0.3991	0.1116	1.1396	-0.0024	-0.0926	0.004	0.1501	-0.0526	0.0053	0.0104	0.0738	-0.0658	0.4109	-0.1969	0.0581	0.3189	-0.046	0.1256	-4.4247	27.7018	7.125
5	1.1271	0.9496	-1.9094	2.4894	-2.2798	3.5013	0.2543	-0.2971	-0.2164	0.3429	0.1159	-0.037	0.2227	0.1511	0.1245	0.3417	-0.1633	-0.0517	0.3812	0.0401	0.1896	-11.3003	23.2998	22.7995
6	0.1235	0.121	-0.5125	2.0281	-1.3191	3.3472	0.0434	0.0029	-0.0407	0.0244	0.0454	0.007	0.0684	-0.1231	-0.0205	0.8317	-0.5142	-0.2184	0.8193	0.15	0.4056	-12.2558	12.6449	36.0973
7	0.9235	-0.3277	0.3682	0.4034	0.2024	0.531	0.1586	-0.5306	-0.3847	0.4676	0.0487	0.0612	0.1383	-0.115	0.0909	0.4716	-0.1866	0.0512	0.4597	0.0927	0.2329	-19.5039	14.8589	25.3414
8	1.8335	1.7103	-1.8525	3.0737	-0.6251	3.2654	0.2087	-0.143	0.1209	0.103	-0.1135	0.0585	-0.0585	-0.045	-0.0712	0.2506	-0.1017	-0.0021	0.1882	0.1342	0.2596	-16.9873	27.0934	9.4003
9	1.3384	0.5865	-0.8895	3.7956	-1.1341	1.634	0.2225	-0.321	-0.217	0.2593	-0.3083	-0.197	0.1819	-0.1278	-0.1926	0.236	-0.1698	-0.0702	0.2139	0.0857	0.3133	-17.0261	12.23	16.16
10	1.1084	0.7481	-0.0132	0.9153	-0.0787	0.6086	0.0241	-0.176	0.3122	0.4089	-0.2822	0.3776	-0.0629	-0.124	-0.668	0.2275	-0.2045	0.2116	0.1448	-0.0213	0.481	-47.3758	3.0629	15.4127
11	0.7826	-0.0422	0.0374	0.0646	-0.0392	0.0222	0.3798	-0.5299	0.4185	0.2982	-0.2999	-0.0583	-0.2586	-0.2789	-0.1015	0.3899	-0.1663	0.0687	0.3858	-0.0899	0.1932	-43.3999	-1.4976	21.0162
12	1.0888	0.5703	1.3139	5.1246	1.4444	3.2772	0.1375	-0.0226	0.0354	0.0213	0.0555	-0.2471	-0.1943	0.0985	-0.0077	0.8119	-0.2349	0.1998	0.7156	-0.3591	0.6376	-39.9044	12.7876	33.1945
13	2.0739	0.8618	1.0844	0.6766	-0.0443	1.5938	0.0309	-0.3819	0.3372	0.1395	-0.0461	0.0042	-0.0455	-0.0321	0.067	0.2655	-0.1543	0.0378	0.4991	-0.2093	0.2594	-30.7186	7.3871	25.4624
14	1.5425	0.7317	0.1961	2.0718	-0.375	1.5742	0.1593	-0.1434	0.0849	-0.1787	-0.1007	-0.1921	0.0073	0.0526	-0.0046	0.1775	-0.0925	-0.0314	0.2287	0.0272	0.2447	-30.9058	1.4576	15.0107

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 55 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 56 through 75 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 76 through 82 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 83 through 100 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 101 through 106 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 107 through 120 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 121 through 137 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 138 through 167 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 13 through 43 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 44 through 100 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 101 through 106 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 107 through 120 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 121 through 167 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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