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- PDB-5cvr: Crystal structure of FNR of A. fischeri in a partially degraded form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cvr
タイトルCrystal structure of FNR of A. fischeri in a partially degraded form
要素FNR type regulator
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FNR type regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Aliivibrio fischeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2015
タイトル: The crystal structure of the global anaerobic transcriptional regulator FNR explains its extremely fine-tuned monomer-dimer equilibrium.
著者: Volbeda, A. / Darnault, C. / Renoux, O. / Nicolet, Y. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2015年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月23日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FNR type regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7545
ポリマ－29,2231
非ポリマー5304
水1448
1
A: FNR type regulator
ヘテロ分子

A: FNR type regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,50710
ポリマ－58,4472
非ポリマー1,0618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.270, 75.270, 212.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 FNR type regulator


分子量: 29223.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aliivibrio fischeri (バクテリア)
遺伝子: fnr / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70ET4
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4 / 詳細: MPD, MES, LiCL, anaerobic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.58 Å / Num. obs: 9847 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 72.29 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 21.1 / Num. measured all: 126067
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.6-2.6913.62.4071.3127229380.5860.69999.9
10.07-47.5810.70.023100.1227321310.00798.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.2データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FIXK2

解像度: 2.6→37.635 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 30.47 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Bijvoet pairs were treated as independent observations allowing to model anomalous contributions of Fe and S atoms, as this gave significantly improved refinement statistics
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2373 775 4.32 %Random selection
Rwork0.1911 17173 --
obs0.193 9845 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 244.33 Å2 / Biso mean: 101.1447 Å2 / Biso min: 48.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→37.635 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1590 0 28 8 1626
Biso mean--116.66 85.29 -
残基数----206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091639
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1522205
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047251
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004281
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.343613
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6-2.76290.3611150.390628732988
2.7629-2.97610.40331380.331328482986
2.9761-3.27550.2911200.258428612981
3.2755-3.74910.25791440.196328422986
3.7491-4.7220.18951260.151528732999
4.722-37.63890.20911320.157128763008
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3353-0.4403-0.07880.30060.08740.01230.1351-0.07640.41710.3811-0.0759-0.4273-0.0967-0.40090.00091.8948-0.36410.36331.20830.05321.3015-15.080822.7476-11.6019
20.08910.17230.01770.1355-0.27290.43990.257-0.1935-0.07760.4416-0.59711.41260.0211-0.6747-0.00070.9974-0.07790.22090.8804-0.2071.1153-15.664630.1936-26.8018
31.09870.57050.44780.35570.54330.4189-0.0031-0.29540.74720.457-0.40510.97730.0174-0.38600.8831-0.02890.17670.8053-0.07411.0003-11.429733.4029-30.2413
40.04880.0640.04130.3156-0.060.20230.0947-0.7826-1.48021.6836-0.3209-0.21430.5021-0.73840.00111.7487-0.25480.36781.36350.02931.1134-9.791830.3328-12.2199
5-0.32140.1003-0.17190.3303-0.06230.16720.32030.0957-0.12290.4765-0.2239-0.2547-0.08520.3242-0.00051.0934-0.0604-0.06560.67720.10450.58222.992233.2276-25.2537
60.75850.18050.18340.23830.36750.4321-0.20650.0036-0.24750.0304-0.2502-0.9388-0.32430.06830.00390.6736-0.013-0.02680.5740.07840.66723.54123.1005-38.1141
71.1014-0.3098-0.66121.21710.64090.5901-0.29490.1398-1.27891.0010.06310.5399-0.5946-0.1175-0.00130.6678-0.00090.04960.6390.01660.7576-3.831119.8778-37.2685
81.19281.8563-0.66672.9705-1.08790.4995-0.67380.9269-1.0251-1.2302-0.3793-0.46730.0907-1.2745-0.24760.81160.053-0.07810.7362-0.23270.532-0.615218.5692-50.1943
90.26120.20710.21110.2042-0.08140.3621-0.0085-0.0078-0.4947-0.0297-0.142-0.06650.42960.1901-0.00050.6432-0.03310.16490.6946-0.02051.0411.764511.3725-42.109
100.04480.20870.27710.78950.7010.61250.2519-0.19810.6419-0.26250.7403-0.814-0.32871.19820.12740.7027-0.16230.08790.5960.16881.121311.821623.4375-42.6079
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 43 through 52 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 81 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 82 through 118 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 119 through 136 or resid 301 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 137 through 163 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 164 through 182 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 183 through 207 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 208 through 220 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 221 through 235 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 236 through 248 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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