[日本語] English
万見
- PDB-5cuf: X-ray crystal structure of SeMet human Sestrin2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cuf
タイトルX-ray crystal structure of SeMet human Sestrin2
要素Sestrin-2
キーワードOXIDOREDUCTASE / alkylhydroperoxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of response to reactive oxygen species / sulfiredoxin activity / negative regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / L-leucine binding / Atg1/ULK1 kinase complex / TORC2 complex / regulation of TORC1 signaling / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / cellular response to leucine starvation / PH domain binding ...regulation of response to reactive oxygen species / sulfiredoxin activity / negative regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / L-leucine binding / Atg1/ULK1 kinase complex / TORC2 complex / regulation of TORC1 signaling / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / cellular response to leucine starvation / PH domain binding / mitochondrial DNA metabolic process / nucleotide-activated protein kinase complex / Amino acids regulate mTORC1 / cellular response to L-leucine / regulation of protein phosphorylation / GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of lipophagy / triglyceride homeostasis / regulation of gluconeogenesis / cellular oxidant detoxification / fatty acid beta-oxidation / regulation of cAMP/PKA signal transduction / D-glucose import / positive regulation of macroautophagy / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to glucose / cellular response to glucose starvation / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of TORC1 signaling / reactive oxygen species metabolic process / cellular response to amino acid starvation / protein sequestering activity / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to amino acid stimulus / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / peroxidase activity / negative regulation of cell growth / response to insulin / positive regulation of protein localization to nucleus / KEAP1-NFE2L2 pathway / glucose homeostasis / cellular response to oxidative stress / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / lysosomal membrane / protein-containing complex binding / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sestrin / PA26 p53-induced protein (sestrin) / AhpD-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kim, H. / An, S. / Ro, S.-H. / Lee, J.H. / Cho, U.-S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)2P30-DK020572 米国
Ellison Medical FoundationAG-NS-0932-12 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Janus-faced Sestrin2 controls ROS and mTOR signalling through two separate functional domains.
著者: Kim, H. / An, S. / Ro, S.H. / Teixeira, F. / Jin Park, G. / Kim, C. / Cho, C.S. / Kim, J.S. / Jakob, U. / Hee Lee, J. / Cho, U.S.
履歴
登録2015年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sestrin-2
B: Sestrin-2
C: Sestrin-2
D: Sestrin-2
E: Sestrin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,2125
ポリマ－277,2125
非ポリマー00
水00
1
A: Sestrin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4421
ポリマ－55,4421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sestrin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4421
ポリマ－55,4421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sestrin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4421
ポリマ－55,4421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Sestrin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4421
ポリマ－55,4421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Sestrin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4421
ポリマ－55,4421
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)292.680, 292.680, 292.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15B
25C
16B
26D
17B
27E
18C
28D
19C
29E
110D
210E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 66 - 478 / Label seq-ID: 69 - 481

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14AA
24EE
15BB
25CC
16BB
26DD
17BB
27EE
18CC
28DD
19CC
29EE
110DD
210EE

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
要素

#1: タンパク質
Sestrin-2 / Hi95


分子量: 55442.457 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SESN2, SEST2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P58004
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES 1.15 M sodium malonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97879 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97879 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→44.12 Å / Num. obs: 52390 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 88.6 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Net I/σ(I): 28.5
反射 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / 冗長度: 3.7 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.5→44.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 23.627 / SU ML: 0.358 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.532
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27194 2592 4.9 %RANDOM
Rwork0.23538 ---
obs0.23715 49798 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 103.032 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→44.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15032 0 0 0 15032
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01915432
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0150.0214393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8241.95920907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.888333038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.75151815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.16522.895760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.301152407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.07515120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.22240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02117210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.023800
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it13.32110.8727350
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other13.32110.8737349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it16.6416.4539135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other16.6416.4529136
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.84310.1648082
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other10.84310.1648083
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other15.34415.44811773
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined20.02260884
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other20.02260885
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A456840.08
12B456840.08
21A456900.08
22C456900.08
31A455240.08
32D455240.08
41A455760.08
42E455760.08
51B459220.06
52C459220.06
61B459500.06
62D459500.06
71B459700.06
72E459700.06
81C461080.05
82D461080.05
91C460340.05
92E460340.05
101D462500.04
102E462500.04
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 204 -
Rwork0.302 3633 -
obs--99.97 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る