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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cru | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Bro domain of HD-PTP | ||||||
![]() | Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23 | ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / HD-PTP / Bro domain / EGFR / PTP | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of homophilic cell adhesion / positive regulation of adherens junction organization / positive regulation of Wnt protein secretion / positive regulation of early endosome to late endosome transport / negative regulation of epithelial cell migration / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / early endosome to late endosome transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / endocytic recycling / Interleukin-37 signaling ...positive regulation of homophilic cell adhesion / positive regulation of adherens junction organization / positive regulation of Wnt protein secretion / positive regulation of early endosome to late endosome transport / negative regulation of epithelial cell migration / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / early endosome to late endosome transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / endocytic recycling / Interleukin-37 signaling / cilium assembly / dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / ciliary basal body / protein tyrosine phosphatase activity / early endosome / nuclear body / endosome / intracellular membrane-bounded organelle / protein kinase binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, J. / Ku, B. / Kim, S.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Study of the HD-PTP Bro1 Domain in a Complex with the Core Region of STAM2, a Subunit of ESCRT-0 著者: Lee, J. / Oh, K.-J. / Lee, D. / Kim, B.Y. / Choi, J.S. / Ku, B. / Kim, S.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 282.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 230.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 474.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 66.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40719.941 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-361 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.03 M HEPES sodium, 16%(w/v) polyethylene glycol 3350, 0.67%(w/v) tryptone, 0.03 M urea |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 55835 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 24.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 97.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3RAU 解像度: 2.4→30.975 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 28.54 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30.975 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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