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- PDB-5cr8: Structure of the membrane-binding domain of pneumolysin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cr8
タイトルStructure of the membrane-binding domain of pneumolysin
要素Pneumolysin
キーワードTOXIN / cholesterol-dependent cytolysin / virulence factor / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol binding / toxin activity / killing of cells of another organism / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Perfringolysin, domain 4 / Thiol-activated cytolysins signature. / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain / Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin / Immunoglobulin-like ...Perfringolysin, domain 4 / Thiol-activated cytolysins signature. / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain / Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiol-activated cytolysin / Pneumolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Marshall, J.E. / Faraj, B.H.A. / Gingras, A.R. / Lonnen, R. / Sheikh, M.A. / El-Mezgueldi, M. / Moody, P.C.E. / Andrew, P.W. / Wallis, R.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: The Crystal Structure of Pneumolysin at 2.0 angstrom Resolution Reveals the Molecular Packing of the Pre-pore Complex.
著者: Marshall, J.E. / Faraj, B.H. / Gingras, A.R. / Lonnen, R. / Sheikh, M.A. / El-Mezgueldi, M. / Moody, P.C. / Andrew, P.W. / Wallis, R.
履歴
登録2015年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Pneumolysin
A: Pneumolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4262
ポリマ－26,4262
非ポリマー00
水2,972165
1
D: Pneumolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2131
ポリマ－13,2131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Pneumolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2131
ポリマ－13,2131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.680, 47.680, 97.539
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.390, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-587-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 359 - 471 / Label seq-ID: 1 - 113

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAB
2chain DDA

-
要素

#1: タンパク質 Pneumolysin


分子量: 13212.790 Da / 分子数: 2 / 断片: domain 4, UNP residues 359-471 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: ply / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4GRG6, UniProt: Q04IN8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG 2K MME containing 100 mM Potassium thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→46.5 Å / Num. obs: 13832 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1349 / Rsym value: 0.451 / % possible all: 97.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CR6

5cr6


解像度: 2.05→46.5 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2727 686 4.96 %
Rwork0.2239 13143 -
obs0.2263 13829 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 142.97 Å2 / Biso mean: 34.873 Å2 / Biso min: 8.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→46.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1870 0 0 165 2035
Biso mean---33.49 -
残基数----226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051920
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9462620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.228692
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1050X-RAY DIFFRACTION5.921TORSIONAL
12D1050X-RAY DIFFRACTION5.921TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.20830.28131310.26032575270699
2.2083-2.43050.31411270.254726552782100
2.4305-2.78220.26731530.24032577273099
2.7822-3.50510.30491420.227126392781100
3.5051-46.540.2391330.19642697283099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2787-0.5238-0.52.92190.42482.98160.25620.19520.13950.40560.1346-1.03490.5189-0.1524-0.06630.11560.00820.04260.1049-0.07470.1997-86.10633.6431221.8116
21.03440.0147-0.38751.0789-0.15146.39150.18660.58870.637-1.588-0.12030.15280.5156-0.66480.0293-0.49510.07120.20090.4840.19480.2371-91.527110.1565210.9186
30.91260.3822-0.06941.14630.18640.0509-0.04691.13270.3342-1.01730.2470.083-0.2359-0.02370.01140.7920.08730.0590.85560.17920.3348-94.131411.5182196.151
40.7481-0.75341.52981.0987-2.48394.7442-1.0053-0.6440.24980.5492-0.47720.58250.2843-1.4780.08120.1542-0.06860.24640.42960.2449-0.1311-95.53925.6653224.0914
51.71290.31850.22532.76720.322.59650.2120.22130.2112-0.1853-0.1373-0.1774-0.0449-0.21710.01840.1830.0309-0.00920.18810.00190.131-89.07478.3934217.0639
61.56340.6385-0.76752.9417-0.73444.5844-0.37470.3264-0.39760.92380.58040.4122-0.5957-1.1258-0.16990.21660.0081-0.01330.1282-0.06630.4498-91.27118.5195228.1306
71.6180.0232-0.76271.66770.38432.81010.3315-0.14560.32340.1120.6781-1.5807-0.11330.542-0.22670.2184-0.02060.01540.1287-0.1080.3632-79.83916.8915221.6275
81.4328-0.2353-0.05662.5382-0.91593.40240.0883-0.355-0.15350.0713-0.0222-0.1971-0.0702-0.1155-0.05840.074-0.0245-0.03380.18910.04980.1364-64.33811.9397216.3711
90.8162-0.19870.54520.046-0.12940.35590.10550.2762-0.1008-0.08490.0839-0.2027-0.01450.11-0.05490.6781-0.21910.05281.7812-0.61111.2787-69.4794.0156243.4582
101.405-0.090.06471.79460.39650.9256-0.0348-0.2825-0.03590.1437-0.0311-0.16470.1473-0.25220.11060.142-0.0247-0.01770.24910.04630.1411-67.504812.1504218.4388
111.25230.87160.83872.35161.66353.54390.1859-0.011-0.1678-0.2353-0.1328-0.06860.6971-0.2661-0.06850.2691-0.07650.07020.19950.00480.2544-66.70063.0395203.7783
121.1010.63770.53421.27870.632.4560.17280.0045-0.2452-0.08620.3287-0.51660.12540.6215-0.17250.15250.03450.02470.12480.02460.1551-57.261611.6293210.42
132.3810.89742.75733.09572.18588.0229-0.5456-0.02750.7050.0926-0.0763-1.6661-1.06950.70080.08290.2090.0781-0.04320.3142-0.06570.4063-52.538114.7117212.1178
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 359 through 372 )D0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 373 through 384 )D0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 385 through 396 )D0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 397 through 407 )D0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 408 through 430 )D0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 431 through 442 )D0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 443 through 471 )D0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 359 through 384 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 385 through 389 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 390 through 421 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 422 through 442 )A0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 443 through 461 )A0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 462 through 471 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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