PDB-5cp1: Crystal structure of C239S mutant of a novel disulfide oxidoreduc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cp1

タイトル

Crystal structure of C239S mutant of a novel disulfide oxidoreductase from Deinococcus radiodurans

要素

FrnE protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Disulfide isomerase / Disulfide oxidoreductase / FrnE

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Bihani, S.C. / Panicker, L. / Kumar, V.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a novel disulfide oxidoreductase from Deinococcus radiodurans
著者: Bihani, S.C. / Panicker, L. / Kumar, V. / Misra, H.S. / Rajpurohit, Y.S.

履歴

登録	2015年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月4日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cp1.cif.gz	114.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cp1.ent.gz	86.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cp1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/5cp1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/5cp1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5co3S 5cnw 5coh S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2bvt-d 2ze8-d 2uvo-d 2zmw-d 1tbq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FrnE protein

ヘテロ分子

29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FrnE protein

ヘテロ分子

A: FrnE protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.091, 66.158, 84.095
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-409- HOH

#1: タンパク質	FrnE protein 分子量: 28477.809 Da / 分子数: 1 / 変異: C239S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 遺伝子: DR_0659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RWK7
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: PEG 8000, Glycerol, Sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→31.94 Å / Num. obs: 26030 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		data processing
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CO3

5co3

解像度: 1.801→31.935 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1952	1253	4.82 %
R_work	0.1625	24720	-
obs	0.1641	25973	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.68 Å² / B_iso mean: 26.6387 Å² / B_iso min: 9.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.801→31.935 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1868	0	36	162	2066
B_iso mean	-	-	42.96	35.91	-
残基数	-	-	-	-	245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1943
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.907	2628
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	278
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	353
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.399	706

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8011-1.8732	0.2866	142	0.2432	2697	2839	100
1.8732-1.9584	0.2412	147	0.2026	2700	2847	100
1.9584-2.0616	0.2144	136	0.1783	2704	2840	100
2.0616-2.1908	0.1813	123	0.1588	2711	2834	100
2.1908-2.3599	0.1972	145	0.151	2732	2877	100
2.3599-2.5973	0.2091	124	0.1619	2747	2871	100
2.5973-2.9728	0.2026	148	0.1583	2740	2888	100
2.9728-3.7445	0.197	126	0.1483	2809	2935	100
3.7445-31.9396	0.1664	162	0.1578	2880	3042	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3651	0.1047	-0.8712	1.0221	0.2622	2.257	-0.0257	-0.3726	-0.5075	0.4379	0.014	0.2726	0.3685	-0.0734	0.0372	0.3117	-0.0231	0.0548	0.1707	0.0576	0.2975	1.8134	143.5125	107.9397
2	1.4837	0.1555	0.1945	1.1219	-0.1696	0.4841	-0.0456	-0.1706	-0.2054	0.2332	0.0219	0.1701	0.0354	-0.0133	0.0224	0.1896	0.0037	0.027	0.1458	0.0314	0.1628	-1.9595	151.7264	104.7833
3	0.1621	-0.1274	0.2109	0.2778	-0.6115	1.2634	-0.057	0.3352	-0.1956	-0.2184	-0.0361	-0.1804	0.2842	0.3024	0.0511	0.2104	0.0124	0.0447	0.3007	-0.0711	0.2306	19.3236	152.9807	89.0066
4	1.217	0.3223	0.0689	0.7201	0.0981	0.9376	0.0496	0.0719	-0.0838	-0.0421	0.0397	-0.0119	0.0315	-0.0033	-0.0968	0.126	-0.0014	-0.003	0.1275	0.0121	0.1391	11.3206	158.4682	96.685
5	1.1918	0.3339	0.4163	0.6681	-0.0857	1.2073	0.0676	-0.1814	-0.1309	0.1274	-0.0316	-0.0486	-0.0498	-0.0128	-0.03	0.1435	-0.0049	-0.0257	0.1478	0.0173	0.1076	17.1048	160.1133	108.4662
6	2.266	2.1767	0.8469	2.9063	1.8129	1.5343	0.2389	-0.2358	-0.8738	0.2144	-0.1276	-0.2481	0.5295	-0.0435	0.0024	0.2612	0.0261	-0.0542	0.1222	0.059	0.431	16.2783	141.0749	106.5222
7	1.8895	-0.2392	-0.1894	1.4432	0.0976	1.7497	-0.2052	0.4072	-0.3202	0.0447	0.2322	0.0541	0.3139	-0.3353	-0.0246	0.2481	-0.0521	0.0228	0.1432	-0.0159	0.265	1.0155	142.3321	97.9441
8	2.8601	3.0654	-1.3664	3.1443	-1.5224	0.5258	-0.0089	0.0626	-0.5564	0.4676	-0.1736	-0.4293	-0.1927	-0.0004	0.1565	0.2681	-0.0325	0.0272	0.215	-0.0235	0.3482	-16.0644	138.3684	107.238
9	2.6267	1.5755	-1.9705	1.6222	-0.0707	4.0263	0.5094	0.1813	0.1021	-0.4614	-0.0749	-0.2595	0.0672	0.1346	-0.2604	0.3089	0.0101	-0.0117	0.2599	0.0611	0.2541	-26.9859	116.2062	128.3521

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 22 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 51 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 52 through 77 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 78 through 122 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 123 through 169 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 170 through 185 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 186 through 207 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 208 through 232 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 233 through 248 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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