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- PDB-5co8: Crystal structure of the Holliday junction-resolving enzyme GEN1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5co8
タイトルCrystal structure of the Holliday junction-resolving enzyme GEN1 (WT) in complex with product DNA and Mg2+ ion
要素
  • (Nuclease-like ...) x 2
  • DNA (31-MER)
  • DNA (5'-D(*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*A)-3')
キーワードHYDROLASE / Holiday junction / resolvase / Complex / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Yen1, H3TH domain / Holliday junction resolvase Gen1, C-terminal domain / Holliday junction resolvase Gen1 C-terminal domain / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region ...Yen1, H3TH domain / Holliday junction resolvase Gen1, C-terminal domain / Holliday junction resolvase Gen1 C-terminal domain / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclease-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Liu, Y.J. / Freeman, A.D.J. / Declais, A.C. / Wilson, T.J. / Gartner, A. / Lilley, D.M.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of a Eukaryotic GEN1 Resolving Enzyme Bound to DNA.
著者: Liu, Y. / Freeman, A.D. / Declais, A.C. / Wilson, T.J. / Gartner, A. / Lilley, D.M.
履歴
登録2015年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: DNA (31-MER)
C: Nuclease-like protein
X: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*C)-3')
A: Nuclease-like protein
H: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,9757
ポリマ－122,9275
非ポリマー492
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.072, 98.072, 119.571
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 RXH

#1: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 9337.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*C)-3')


分子量: 4938.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*A)-3')


分子量: 4721.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
Nuclease-like ... , 2種, 2分子 CA

#2: タンパク質 Nuclease-like protein


分子量: 52012.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0007290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RYN2
#4: タンパク質 Nuclease-like protein


分子量: 51918.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0007290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RYN2

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非ポリマー , 2種, 31分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 8.91 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: PEG10000 NaCl magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→59.79 Å / Num. all: 26454 / Num. obs: 26454 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 59.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.182 / Net I/av σ(I): 2.4 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 218998
反射 シェル解像度: 2.4→2.57 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 1.376 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. measured all: 26404 / Num. unique all: 5555 / Rpim(I) all: 1.495 / Net I/σ(I) obs: 0.4 / Rejects: 0 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→49.036 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2547 1282 4.87 %Random selection
Rwork0.2388 25040 --
obs0.2396 26322 99.24 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 175.73 Å2 / Biso mean: 54.3946 Å2 / Biso min: 10.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→49.036 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6187 1196 2 29 7414
Biso mean--57.49 47.06 -
残基数----852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87710628
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391175
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6812933
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.49610.42431640.38192694285898
2.4961-2.60970.35191510.36662689284099
2.6097-2.74730.36761290.32452733286299
2.7473-2.91940.3511620.28972740290299
2.9194-3.14480.28741230.273227922915100
3.1448-3.46110.251440.230827622906100
3.4611-3.96180.21051300.209228312961100
3.9618-4.99070.18521530.191428262979100
4.9907-49.04610.26121260.229729733099100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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