PDB-5cnw: Crystal structure of a novel disulfide oxidoreductase from Deinoc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cnw

タイトル

Crystal structure of a novel disulfide oxidoreductase from Deinococcus radiodurans

要素

FrnE protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Disulfide oxidoreductase / Disulfide isomerase / FrnE

機能・相同性

DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / oxidoreductase activity / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / FrnE protein

機能・相同性情報

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Bihani, S.C. / Panicker, L. / Kumar, V.

引用

ジャーナル: Antioxid. Redox Signal. / 年: 2018
タイトル: drFrnE Represents a Hitherto Unknown Class of Eubacterial Cytoplasmic Disulfide Oxido-Reductases.
著者: Bihani, S.C. / Panicker, L. / Rajpurohit, Y.S. / Misra, H.S. / Kumar, V.

履歴

登録	2015年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月4日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年4月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cnw.cif.gz	109.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cnw.ent.gz	82 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cnw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cnw_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cnw_full_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示
XML形式データ	5cnw_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	5cnw_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/5cnw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/5cnw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5co3C 5cohC 5e59C 3gl5S 5cp1 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5coh-d 5xwh-d 5e59-d 7c82-d 1psy-d 3ghp-1 7c2a-d 5m5q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FrnE protein

ヘテロ分子

28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.805, 63.032, 87.298
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-592- HOH

#1: タンパク質	FrnE protein 分子量: 28493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 遺伝子: DR_0659 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RWK7
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 8000, Glycerol, Sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→32.23 Å / Num. obs: 32145 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		data processing
Aimless		データ削減
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GL5

3gl5

解像度: 1.65→26.42 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 20.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1978	1634	5.09 %
R_work	0.1702	30460	-
obs	0.1716	32094	98.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.17 Å² / B_iso mean: 30.8751 Å² / B_iso min: 13.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→26.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1756	0	6	197	1959
B_iso mean	-	-	31.99	36.45	-
残基数	-	-	-	-	229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1801
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.919	2441
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	260
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	326
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.109	653

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.6986	0.2682	134	0.2551	2358	2492	95
1.6986-1.7534	0.2852	131	0.2438	2545	2676	99
1.7534-1.816	0.2713	130	0.2171	2495	2625	100
1.816-1.8887	0.2325	143	0.2049	2522	2665	99
1.8887-1.9746	0.2447	132	0.1967	2525	2657	99
1.9746-2.0787	0.2207	161	0.1844	2514	2675	99
2.0787-2.2089	0.2139	144	0.1614	2495	2639	99
2.2089-2.3793	0.1994	143	0.1646	2542	2685	99
2.3793-2.6186	0.199	130	0.171	2566	2696	100
2.6186-2.9971	0.1844	134	0.1671	2597	2731	100
2.9971-3.7742	0.199	127	0.1589	2604	2731	100
3.7742-26.4232	0.1533	125	0.1521	2697	2822	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3077	0.7593	-1.0896	0.7219	-0.0297	1.8296	-0.1361	-0.0304	-0.3985	0.0263	0.1368	0.2138	0.2159	-0.2184	-0.0483	0.1855	-0.0081	0.0108	0.1693	0.0575	0.23	0.8011	81.7865	104.8884
2	4.0606	-1.4787	-4.0199	0.8292	1.3725	3.9938	-0.1619	-0.6631	-0.4044	0.04	0.183	0.0409	0.1669	0.179	0.048	0.2422	0.0057	0.0194	0.2411	0.1198	0.3783	-3.6621	78.1504	113.1027
3	0.9467	0.2613	-0.1324	2.3623	-1.625	3.3731	-0.146	0.4972	-0.3169	-0.5745	-0.013	-0.1969	0.4001	0.2185	0.1803	0.3373	-0.0037	0.1072	0.3644	-0.0461	0.2883	18.2025	83.8667	91.2294
4	3.4682	-0.1023	-0.4449	1.4536	-0.5017	2.2588	-0.0492	-0.1766	-0.187	0.0911	0.034	-0.0576	-0.0804	0.1223	0.0149	0.1388	-0.0034	0.0129	0.1145	0.007	0.1113	13.6775	88.2616	105.6542
5	3.9996	2.9023	1.1623	5.0501	3.0276	3.7035	-0.2691	-0.2408	-0.8668	0.0686	-0.0696	0.0445	0.9352	0.0771	0.1123	0.4122	0.0825	0.1239	0.1947	0.13	0.6115	14.7397	69.6102	107.4288
6	1.7679	0.5657	-0.9493	1.6051	-0.5614	1.9892	-0.1084	0.2016	-0.574	-0.2183	0.1824	0.3501	0.428	-0.3775	-0.0428	0.274	-0.0899	-0.0192	0.1885	0.0483	0.3777	-5.4124	74.0784	102.8569
7	1.4643	-0.9206	1.2741	5.8081	-1.2843	1.1897	-0.019	0.0437	0.3163	0.5452	0.0771	0.289	-0.4159	0.0065	-0.0839	0.3467	0.0334	0.0399	0.2553	0.0135	0.4133	-22.7867	56.3537	120.8913

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 38 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 51 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 52 through 77 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 78 through 169 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 170 through 185 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 186 through 221 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 222 through 239 )	A

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