PDB-5cn1: Crystal structure of yeast GGA1_GAE domain-P21

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cn1

タイトル

Crystal structure of yeast GGA1_GAE domain-P21

要素

ADP-ribosylation factor-binding protein GGA1

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Vesicular transport / GGA1_GAE / accessory protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Golgi to vacuole transport / Golgi to endosome transport / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / phosphatidylinositol binding / ubiquitin binding / trans-Golgi network / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Zhang, F. / Song, Y. / Li, X. / Teng, M.K.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for the accessory protein recruitment by yeast GGA1_GAE domain
著者: Zhang, F. / Song, Y. / Li, X. / Teng, M.K.

履歴

登録	2015年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cn1.cif.gz	98 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cn1.ent.gz	74.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cn1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cn1_validation.pdf.gz	456.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cn1_full_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示
XML形式データ	5cn1_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	5cn1_validation.cif.gz	24.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/5cn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/5cn1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cn2C 3mnmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6dyb-2 6dyl-3 3kvt-d 2a7o-d 3w57-1 5xzi-d 6dyg-2 1f4n-d 5azx-2 1nn7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (17) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (6)

登録構造単位

A: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA1

B: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA1

C: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA1

D: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA1

55.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA1

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA1

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA1

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: ADP-ribosylation factor-binding protein GGA1

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.007, 53.585, 71.547
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.57, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ADP-ribosylation factor-binding protein GGA1 / Golgi-localized / gamma ear-containing / ARF-binding protein 1 分子量: 13798.606 Da / 分子数: 4 / 断片: GAE domain, UNP residues 433-557 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GGA1, YDR358W, D9476.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06336
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.63 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 1.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 21922 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 15.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MNM

3mnm

解像度: 2.31→42.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 7.711 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26972	1119	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21235	-	-	-
obs	0.21519	20721	99.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.371 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.15 Å²	-0 Å²	-0.87 Å²
2-	-	1.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.31→42.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3393	0	0	49	3442

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	3442
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	3244
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.627	1.971	4670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.812	3.001	7464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.964	5	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.756	25.075	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.455	15	589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.009	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	554
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3914
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	739
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.71	4.064	1803
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.71	4.063	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.24	6.081	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.239	6.083	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.001	4.22	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.999	4.22	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.662	6.234	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.688	30.579	3556
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.682	30.589	3553
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.305→2.365 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	92	-
R_work	0.267	1447	-
obs	-	-	96.19 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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