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- PDB-5clo: Crystal structure of a 4-oxalocrotonate tautomerase mutant in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5clo
タイトルCrystal structure of a 4-oxalocrotonate tautomerase mutant in complex with nitrostyrene at 2.3 Angstrom
要素2-hydroxymuconate tautomerase
キーワードISOMERASE / 4-Oxalocrotonate tautomerase / beta-alpha-beta structural motif / tautomerase superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


xylene catabolic process / 2-hydroxymuconate tautomerase / toluene catabolic process / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
4-oxalocrotonate tautomerase, Pseudomonas-type / 4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
trans beta nitrostyrene / 2-hydroxymuconate tautomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Thunnissen, A.M.W.H. / Poddar, H.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
European Research Council242293 オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Using mutability landscapes of a promiscuous tautomerase to guide the engineering of enantioselective Michaelases.
著者: van der Meer, J.Y. / Poddar, H. / Baas, B.J. / Miao, Y. / Rahimi, M. / Kunzendorf, A. / van Merkerk, R. / Tepper, P.G. / Geertsema, E.M. / Thunnissen, A.M. / Quax, W.J. / Poelarends, G.J.
履歴
登録2015年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-hydroxymuconate tautomerase
B: 2-hydroxymuconate tautomerase
C: 2-hydroxymuconate tautomerase
D: 2-hydroxymuconate tautomerase
E: 2-hydroxymuconate tautomerase
F: 2-hydroxymuconate tautomerase
G: 2-hydroxymuconate tautomerase
H: 2-hydroxymuconate tautomerase
I: 2-hydroxymuconate tautomerase
J: 2-hydroxymuconate tautomerase
K: 2-hydroxymuconate tautomerase
L: 2-hydroxymuconate tautomerase
M: 2-hydroxymuconate tautomerase
N: 2-hydroxymuconate tautomerase
O: 2-hydroxymuconate tautomerase
P: 2-hydroxymuconate tautomerase
Q: 2-hydroxymuconate tautomerase
R: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,70519
ポリマ－114,55618
非ポリマー1491
水4,396244
1
A: 2-hydroxymuconate tautomerase
B: 2-hydroxymuconate tautomerase
C: 2-hydroxymuconate tautomerase
D: 2-hydroxymuconate tautomerase
E: 2-hydroxymuconate tautomerase
F: 2-hydroxymuconate tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1856
ポリマ－38,1856
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12920 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
2
G: 2-hydroxymuconate tautomerase
H: 2-hydroxymuconate tautomerase
I: 2-hydroxymuconate tautomerase
J: 2-hydroxymuconate tautomerase
K: 2-hydroxymuconate tautomerase
L: 2-hydroxymuconate tautomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1856
ポリマ－38,1856
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13160 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area13970 Å2
手法PISA
3
M: 2-hydroxymuconate tautomerase
N: 2-hydroxymuconate tautomerase
O: 2-hydroxymuconate tautomerase
P: 2-hydroxymuconate tautomerase
Q: 2-hydroxymuconate tautomerase
R: 2-hydroxymuconate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3347
ポリマ－38,1856
非ポリマー1491
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13130 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.720, 61.166, 75.826
Angle α, β, γ (deg.)98.290, 95.160, 91.180
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61chain F
71chain G
81chain H
91chain I
101chain J
111chain K
121chain L
131chain M
141chain N
151chain O
161chain P
171chain Q
181chain R

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA1 - 57
211chain BB1 - 57
311chain CC1 - 54
411chain DD1 - 57
511chain EE1 - 57
611chain FF1 - 57
711chain GG1 - 57
811chain HH1 - 57
911chain II1 - 57
1011chain JJ1 - 59
1111chain KK1 - 57
1211chain LL1 - 59
1311chain MM1 - 57
1411chain NN1 - 57
1511chain OO1 - 57
1611chain PP1 - 57
1711chain QQ1 - 56
1811chain RR1 - 57

-
要素

#1: タンパク質
2-hydroxymuconate tautomerase / 4-oxalocrotonate tautomerase / 4-OT


分子量: 6364.202 Da / 分子数: 18 / 断片: UNP residues 2-60 / 変異: M45Y, F50A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: xylH / プラスミド: pJexpress 414 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01468, 2-hydroxymuconate tautomerase
#2: 化合物 ChemComp-NS8 / trans beta nitrostyrene


分子量: 149.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7NO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M PCTP buffer, 25% PEG 1500, 5 mM nitrostyrene, 5 % (v/v) DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年1月17日 / 詳細: HELIOS OPTICS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→56.4 Å / Num. all: 86455 / Num. obs: 42246 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.05 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CLN

5cln


解像度: 2.3→43.965 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2764 2004 4.76 %
Rwork0.2346 40116 -
obs0.2366 42120 94.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80 Å2 / Biso mean: 32.5738 Å2 / Biso min: 6.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→43.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7761 0 22 244 8027
Biso mean--41.84 28.87 -
残基数----1026
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047855
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87610575
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0321277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031355
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4972975
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
12B4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
13C4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
14D4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
15E4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
16F4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
17G4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
18H4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
19I4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
110J4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
111K4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
112L4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
113M4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
114N4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
115O4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
116P4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
117Q4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
118R4827X-RAY DIFFRACTION8.048TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3001-2.35760.35391370.29612875301293
2.3576-2.42130.32851480.26862832298094
2.4213-2.49260.31731300.25822886301695
2.4926-2.5730.30611510.24862890304195
2.573-2.66490.31781430.25122880302395
2.6649-2.77160.28831520.2422887303996
2.7716-2.89770.32111530.24682905305896
2.8977-3.05050.32311330.26762918305196
3.0505-3.24160.29191530.25692934308797
3.2416-3.49170.30391330.23762933306697
3.4917-3.84290.29381190.26072278239775
3.8429-4.39860.25961560.22792942309897
4.3986-5.540.22421390.1923004314399
5.54-43.97270.20041570.18772952310998

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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