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- PDB-5ckk: Crystal structure of 9DB1* deoxyribozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ckk
タイトルCrystal structure of 9DB1* deoxyribozyme
要素
  • DNA (44-MER)
  • RNA (5'-R(P*GP*CP*AP*CP*UP*AP*GP*AP*UP*CP*GP*GP*AP*UP*G)-3')
キーワードLIGASE / deoxyribozyme / RNA-ligase / catalytic DNA
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.801 Å
データ登録者Ponce-Salvatierra, A. / Hoebartner, C. / Pena, V.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of a DNA catalyst.
著者: Ponce-Salvatierra, A. / Wawrzyniak-Turek, K. / Steuerwald, U. / Hobartner, C. / Pena, V.
履歴
登録2015年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Y: DNA (44-MER)
D: RNA (5'-R(P*GP*CP*AP*CP*UP*AP*GP*AP*UP*CP*GP*GP*AP*UP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5575
ポリマ－18,4842
非ポリマー733
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area9540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.155, 83.155, 55.995
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (44-MER)


分子量: 13651.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*CP*AP*CP*UP*AP*GP*AP*UP*CP*GP*GP*AP*UP*G)-3')


分子量: 4831.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, spermine, magnesium chloride, sodium chloride, sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→41.58 Å / Num. obs: 5146 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 33.87
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 25.8 % / Rmerge(I) obs: 6.13 / Mean I/σ(I) obs: 0.43 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CKI

5cki


解像度: 2.801→46.446 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2872 249 4.98 %
Rwork0.2748 --
obs0.2755 4995 96.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.801→46.446 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1232 3 0 1235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6592134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.205614
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033251
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00459
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8009-3.52870.40241170.27972234X-RAY DIFFRACTION94
3.5287-46.45260.27341320.27422512X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.3772 Å / Origin y: -23.6843 Å / Origin z: 9.4008 Å
111213212223313233
T1.3092 Å2-0.2404 Å2-0.1115 Å2-1.329 Å20.0195 Å2--0.5892 Å2
L5.9474 °20.2787 °2-3.4591 °2-3.3674 °21.7706 °2--5.8713 °2
S0.3726 Å °0.4383 Å °0.7633 Å °0.0438 Å °-0.1089 Å °0.2399 Å °-0.4431 Å °0.3141 Å °-0.285 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'D' or chain 'Y'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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