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- PDB-5cgn: Structure of quasiracemic Ala-Magainin 2 with a beta amino acid s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cgn
タイトルStructure of quasiracemic Ala-Magainin 2 with a beta amino acid substitution at position 8
要素
  • D-Ala-Magainin Derivative
  • L-ACPC8-Ala-Magainin
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Antimicrobial / quasiracemate / homochiral dimerization / beta amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


antimicrobial peptide biosynthetic process / extraorganismal space / regulation of defense response to virus / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / innate immune response
類似検索 - 分子機能
polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Magainins
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hayouka, Z. / Thomas, N.C. / Mortenson, D.E. / Satyshur, K.A. / Weisblum, B. / Forest, K.T. / Gellman, S.H.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM061238 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM08293 米国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF DMR-832760 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM100346 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Quasiracemate Crystal Structures of Magainin 2 Derivatives Support the Functional Significance of the Phenylalanine Zipper Motif.
著者: Hayouka, Z. / Thomas, N.C. / Mortenson, D.E. / Satyshur, K.A. / Weisblum, B. / Forest, K.T. / Gellman, S.H.
履歴
登録2015年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22015年10月7日Group: Derived calculations
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-Ala-Magainin Derivative
B: D-Ala-Magainin Derivative
C: D-Ala-Magainin Derivative
D: D-Ala-Magainin Derivative
E: L-ACPC8-Ala-Magainin
F: L-ACPC8-Ala-Magainin
G: L-ACPC8-Ala-Magainin
H: L-ACPC8-Ala-Magainin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,14310
ポリマ－20,0728
非ポリマー712
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area13480 Å2
2
A: D-Ala-Magainin Derivative
B: D-Ala-Magainin Derivative
C: D-Ala-Magainin Derivative
D: D-Ala-Magainin Derivative
ヘテロ分子

G: L-ACPC8-Ala-Magainin
H: L-ACPC8-Ala-Magainin

E: L-ACPC8-Ala-Magainin
F: L-ACPC8-Ala-Magainin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,14310
ポリマ－20,0728
非ポリマー712
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_757-x+5/2,y+1/2,-z+21
crystal symmetry operation3_758-x+5/2,y+1/2,-z+31
Buried area7630 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area10000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.690, 56.690, 51.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: Polypeptide(D)
D-Ala-Magainin Derivative


分子量: 2493.987 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質・ペプチド
L-ACPC8-Ala-Magainin


分子量: 2524.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P11006*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic pH 5.6 35% v/v tert-butanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40.09 Å / Num. obs: 8711 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 12.92 % / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 14.61 % / Rmerge(I) obs: 1.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MGP

4mgp


解像度: 2.2→40.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.615 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24735 440 5.1 %RANDOM
Rwork0.18187 ---
obs0.18514 8271 97.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.467 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å20 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3---0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1303 0 2 31 1336
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191331
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9321.9331771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06533085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0955160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.7323.33348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.70615211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02336
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.8864.573692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.8784.57691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3396.765852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.3366.768853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.2775.427639
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.2725.431640
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.8767.779920
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.76837.4131501
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.77737.3461495
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 34 -
Rwork0.162 616 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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