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- PDB-5cfb: Crystal Structure of Human Glycine Receptor alpha-3 Bound to Stry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cfb
タイトルCrystal Structure of Human Glycine Receptor alpha-3 Bound to Strychnine
要素Glycine receptor subunit alpha-3,Glycine receptor subunit alpha-3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ligand-gated Ion Channel / Neurotransmitter receptor / Membrane Protein / cys-loop receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine-gated chloride ion channel activity / glycine-gated chloride channel complex / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / neurotransmitter receptor activity / glycine binding / transmembrane transporter complex / response to amino acid / chloride transmembrane transport / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential ...glycine-gated chloride ion channel activity / glycine-gated chloride channel complex / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / neurotransmitter receptor activity / glycine binding / transmembrane transporter complex / response to amino acid / chloride transmembrane transport / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / protein homooligomerization / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane / perikaryon / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / dendrite / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycine receptor alpha3 / Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region ...Glycine receptor alpha3 / Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
STRYCHNINE / Glycine receptor subunit alpha-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Shaffer, P.L. / Huang, X. / Chen, H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of human glycine receptor-alpha 3 bound to antagonist strychnine.
著者: Huang, X. / Chen, H. / Michelsen, K. / Schneider, S. / Shaffer, P.L.
履歴
登録2015年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22015年10月21日Group: Database references
改定 1.32016年7月20日Group: Data collection
改定 1.42017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine receptor subunit alpha-3,Glycine receptor subunit alpha-3
B: Glycine receptor subunit alpha-3,Glycine receptor subunit alpha-3
C: Glycine receptor subunit alpha-3,Glycine receptor subunit alpha-3
D: Glycine receptor subunit alpha-3,Glycine receptor subunit alpha-3
E: Glycine receptor subunit alpha-3,Glycine receptor subunit alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,47115
ポリマ－209,2875
非ポリマー3,18410
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25360 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area66830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.242, 143.198, 180.054
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Glycine receptor subunit alpha-3,Glycine receptor subunit alpha-3


分子量: 41857.402 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 34-460, with 343-418 deleted / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLRA3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75311
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SY9 / STRYCHNINE / ストリキニン


分子量: 334.412 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22N2O2 / コメント: alkaloid*YM
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 30-33% PEG-400, 200 mM magnesium chloride, 100 mM potassium chloride, 25 mM sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 68041 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.211 / Χ2: 1.273 / Net I/av σ(I): 12.906 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 684083
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
3-3.115.858640.560.4530.74885.4
3.11-3.237.364280.6580.4240.76893.8
3.23-3.38967900.8310.2920.856990.8980.947
3.38-3.5610.569160.9190.2090.9781000.6750.708
3.56-3.7811.268960.9570.1461.131000.4820.505
3.78-4.0711.369030.980.0961.3471000.3230.337
4.07-4.4811.369420.9840.0671.5031000.2260.236
4.48-5.1311.369640.9890.0521.5451000.1740.182
5.13-6.4611.370590.990.0461.3571000.1540.161
6.46-5010.772790.9830.051.83499.70.1650.173

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
SCALEPACK0.98データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TNV

4tnv


解像度: 3.04→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 53.59 / SU ML: 0.401 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.93 / ESU R Free: 0.405 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2826 3426 5 %RANDOM
Rwork0.2603 ---
obs0.2615 64544 96.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 255.17 Å2 / Biso mean: 120.798 Å2 / Biso min: 34.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.93 Å20 Å2-0 Å2
2---10.89 Å2-0 Å2
3----2.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.04→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13317 0 223 0 13540
Biso mean--123.87 --
残基数----1684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0213932
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.061.97419061
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7083.00129320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.86951677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.3323.813598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.136152146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9811566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.22207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02115536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6659.0276729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6629.0276728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.46913.5398399
LS精密化 シェル解像度: 3.042→3.121 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 184 -
Rwork0.376 3585 -
all-3769 -
obs--73.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3262-0.7454-1.18183.15150.61742.24650.20140.142-0.0976-0.5854-0.17410.7284-0.1959-0.3856-0.02740.13470.0163-0.18480.63630.05820.3229120.193150.21519.342
24.8834-0.4829-2.00692.04811.8863.1130.53890.65240.155-0.5858-0.1826-0.2675-0.5228-0.099-0.35630.48360.16630.10230.48030.09970.0724161.999145.868-15.57
31.52980.1511-0.3031.6602-0.28991.0407-0.09350.2329-0.2855-0.16920.07280.47040.191-0.19330.02070.0623-0.1141-0.03580.35830.00750.2248129.013125.22226.206
44.95040.7559-2.040.8717-0.77922.5017-0.21540.1430.1472-0.2556-0.0487-0.08930.09350.24920.26410.2439-0.00830.120.33480.04830.159172.732130.975-5.261
50.28540.18890.06562.1482-0.12690.9113-0.11560.0627-0.06330.34380.0842-0.09520.29760.00790.03140.27780.03280.04040.33740.03720.0379147.753127.85145.944
63.43632.5612-2.76252.5302-2.94145.1169-0.7064-0.1323-0.6681-0.77740.0786-1.02170.3557-0.11990.62780.45810.0040.58140.2689-0.10820.8345186.42139.3479.672
71.0756-0.0969-1.93833.514-0.20283.9535-0.07860.13480.04371.09310.1858-0.22330.01050.1769-0.10720.3460.0351-0.09130.5022-0.02430.1456150.607154.57651.241
81.68151.272-1.74111.7226-1.74375.8126-0.06980.10770.1108-0.3584-0.2011-0.43310.62691.02910.27080.21080.08850.2610.68490.0980.411183.567160.459.38
90.6146-0.29030.07351.93580.36351.21130.0428-0.0420.0275-0.10370.09010.2511-0.241-0.0897-0.13290.06010.06240.03830.35720.08930.0858133.82168.39134.802
102.5297-0.4369-1.70561.25940.0884.47770.0811-0.12930.1808-0.62290.2645-0.3554-0.42680.4294-0.34560.5456-0.150.3050.2861-0.04810.1872169.337164.932-6.678
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2A220 - 347
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 219
4X-RAY DIFFRACTION4B220 - 347
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 219
6X-RAY DIFFRACTION6C220 - 347
7X-RAY DIFFRACTION7D1 - 219
8X-RAY DIFFRACTION8D220 - 347
9X-RAY DIFFRACTION9E1 - 219
10X-RAY DIFFRACTION10E220 - 347

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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