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万見
- PDB-5cet: Crystal structure of Rv2837c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cet
タイトルCrystal structure of Rv2837c
要素Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA
キーワードHYDROLASE / phosphodiesterase / c-di-AMP / Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase activity / exonuclease activity / nucleic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #30 / : / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 ...inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #30 / : / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, F. / He, Q. / Zhu, D. / Liu, S. / Gu, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Insight into the Mechanism of Rv2837c from Mycobacterium tuberculosis as a c-di-NMP Phosphodiesterase
著者: He, Q. / Wang, F. / Liu, S. / Zhu, D. / Cong, H. / Gao, F. / Li, B. / Wang, H. / Lin, Z. / Liao, J. / Gu, L.
履歴
登録2015年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9803
ポリマ－35,8701
非ポリマー1102
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.864, 98.614, 55.143
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional oligoribonuclease and PAP phosphatase NrnA / 3'(2') / 5'-bisphosphate nucleotidase / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphate phosphatase / PAP ...3'(2') / 5'-bisphosphate nucleotidase / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphate phosphatase / PAP phosphatase / nanoRNase


分子量: 35869.820 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 10-336 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: nrnA, Rv2837c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P71615, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 10% PEG10000, 5% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月18日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 22675 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 23.94
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.19 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
SCALEPACKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→37.26 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2357 1120 5.16 %
Rwork0.2006 --
obs0.2024 21703 95.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.235 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.3144 Å20 Å2-0 Å2
2---4.9603 Å20 Å2
3---22.2746 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2425 0 2 175 2602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0463368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.171871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069405
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004438
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.07650.2951230.24922252X-RAY DIFFRACTION85
2.0765-2.1860.28831460.22772437X-RAY DIFFRACTION92
2.186-2.32290.24951260.20632496X-RAY DIFFRACTION94
2.3229-2.50220.26621510.20842568X-RAY DIFFRACTION96
2.5022-2.7540.26571390.20672591X-RAY DIFFRACTION97
2.754-3.15230.26121400.2152652X-RAY DIFFRACTION98
3.1523-3.97080.1931460.19022732X-RAY DIFFRACTION99
3.9708-37.26660.21561490.18452855X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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