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- PDB-5ceo: DLK in complex with inhibitor 2-((6-(3,3-difluoropyrrolidin-1-yl)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ceo
タイトルDLK in complex with inhibitor 2-((6-(3,3-difluoropyrrolidin-1-yl)-4-(1-(oxetan-3-yl)piperidin-4-yl)pyridin-2-yl)amino)isonicotinonitrile
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / negative regulation of motor neuron apoptotic process / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of JUN kinase activity / JNK cascade / protein serine/threonine kinase activator activity / post-translational protein modification / growth cone / peptidyl-serine phosphorylation ...mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / negative regulation of motor neuron apoptotic process / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of JUN kinase activity / JNK cascade / protein serine/threonine kinase activator activity / post-translational protein modification / growth cone / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12/13 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12 / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12/13 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12 / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-50D / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者HARRIS, S.F. / YIN, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Scaffold-Hopping and Structure-Based Discovery of Potent, Selective, And Brain Penetrant N-(1H-Pyrazol-3-yl)pyridin-2-amine Inhibitors of Dual Leucine Zipper Kinase (DLK, MAP3K12).
著者: Patel, S. / Harris, S.F. / Gibbons, P. / Deshmukh, G. / Gustafson, A. / Kellar, T. / Lin, H. / Liu, X. / Liu, Y. / Liu, Y. / Ma, C. / Scearce-Levie, K. / Ghosh, A.S. / Shin, Y.G. / Solanoy, H. ...著者: Patel, S. / Harris, S.F. / Gibbons, P. / Deshmukh, G. / Gustafson, A. / Kellar, T. / Lin, H. / Liu, X. / Liu, Y. / Liu, Y. / Ma, C. / Scearce-Levie, K. / Ghosh, A.S. / Shin, Y.G. / Solanoy, H. / Wang, J. / Wang, B. / Yin, J. / Siu, M. / Lewcock, J.W.
履歴
登録2015年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4592
ポリマ－34,0181
非ポリマー4401
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.820, 39.040, 62.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 12 / Dual leucine zipper bearing kinase / DLK / Leucine-zipper protein kinase / ZPK / MAPK-upstream ...Dual leucine zipper bearing kinase / DLK / Leucine-zipper protein kinase / ZPK / MAPK-upstream kinase / MUK / Mixed lineage kinase


分子量: 34018.031 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain (UNP residues 115-402) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K12, ZPK / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q12852, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-50D / 2-[[6-[3,3-bis(fluoranyl)pyrrolidin-1-yl]-4-[1-(oxetan-3-yl)piperidin-4-yl]pyridin-2-yl]amino]pyridine-4-carbonitrile / GNE-3511


分子量: 440.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26F2N6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.14 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 0.2 M magnesium acetate, 20% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月14日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→39.041 Å / Num. all: 11797 / Num. obs: 11797 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 50.39 Å2 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.094 / Rsym value: 0.079 / Net I/av σ(I): 6.845 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 39517
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.28-2.43.40.6431.1566216760.4030.7620.6431.993.5
2.4-2.553.40.4361.6561116310.270.5140.4362.996.4
2.55-2.733.30.2962.3516315510.1870.3510.2963.996.8
2.73-2.943.30.1773.8471014070.1120.2110.1775.995.5
2.94-3.223.40.1165.9460913490.0720.1370.1168.797.7
3.22-3.63.20.0768.1386411890.0490.0910.07612.696
3.6-4.163.40.05410.9352410300.0330.0640.05418.594
4.16-5.13.30.04313.430099060.0280.0510.04321.696.2
5.1-7.213.20.04115.221526710.0270.0490.04119.492.2
7.21-39.0413.10.04211.312133870.0270.050.04223.392.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
BUSTER-TNT2.11.2精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→35.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9314 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8847 / SU R Cruickshank DPI: 0.395 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.394 / SU Rfree Blow DPI: 0.249 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.252
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2482 606 5.14 %RANDOM
Rwork0.1871 ---
obs0.1902 11788 94.46 %-
原子変位パラメータBiso max: 157.6 Å2 / Biso mean: 51.41 Å2 / Biso min: 24.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2967 Å20 Å214.7176 Å2
2--8.4884 Å20 Å2
3----8.1918 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.287 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→35.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2156 0 32 71 2259
Biso mean--40.96 54.04 -
残基数----269
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d783SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes48HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes337HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2257HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion280SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2630SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2257HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3068HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.05
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.5 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2965 143 5.15 %
Rwork0.2303 2635 -
all0.2337 2778 -
obs--94.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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