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- PDB-5cd8: Crystal structure of the NTD of Drosophila Oskar protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cd8
タイトルCrystal structure of the NTD of Drosophila Oskar protein
要素Maternal effect protein oskar
キーワードRNA BINDING PROTEIN / 3'-UTR / dimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior abdomen determination / pole plasm mRNA localization / regulation of oskar mRNA translation / P granule assembly / pole plasm protein localization / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / pole plasm / posterior cell cortex / thermosensory behavior / pole plasm assembly ...posterior abdomen determination / pole plasm mRNA localization / regulation of oskar mRNA translation / P granule assembly / pole plasm protein localization / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / pole plasm / posterior cell cortex / thermosensory behavior / pole plasm assembly / segmentation / P granule organization / pole cell formation / visual behavior / P granule / germ cell nucleus / cortical actin cytoskeleton organization / oogenesis / germ cell development / protein localization to nucleus / long-term memory / regulation of mRNA stability / visual learning / cell cortex / endosome / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
OSK domain / OSK domain / OST-HTH/LOTUS domain / LOTUS-like domain / OST-HTH/LOTUS domain / OST-type HTH domain profile. / SGNH hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Maternal effect protein oskar
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.001 Å
データ登録者Yang, N. / Hu, M. / Yu, Z. / Wang, M. / Lehmann, R. / Xu, R.M.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31370734 中国
National Natural Science Foundation of China31400670 中国
MOST2015CB856201 中国
National Key New Drug Creation and Manufacturing Program2014ZX09507002 中国
CASXDB08010100 中国
CASKJZDEW-L05 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structure of Drosophila Oskar reveals a novel RNA binding protein
著者: Yang, N. / Yu, Z. / Hu, M. / Wang, M. / Lehmann, R. / Xu, R.M.
履歴
登録2015年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maternal effect protein oskar
B: Maternal effect protein oskar
C: Maternal effect protein oskar
D: Maternal effect protein oskar
E: Maternal effect protein oskar
F: Maternal effect protein oskar
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5778
ポリマ－62,3926
非ポリマー1842
水1267
1
A: Maternal effect protein oskar
B: Maternal effect protein oskar
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8903
ポリマ－20,7972
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Maternal effect protein oskar
D: Maternal effect protein oskar
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8903
ポリマ－20,7972
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Maternal effect protein oskar
F: Maternal effect protein oskar


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7972
ポリマ－20,7972
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.951, 66.951, 112.831
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
Maternal effect protein oskar


分子量: 10398.719 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 150-240 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: osk, CG10901 / プラスミド: pET28a-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIL / 参照: UniProt: P25158
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 20% PEG 400, 200mM Mg(AC)2, 100mM NaAC, pH 5.6 / PH範囲: 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9641 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月2日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9641 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 11302 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 79.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 1.051 / Net I/av σ(I): 31.206 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 65587
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3-3.115.80.4564.111201.00799.7
3.11-3.235.80.3611361.06799.7
3.23-3.385.80.21211411.07999.9
3.38-3.565.80.13811211.08999.8
3.56-3.785.80.10311161.08699.8
3.78-4.075.80.07811211.06699.8
4.07-4.485.80.06111591.12299.8
4.48-5.135.80.05811391.08499.9
5.13-6.465.60.04411140.939100
6.46-505.80.02211350.96799.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CD7

5cd7


解像度: 3.001→40.434 Å / FOM work R set: 0.7931 / SU ML: 0.64 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.21 / 位相誤差: 27.84 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2419 538 4.78 %Random selection
Rwork0.1893 10715 --
obs0.1918 11253 99.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 82.081 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 212.7 Å2 / Biso mean: 111.15 Å2 / Biso min: 37.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.396 Å20 Å2-0 Å2
2--12.396 Å20 Å2
3----24.792 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.001→40.434 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3442 0 12 7 3461
Biso mean--124.9 61.57 -
残基数----440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053518
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9134762
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5531324
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0012-3.30310.30711390.246226812820100
3.3031-3.78080.26231210.22012669279099
3.7808-4.76220.22941530.166826912844100
4.7622-40.43770.22881250.17992674279999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.49290.5991.65229.21382.635210.0712-0.02130.256-0.3490.39650.0228-0.34430.7280.20440.12580.43390.20060.01150.31620.01030.319432.8259-28.84637.8417
212.29820.1993-0.09068.7348-7.245111.864-0.0119-0.22990.14120.32830.55150.63390.8782-0.2762-0.28580.2941-0.06610.03360.58660.10240.331231.5251-23.544-13.9408
38.3955-4.58591.30188.27540.70679.7321-0.0102-0.23580.396-0.7320.4046-0.0312-0.93520.4492-0.33391.0726-0.3739-0.02020.88070.07310.496832.1758-47.5495-29.3003
47.78420.45730.68448.98923.51118.9520.0588-0.86530.1648-0.16810.9250.936-0.25-1.1269-0.86180.97280.29070.0070.97420.18980.559631.7834-53.1754-7.1895
56.20031.6367-1.7948.10391.43446.2795-0.0463-0.4618-0.74490.18420.51360.57980.1350.5177-0.40320.942-0.1688-0.05321.19550.20730.73339.8237-36.794218.2354
65.41.57542.99279.70914.69639.59840.98140.0577-1.20730.101-0.4822-0.30530.47330.2886-0.45790.91710.1241-0.23610.8530.03230.72624.5184-39.7766-3.4964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'A148 - 223
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'B148 - 221
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'C148 - 221
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'D148 - 220
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E'E152 - 221
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F'F148 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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