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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ccy | ||||||||||||
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タイトル | 2009 H1N1 PA endonuclease in complex with dTMP | ||||||||||||
![]() | Polymerase acidic protein | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / influenza / resistance / endonuclease / inhibitor | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Kumar, G. / White, S.W. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Identification and characterization of influenza variants resistant to a viral endonuclease inhibitor. 著者: Song, M.S. / Kumar, G. / Shadrick, W.R. / Zhou, W. / Jeevan, T. / Li, Z. / Slavish, P.J. / Fabrizio, T.P. / Yoon, S.W. / Webb, T.R. / Webby, R.J. / White, S.W. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 803.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 804.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5cgvC ![]() 5cl0C ![]() 5cznC ![]() 5d2oC ![]() 5d42C ![]() 5d4gC ![]() 5d8uC ![]() 5d9jC ![]() 5dbsC ![]() 5debC ![]() 5desC ![]() 4e5eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21970.160 Da / 分子数: 1 / 断片: endonuclease domain (UNP residues 1-50, 73-196) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: PA / プラスミド: pET52b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: C3W5S0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-TMP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 % / 解説: Hexagonal plates |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 5 mM manganese chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, 30% w/v PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月16日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→64.006 Å / Num. obs: 12747 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.4 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 0.868 / Net I/av σ(I): 33.308 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 361856 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4E5E 解像度: 2.1→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 8.978 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.51 Å2 / Biso mean: 37.181 Å2 / Biso min: 18.42 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→50.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -14.2484 Å / Origin y: 75.4169 Å / Origin z: 14.1762 Å
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精密化 TLSグループ |
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