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- PDB-5cax: CRYSTAL STRUCTURE OF METHANOSARCINA ACETIVORANS METHANOREDOXIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cax
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF METHANOSARCINA ACETIVORANS METHANOREDOXIN
要素Glutaredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / METHANOGENESIS / OXIDATIVE STRESS / COENZYME M
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / : / Glutaredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.451 Å
データ登録者Yennawar, N.H. / Yennawar, H.P. / Ferry, G.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-95ER20198 MOD16 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Characterizations of Methanoredoxin from Methanosarcina acetivorans, a Glutaredoxin-Like Enzyme with Coenzyme M-Dependent Protein Disulfide Reductase Activity.
著者: Yenugudhati, D. / Prakash, D. / Kumar, A.K. / Kumar, R.S. / Yennawar, N.H. / Yennawar, H.P. / Ferry, J.G.
履歴
登録2015年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutaredoxin
B: Glutaredoxin
C: Glutaredoxin
D: Glutaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,71022
ポリマ－45,9294
非ポリマー1,78118
水1,72996
1
A: Glutaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8805
ポリマ－11,4821
非ポリマー3974
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glutaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9165
ポリマ－11,4821
非ポリマー4334
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Glutaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8194
ポリマ－11,4821
非ポリマー3373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Glutaredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0968
ポリマ－11,4821
非ポリマー6137
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.154, 59.154, 172.978
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

#1: タンパク質
Glutaredoxin


分子量: 11482.263 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (strain ATCC 35395 / DSM 2834 / JCM 12185 / C2A) (古細菌)
株: ATCC 35395 / DSM 2834 / JCM 12185 / C2A / 遺伝子: MA_1658 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TQ93
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES buffer, pH 7.5, 0.05 M cadmium sulfate and 1M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月15日
放射モノクロメーター: Varimax optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 21962 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 11.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NZN

3nzn


解像度: 2.451→19.492 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2719 1717 10.04 %
Rwork0.2149 --
obs0.2207 17106 78.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.451→19.492 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3036 0 38 96 3170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113103
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5494157
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1211168
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006521
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4508-2.52270.34031370.2931323X-RAY DIFFRACTION83
2.5227-2.6040.32281380.29171204X-RAY DIFFRACTION74
2.604-2.69680.34551440.2771306X-RAY DIFFRACTION79
2.6968-2.80450.33391460.26161280X-RAY DIFFRACTION80
2.8045-2.93170.33331390.25751251X-RAY DIFFRACTION78
2.9317-3.08570.33021600.25421369X-RAY DIFFRACTION84
3.0857-3.27820.30561570.2191380X-RAY DIFFRACTION85
3.2782-3.530.26731600.19631364X-RAY DIFFRACTION85
3.53-3.88270.24281570.191390X-RAY DIFFRACTION86
3.8827-4.43870.22491430.17431278X-RAY DIFFRACTION78
4.4387-5.57060.22231270.18721170X-RAY DIFFRACTION71
5.5706-19.49240.26651090.21661074X-RAY DIFFRACTION65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.9538-1.9698-4.16826.34522.53483.81030.4849-0.91060.1343-0.61421.3080.50621.0626-0.1762-1.00940.8161-0.196-0.43890.50180.36550.584515.560340.1466-8.764
28.6702-3.22870.86743.9269-1.21892.1714-0.20130.0634-0.59520.0969-0.04180.31160.44530.08530.31560.735-0.06950.020.4530.01590.55412.837634.25-0.8917
36.1132-0.5883-1.55248.67930.24326.6389-0.1616-0.33980.5460.6356-0.3729-0.4729-0.33091.04870.52650.5957-0.0259-0.18550.50680.15410.504921.158942.54150.6222
45.3533-3.5587-1.52495.0678-2.16364.260.0927-2.135-0.84210.67831.33292.73351.0767-0.7042-1.40640.6669-0.06630.10120.72880.22941.00824.928636.10337.4326
56.70630.65393.00742.52832.48063.4990.02130.3781-0.06560.2555-0.07160.16930.63180.52420.09860.73480.0296-0.04540.42910.04860.5019.02549.4516-12.1713
64.38713.68773.2763.65971.09576.2255-0.44160.30480.2726-0.26320.2315-0.1138-0.8504-0.46380.16560.52890.0547-0.0370.4741-0.01860.56562.109559.8321-16.7659
78.0511.0480.87556.4280.36328.42080.1755-0.186-0.6324-0.096-0.01831.3288-0.1303-1.3445-0.06440.3820.0625-0.03760.60560.04190.6444-2.520448.0724-17.0337
84.9013-0.31390.21156.0766-0.27117.00920.0964-0.18850.48870.25730.44130.0801-1.0829-0.4907-0.40120.59880.15290.11160.5344-0.11030.5916-1.360757.9356-6.8339
95.11053.41061.52533.65540.68163.9957-0.3526-0.82810.90340.7302-1.1560.4943-0.1201-1.5440.35760.6963-0.3342-0.10851.60610.15640.176611.193746.5393-23.6858
107.7634-7.0863-1.41279.87131.87542.6308-0.71730.6255-0.74430.6440.4581.14960.24430.13660.12940.4906-0.05790.06450.5399-0.03840.48338.085542.3154-30.7402
114.4008-0.03881.33852.1589-1.48633.75720.17410.4698-0.00710.0528-0.01320.47480.2741-0.1226-0.23020.42350.0001-0.0610.59230.0110.50323.652645.9169-31.32
125.29712.093-0.51064.5607-2.28662.1015-0.490.01751.66480.19550.1315-0.3612-2.5292-0.01030.61351.25070.1086-0.42250.7680.16080.996116.180157.2351-30.5456
134.1264-3.28441.4356.402-4.05257.50640.12860.57160.0392-0.6099-0.4266-0.37520.20450.06930.27820.4984-0.01280.01280.7574-0.00740.458611.406742.652-39.6553
143.91281.0466-1.96324.86694.02025.573-1.98390.54880.7934-0.540.32981.5026-0.2283-1.58211.28450.53250.1322-0.0830.8519-0.02060.476112.795632.7892-17.2004
152.890.613-0.01870.98461.20372.120.9836-0.33610.13630.8993-0.1017-1.2079-0.37010.5672-0.41540.73880.4379-0.27311.0662-0.43131.297422.390542.0638-17.5461
165.0284-0.42380.64528.5513-7.10299.68620.17920.2001-0.42720.7116-0.3597-0.1628-0.71920.63680.07490.5088-0.04880.10220.44550.02430.457824.842633.6637-20.8874
176.1682-1.14130.05119.2843-2.7197.2911-0.221-0.9903-0.00630.9930.3635-0.7827-0.03370.5545-0.15710.43270.06-0.05160.5949-0.03470.387727.60833.0401-16.0165
182.9253-1.64661.11646.20623.32593.2904-0.20220.0528-1.77360.2636-0.68390.6376-1.5051-1.26921.1120.83240.0345-0.08930.60390.04430.997815.332722.1094-18.1122
195.3683-1.15483.82696.53570.30448.10210.56770.3395-0.9874-0.1748-0.4880.50950.93130.1020.09560.80550.0560.12970.516-0.05580.64625.688125.5831-25.4142
203.0604-1.74471.59653.9317-4.16224.4808-0.64690.9199-1.88390.2597-0.858-1.4218-0.5512-0.38231.30040.4932-0.05110.22660.7214-0.05470.913534.38733.973-29.4323
211.99881.99551.9981.99912.00024.89832.1214-1.90891.8967-0.2845-0.8049-4.2771-1.81290.7432-1.42041.204-0.84690.04190.71480.25190.510433.837440.5622-29.6696
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 15 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 47 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 48 through 91 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 92 through 101 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 6 through 21 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 22 through 43 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 44 through 70 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 71 through 100 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 7 through 13 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 14 through 30 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 31 through 56 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 57 through 68 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 69 through 101 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 6 through 10 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 11 through 15 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 16 through 30 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 31 through 56 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 57 through 70 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 71 through 91 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 92 through 100 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 101 through 101 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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