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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cax | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF METHANOSARCINA ACETIVORANS METHANOREDOXIN | ||||||
![]() | Glutaredoxin | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / METHANOGENESIS / OXIDATIVE STRESS / COENZYME M | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / electron transfer activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yennawar, N.H. / Yennawar, H.P. / Ferry, G.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and Biochemical Characterizations of Methanoredoxin from Methanosarcina acetivorans, a Glutaredoxin-Like Enzyme with Coenzyme M-Dependent Protein Disulfide Reductase Activity. 著者: Yenugudhati, D. / Prakash, D. / Kumar, A.K. / Kumar, R.S. / Yennawar, N.H. / Yennawar, H.P. / Ferry, J.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 174.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 140.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3nznS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11482.263 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 35395 / DSM 2834 / JCM 12185 / C2A / 遺伝子: MA_1658 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 化合物 | ChemComp-ACY / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES buffer, pH 7.5, 0.05 M cadmium sulfate and 1M sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月15日 |
放射 | モノクロメーター: Varimax optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 21962 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 11.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3NZN 解像度: 2.451→19.492 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.451→19.492 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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