PDB-5ca5: Structure of the C. elegans NONO-1 homodimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ca5

タイトル

Structure of the C. elegans NONO-1 homodimer

要素

NONO-1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / DBHS homodimer

機能・相同性

機能・相同性情報

PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / mRNA splicing, via spliceosome / nucleic acid binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Knott, G.J. / Bond, C.S.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Caenorhabditis elegans NONO-1: Insights into DBHS protein structure, architecture, and function.
著者: Knott, G.J. / Lee, M. / Passon, D.M. / Fox, A.H. / Bond, C.S.

履歴

登録	2015年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ca5.cif.gz	212.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ca5.ent.gz	171.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ca5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/5ca5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/5ca5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wiiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wpa-d 4zbq-d 5hoz-d 6u4r-d 5ifn-d 6ezq-d 3lu8-2 6u5a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NONO-1

B: NONO-1

ヘテロ分子

59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.318, 63.115, 83.838
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Gel Filtration has been used to determine the biological unit content

#1: タンパク質	NONO-1 分子量: 29673.836 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 95-353 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: nono-1, CELE_F25B5.7, F25B5.7 / プラスミド: pCDF-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / Variant (発現宿主): 2DE3 / 参照: UniProt: B3GWA1
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.2 % / 解説: Thick plate
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 0.1 M Ammonium sulphate, 15.0 - 20.0 % PEG 3350 Temp details: +/- 1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9658 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9658 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→19.67 Å / Num. obs: 23755 / B_iso Wilson estimate: 52.22 Å²
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WII

4wii

解像度: 2.4→19.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9087 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8532 / SU R Cruickshank DPI: 0.451 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.443 / SU R_free Blow DPI: 0.299 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.304

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3008	1206	5.08 %	RANDOM
R_work	0.2429	-	-	-
obs	0.246	23755	97.52 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.7582 Å²	0 Å²	-1.7043 Å²
2-	-	-0.6991 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.0591 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.458 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4012	0	16	148	4176

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	4107	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.16	5517	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1513	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		108	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		599	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4107	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.77
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21.15
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		501	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4533	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.51 Å / Total num. of bins used: 12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	108	4.03 %
R_work	0.216	2573	-
all	0.2187	2681	-
obs	-	-	97.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0577	-0.2149	-0.1867	1.061	0.2562	1.1975	0.0023	-0.0248	0.0388	0.1569	0.133	-0.0559	-0.0138	0.0302	-0.1352	0.0241	0.0024	0.0081	-0.5154	-0.0077	-0.4637	20.249	-5.1096	18.4571
2	0.0663	-0.1297	-0.2642	0.8398	0.1294	0.9641	-0.0267	0.0402	0.0087	0.0081	0.1216	-0.0593	-0.0196	-0.0049	-0.0949	-0.0439	-0.0026	0.0055	-0.4932	-0.0123	-0.4535	20.1019	6.6101	20.4311

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)