PDB-5c98: 1.45A resolution structure of SRPN18 from Anopheles gambiae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c98

タイトル

1.45A resolution structure of SRPN18 from Anopheles gambiae

要素

AGAP007691-PB

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / serpin / serine protease / insect immunity / enzyme inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Lovell, S. / Battaile, K.P. / Gulley, M. / Zhang, X. / Meekins, D.A. / Gao, F.P. / Michel, K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: 1.45 angstrom resolution structure of SRPN18 from the malaria vector Anopheles gambiae.
著者: Meekins, D.A. / Zhang, X. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Michel, K.

履歴

登録	2015年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c98.cif.gz	308.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c98.ent.gz	248.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5c98_validation.pdf.gz	425.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c98_full_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示
XML形式データ	5c98_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	5c98_validation.cif.gz	46.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/5c98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/5c98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pzfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5twl-d 6z1q-1 5yq0-8 6bqc-d 3p1a-d 5vd1-d 4bqo-2 1dml-2 4goj-1 3dmh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (9)

登録構造単位

A: AGAP007691-PB

B: AGAP007691-PB

86.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AGAP007691-PB

登録者が定義した集合体
43.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: AGAP007691-PB

登録者が定義した集合体
43.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.419, 87.485, 194.794
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	AGAP007691-PB 分子量: 43178.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) 遺伝子: SRPN18, AgaP_AGAP007691 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pRare / 参照: UniProt: A7UR55
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM Bis-Tris, 200 mM NaCl, 20% PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→48.7 Å / Num. obs: 122919 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 19.93 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_pim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 20.1 / Num. measured all: 808528 / Scaling rejects: 61

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 98.9

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all
1.45-1.47	6.7	0.841	2.5	39879	5936	0.746	0.346
7.94-48.7	6	0.026	56.5	5327	883	0.999	0.011

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	29.36 Å
Translation	2.5 Å	29.36 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.1.29	データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PZF

3pzf

解像度: 1.45→36.692 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 18.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.185	6160	5.02 %
R_work	0.1652	116670	-
obs	0.1661	122830	99.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.43 Å² / B_iso mean: 24.9911 Å² / B_iso min: 10.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.45→36.692 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5709	0	0	537	6246
B_iso mean	-	-	-	32	-
残基数	-	-	-	-	723

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5927
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.974	8079
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	913
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1063
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.686	2164

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.45-1.4665	0.3041	211	0.2699	3743	3954	99
1.4665-1.4837	0.3061	203	0.2571	3857	4060	99
1.4837-1.5018	0.2317	198	0.2438	3831	4029	99
1.5018-1.5208	0.2657	194	0.2243	3790	3984	99
1.5208-1.5409	0.251	216	0.2047	3854	4070	99
1.5409-1.562	0.2194	206	0.2017	3855	4061	99
1.562-1.5843	0.2329	207	0.1941	3793	4000	99
1.5843-1.6079	0.2169	183	0.1894	3886	4069	99
1.6079-1.6331	0.2134	207	0.1804	3825	4032	99
1.6331-1.6598	0.2032	221	0.1764	3831	4052	99
1.6598-1.6884	0.1825	196	0.1699	3894	4090	100
1.6884-1.7191	0.214	197	0.1746	3830	4027	100
1.7191-1.7522	0.2156	222	0.1798	3895	4117	100
1.7522-1.788	0.2245	192	0.174	3808	4000	100
1.788-1.8269	0.2144	209	0.168	3910	4119	100
1.8269-1.8693	0.1995	208	0.172	3837	4045	100
1.8693-1.9161	0.2032	206	0.1686	3899	4105	100
1.9161-1.9679	0.1777	215	0.1639	3846	4061	100
1.9679-2.0258	0.1819	197	0.1571	3917	4114	100
2.0258-2.0912	0.202	192	0.1555	3905	4097	100
2.0912-2.1659	0.1869	223	0.1572	3860	4083	100
2.1659-2.2526	0.1631	191	0.1568	3926	4117	100
2.2526-2.3551	0.181	229	0.1557	3862	4091	100
2.3551-2.4793	0.1684	193	0.1557	3930	4123	100
2.4793-2.6346	0.185	197	0.1614	3916	4113	100
2.6346-2.8379	0.1876	206	0.1719	3967	4173	100
2.8379-3.1234	0.1792	195	0.182	3986	4181	100
3.1234-3.575	0.1922	211	0.1655	3971	4182	99
3.575-4.5028	0.1505	239	0.1369	3997	4236	99
4.5028-36.704	0.1728	196	0.1622	4249	4445	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9076	-0.13	-0.015	0.3992	0.4494	0.4939	0.0197	0.0262	-0.1354	0.1611	0.023	0.1301	-0.0195	-0.1495	0.0001	0.1432	-0.0483	-0.0151	0.186	0.0218	0.1694	36.7106	8.7241	28.4867
2	0.53	-0.2563	0.0328	0.9143	0.9062	1.0606	0.0876	-0.0508	0.0009	0.0361	-0.1299	0.0812	-0.0929	-0.1863	-0.0003	0.132	-0.0336	-0.0002	0.1914	-0.0076	0.15	34.9489	16.4845	34.9302
3	1.0345	0.2849	0.2869	0.3277	0.3065	1.573	0.097	-0.0997	-0.1297	0.1518	0.0207	-0.124	0.0997	0.1568	0.0061	0.1808	-0.0234	-0.0013	0.1962	0.0104	0.1505	45.594	15.0925	42.0713
4	1.2985	0.0424	-0.3348	0.9606	-0.0885	0.7027	0.1222	-0.1563	0.1752	0.0316	-0.007	-0.1266	-0.2425	0.1697	0	0.2711	-0.065	0.0183	0.2081	-0.0213	0.166	44.8308	30.1519	44.5677
5	0.6473	0.4822	-0.2078	0.6362	0.3283	0.5401	0.1371	0.1944	0.3529	-0.2447	0.0686	-0.2552	-0.4448	-0.0107	0.0043	0.3651	-0.0104	0.061	0.2823	0.0113	0.2806	45.5354	33.1549	32.6514
6	0.5999	-0.1929	-0.8095	0.7746	0.577	1.8848	0.0491	-0.1392	0.0413	-0.0461	0.2159	-0.243	-0.0937	0.4019	0.165	0.0013	-0.0078	-0.0101	0.1662	-0.0465	0.1187	56.1437	11.1261	15.9865
7	0.6012	0.106	-0.8071	0.8971	0.4284	1.3657	-0.0043	0.0978	-0.1706	0.032	0.0521	-0.0768	0.2257	0.0962	-0	0.1394	0.0047	-0.0196	0.1646	-0.0055	0.1467	48.5421	3.7001	16.7078
8	0.2208	-0.0203	0.1171	0.4514	0.4696	0.5571	-0.0337	0.1336	-0.1662	-0.0154	0.0197	0.0334	0.3083	-0.243	0.0008	0.1535	-0.0426	-0.0026	0.1653	0.0015	0.1931	38.73	2.7163	17.3723
9	0.6133	0.0635	-1.1028	0.2156	0.4675	2.5305	0.1527	-0.069	0.0436	-0.0981	-0.044	-0.0772	-0.2042	0.0416	0.0013	0.1174	-0.0176	-0.0247	0.1883	0.0121	0.157	45.0865	14.4045	22.2602
10	0.171	0.1381	0.3339	0.819	0.1777	1.2238	0.1816	-0.0164	0.0133	-0.0134	-0.122	0.02	-0.369	-0.1595	0.0069	0.2213	-0.0283	0.026	0.1791	-0.0019	0.1158	36.2972	27.2018	39.0394
11	0.6963	-0.101	-0.6235	1.3798	-0.2291	1.2715	0.0664	-0.2192	-0.0343	0.0091	0.0817	-0.2817	0.2237	0.2507	0.0212	0.1169	0.0123	-0.0258	0.1847	-0.019	0.1766	54.0463	5.522	15.9984
12	1.4265	-0.8554	-0.2751	1.1539	1.2393	1.4882	0.1558	-0.0257	0.1982	0.08	0.106	-0.1438	-0.4727	0.1021	0.1194	0.1387	-0.0611	-0.0018	0.1366	-0.0315	0.1608	50.2766	15.9439	19.9764
13	0.8655	0.3371	0.1915	1.5301	1.1174	1.223	0.0055	-0.0016	0.0477	0.0516	-0.101	0.1272	-0.0325	-0.172	-0.0035	0.1077	0.0023	0.0014	0.1298	-0.0011	0.1574	38.2229	-11.9674	-26.6974
14	1.06	-0.395	0.0888	0.9819	0.3263	0.8683	-0.0426	0.264	0.1104	-0.1813	0.0348	-0.3421	-0.0935	0.1915	0.0005	0.15	-0.0281	-0.0007	0.1726	0.0361	0.2157	48.8587	-12.842	-35.592
15	1.8006	0.3605	0.2773	1.1103	0.8258	0.4885	0.0434	0.2333	-0.1504	0.0091	-0.0221	-0.3661	0.2499	0.1766	-0.0034	0.1756	0.0286	-0.0036	0.1115	-0.0175	0.2072	48.643	-28.1906	-37.2832
16	0.6174	0.0193	0.1378	0.5837	0.6206	0.7098	0.1052	-0.2516	-0.5437	0.087	-0.0174	-0.9407	0.2574	-0.0015	-0.0389	0.3165	-0.0367	-0.0995	0.2365	0.0322	0.4472	49.4185	-30.1469	-25.124
17	-0.0112	0.2706	-0.1827	-0.1881	0.3148	-0.0126	0.2154	-0.1888	-0.4571	0.0444	0.0019	-0.6788	0.1628	0.0065	-0.1499	0.1299	-0.0192	-0.0675	0.1748	0.0127	0.2715	56.3384	-11.7402	-21.5688
18	1.1894	0.9476	-0.2632	1.0974	0.3269	1.6911	0.0388	-0.1542	-0.0359	0.0769	-0.0146	-0.1767	0.2116	0.1821	0.0059	0.2018	0.0232	-0.0217	0.1709	0.0295	0.1685	58.1387	-4.3569	-3.2004
19	0.8051	-0.2795	0.5452	1.5322	0.9226	1.1529	-0.0741	0.0091	0.1013	0.0643	0.0712	-0.0217	0.1363	-0.0124	-0	0.1911	-0.008	-0.0236	0.1446	0.0082	0.1673	49.9895	-0.0352	-10.8342
20	0.4699	-0.2778	0.0443	0.4889	0.4579	0.623	0.0417	-0.053	0.1628	0.2973	-0.0536	0.4489	-0.2038	-0.2692	0.0001	0.2086	0.0157	0.004	0.1932	0.0082	0.2433	39.9538	0.2812	-11.9214
21	1.2099	0.7007	1.19	0.2086	0.8549	1.6269	0.2241	-0.1363	-0.0403	0.266	-0.1615	-0.0695	0.2328	-0.0835	0.0013	0.1741	-0.0149	0.0069	0.1736	0.0147	0.1906	47.2107	-11.2196	-15.8445
22	0.333	-0.2354	-0.3331	1.4317	-0.2327	0.8471	0.1507	-0.0645	-0.1364	0.1018	-0.1248	-0.005	0.3478	-0.253	-0.0132	0.1707	-0.0104	-0.0067	0.1356	-0.0029	0.1448	40.7732	-24.9426	-31.375
23	1.1675	0.3665	0.0154	0.9469	0.5491	2.4237	0.0137	-0.0225	-0.0051	0.1061	0.0633	-0.1373	0.0506	0.2509	0.0171	0.126	0.0054	-0.0237	0.1073	0.0125	0.1453	55.3745	-3.4105	-11.1122

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 41 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 42 through 83 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 113 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 114 through 155 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 156 through 177 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 178 through 228 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 229 through 258 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 259 through 277 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 278 through 312 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 313 through 337 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 338 through 369 )	A
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 370 through 390 )	A
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 23 through 83 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 84 through 113 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 114 through 155 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 156 through 177 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 178 through 195 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 196 through 228 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 229 through 258 )	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 259 through 277 )	B
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 278 through 312 )	B
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 313 through 338 )	B
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 339 through 388 )	B

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)