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- PDB-5c8s: Crystal structure of the SARS coronavirus nsp14-nsp10 complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c8s
タイトルCrystal structure of the SARS coronavirus nsp14-nsp10 complex with functional ligands SAH and GpppA
要素
  • Guanine-N7 methyltransferase
  • Non-structural protein 10
キーワードTRANSFERASE / nsp14 / nsp10 / exoribonuclease / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K48-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / viral transcription / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery ...Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K48-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / viral transcription / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / SARS coronavirus main proteinase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / endonuclease activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus ...Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Human SARS coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.326 Å
データ登録者Ma, Y.Y. / Wu, L.J. / Zhang, R.G. / Rao, Z.H.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology of China Project 9732014CB542800 中国
Ministry of Science and Technology of China Project 9732014CBA02003 中国
National Natural Science Foundation of China81330036 中国
Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of SciencesXDB08020200 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural basis and functional analysis of the SARS coronavirus nsp14-nsp10 complex
著者: Ma, Y.Y. / Wu, L.J. / Shaw, N. / Gao, Y. / Wang, J. / Sun, Y.N. / Lou, Z.Y. / Yan, L.M. / Zhang, R.G. / Rao, Z.H.
履歴
登録2015年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 10
B: Guanine-N7 methyltransferase
C: Non-structural protein 10
D: Guanine-N7 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,48820
ポリマ－150,4724
非ポリマー3,01616
水00
1
A: Non-structural protein 10
B: Guanine-N7 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,74410
ポリマ－75,2362
非ポリマー1,5088
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area29450 Å2
手法PISA
2
C: Non-structural protein 10
D: Guanine-N7 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,74410
ポリマ－75,2362
非ポリマー1,5088
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area29120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.797, 196.840, 180.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Non-structural protein 10 / nsp10


分子量: 15268.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human SARS coronavirus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C6X7
#2: タンパク質 Guanine-N7 methyltransferase / nsp14


分子量: 59967.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human SARS coronavirus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0C6X7, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'- ...参照: UniProt: P0C6X7, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ

-
非ポリマー , 4種, 16分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#6: 化合物 ChemComp-G3A / GUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE / Ap3G


分子量: 772.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H27N10O17P3

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.97 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% (v/v) tacsimate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, and 2% (w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 50763 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 111.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.445 / Net I/av σ(I): 16.5 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 339184
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.3-3.366.40.87724920.8390.3760.9550.428100
3.36-3.426.10.75325070.8480.3310.8240.423100
3.42-3.486.40.56425450.9150.2430.6140.434100
3.48-3.556.70.45324890.9530.1890.4920.425100
3.55-3.6370.39725030.9580.1610.4290.438100
3.63-3.7270.31725210.9750.1280.3420.447100
3.72-3.8170.24824930.9840.1010.2680.436100
3.81-3.916.90.19325280.990.0790.2080.432100
3.91-4.036.90.15825280.9940.0650.170.444100
4.03-4.166.90.12225080.9940.050.1320.455100
4.16-4.316.70.10225210.9960.0430.1110.452100
4.31-4.486.30.08125470.9970.0350.0880.439100
4.48-4.686.40.06725360.9980.0290.0730.44100
4.68-4.937.10.06525310.9980.0260.070.432100
4.93-5.2470.0625610.9980.0240.0650.435100
5.24-5.646.90.05825290.9980.0240.0630.429100
5.64-6.216.70.05425490.9980.0230.0590.431100
6.21-7.16.10.04625790.9980.020.050.443100
7.1-8.946.90.03725940.9990.0150.040.447100
8.94-506.20.03527020.9980.0150.0380.58499.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000data processing
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化解像度: 3.326→42.558 Å / FOM work R set: 0.7604 / SU ML: 0.94 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2594 2451 5.06 %
Rwork0.2171 45973 -
obs0.2192 48424 97.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 86 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 213.27 Å2 / Biso mean: 124.96 Å2 / Biso min: 64.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--25.4373 Å2-0 Å20 Å2
2--59.1576 Å20 Å2
3----33.7203 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.326→42.558 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10160 0 164 0 10324
Biso mean--141.21 --
残基数----1294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02510708
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44514498
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1011566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1773784
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3262-3.39020.3529980.28851635173365
3.3902-3.45930.34841440.284825672711100
3.4593-3.53450.35011320.263325752707100
3.5345-3.61670.31881460.260825602706100
3.6167-3.70710.32831580.250625992757100
3.7071-3.80730.30051420.255625632705100
3.8073-3.91920.28671380.241225932731100
3.9192-4.04560.27951380.232225752713100
4.0456-4.19010.25921600.207825922752100
4.1901-4.35770.23671270.197126022729100
4.3577-4.55580.231320.187225972729100
4.5558-4.79570.24251270.184726112738100
4.7957-5.09570.22321300.193126212751100
5.0957-5.48840.28191330.218526162749100
5.4884-6.03940.28681430.239526182761100
6.0394-6.910.27351280.233126572785100
6.91-8.69370.22891300.185326742804100
8.6937-42.56180.21571450.2142718286398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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