PDB-5c76: ATP-driven lipid-linked oligosaccharide flippase PglK in apo-inwa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c76

タイトル

ATP-driven lipid-linked oligosaccharide flippase PglK in apo-inward facing state (2)

要素

WlaB protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter flippase

機能・相同性

機能・相同性情報

ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.94 Å

データ登録者

Perez, C. / Gerber, S. / Locher, K.P.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure and mechanism of an active lipid-linked oligosaccharide flippase.
著者: Perez, C. / Gerber, S. / Boilevin, J. / Bucher, M. / Darbre, T. / Aebi, M. / Reymond, J.L. / Locher, K.P.

履歴

登録	2015年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月26日	Group: Database references
改定 1.2	2015年9月2日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5c76.ent.gz	792.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	5c76_validation.pdf.gz	465.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
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CIF形式データ	5c76_validation.cif.gz	104.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/5c76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/5c76	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5c73C 5c78SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ksb-d 5kpj-d 4ksc-d 6ujp-d 6ujn-d 4xwk-d 6ujt-d 4q9l-d 4q9j-d 4q9h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (10) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (10)

登録構造単位

A: WlaB protein

B: WlaB protein

C: WlaB protein

D: WlaB protein

258 kDa, 4 ポリマー
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1

A: WlaB protein

D: WlaB protein

ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 2 ポリマー
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2

B: WlaB protein

C: WlaB protein

ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.410, 183.330, 136.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.700, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 1 - 564 / Label seq-ID: 1 - 564

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B
3	chain C	C	C
4	chain D	D	D

#1: タンパク質	WlaB protein 分子量: 64587.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: wlaB / 発現宿主: Escherichia coli bl21(de3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O86150

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.4 / 詳細: Glycine-NaOH; KCl; MgCl2; PEG600

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.94→30 Å / Num. obs: 33489 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / B_iso Wilson estimate: 166.27 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.094 / R_rim(I) all: 0.097 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I): 12.36 / Num. measured all: 480068

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
3.94-4.04		0.667	2.036	1.54	2825	2891	292	2.15	10.1
4.04-4.15		0.689	1.878	1.61	9743	2796	865	1.967	30.9
4.15-4.27		0.774	2.024	1.55	25511	2723	1928	2.106	70.8
4.27-4.4		0.858	1.432	2.07	36627	2617	2611	1.486	99.8
4.4-4.55		0.929	0.954	3.27	39189	2564	2566	0.987	100
4.55-4.71		0.972	0.62	4.86	38025	2486	2482	0.641	99.8
4.71-4.89		0.983	0.459	6.48	36324	2386	2384	0.474	99.9
4.89-5.09		0.991	0.335	8.49	34693	2297	2294	0.346	99.9
5.09-5.31		0.991	0.32	8.86	33594	2217	2216	0.331	100
5.31-5.57		0.986	0.346	8.56	31860	2119	2112	0.358	99.7
5.57-5.87		0.983	0.327	9.14	29938	2017	2013	0.338	99.8
5.87-6.23		0.988	0.26	11.14	27961	1920	1919	0.269	99.9
6.23-6.66		0.992	0.189	14.52	25200	1762	1763	0.196	100
6.66-7.19		0.996	0.131	19.27	22892	1677	1672	0.136	99.7
7.19-7.88		0.997	0.092	24.86	19039	1537	1537	0.096	100
7.88-8.81		0.998	0.067	30.98	17485	1379	1378	0.07	99.9
8.81-10.17		0.999	0.059	36.46	17325	1230	1231	0.061	100
10.17-12.46		0.999	0.051	39.13	15149	1053	1047	0.053	99.4
12.46-17.62		0.999	0.049	39.23	11631	815	815	0.051	100
	17.62	0.999	0.042	39.52	5057	462	364	0.043	78.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.39 Å	29.82 Å
Translation	4.39 Å	29.82 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5C78

5c78

解像度: 3.94→29.823 Å / SU ML: 0.65 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 41.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3293	1692	5.05 %
R_work	0.2745	31782	-
obs	0.2773	33474	86.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 371.52 Å² / B_iso mean: 208.3747 Å² / B_iso min: 111.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.94→29.823 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18228	0	0	0	18228
残基数	-	-	-	-	2256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	18564
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.939	24984
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	2896
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3084
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.413	6916

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	10813	X-RAY DIFFRACTION	8.899	TORSIONAL
1	2	B	10813	X-RAY DIFFRACTION	8.899	TORSIONAL
1	3	C	10813	X-RAY DIFFRACTION	8.899	TORSIONAL
1	4	D	10813	X-RAY DIFFRACTION	8.899	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.9395-4.0552	0.3715	15	0.4158	353	368	11
4.0552-4.1858	0.394	57	0.3652	1093	1150	36
4.1858-4.3349	0.3871	150	0.3574	2664	2814	87
4.3349-4.5079	0.3659	159	0.338	3068	3227	100
4.5079-4.7123	0.3837	161	0.3152	3082	3243	100
4.7123-4.9597	0.3668	168	0.2857	3046	3214	100
4.9597-5.2689	0.3007	154	0.2889	3073	3227	100
5.2689-5.6731	0.3596	162	0.3229	3074	3236	100
5.6731-6.2393	0.4041	159	0.3321	3087	3246	100
6.2393-7.1313	0.3462	149	0.3113	3078	3227	100
7.1313-8.9443	0.2745	185	0.2515	3058	3243	100
8.9443-29.8236	0.306	173	0.2179	3106	3279	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2014	1.5344	-0.1227	2.0474	0.1705	2.2151	-0.0913	-0.6604	0.9105	0.6797	0.1281	-2.3564	-0.3383	0.1182	0.2804	1.0701	-0.0205	-0.3441	0.9212	-0.1186	2.5722	41.6135	45.1787	19.2463
2	1.0992	0.198	-0.0594	2.2177	0.2976	0.0844	0.3884	-0.5595	0.8454	2.0591	-0.5621	-1.0691	-0.2923	-0.3942	-1.1612	1.371	-0.0449	0.4109	1.374	-0.4718	0.9877	10.2334	31.6867	27.7013
3	3.8015	3.2769	-2.8489	7.0958	-0.3038	3.0473	1.056	-0.8942	1.0667	1.7065	0.3866	-0.864	-0.5664	1.7164	0.6009	1.4035	-0.1699	0.2328	1.1439	-0.3993	1.8751	21.2148	57.3895	26.955
4	3.3607	-0.4247	0.4609	4.1137	-0.4862	2.9414	-0.5413	-0.2357	-0.1742	0.7889	0.1533	-0.5463	-0.0656	0.1511	0.1509	1.3506	0.0999	-0.3582	0.5095	-0.1149	1.035	31.0486	-12.6382	19.9748
5	0.9572	-0.9262	-0.9553	2.0132	0.3463	1.5524	0.9533	-1.1436	1.5235	-0.2777	-0.758	1.5985	-0.362	-0.599	-1.6773	0.4091	0.2069	0.4892	3.2885	-1.7047	2.6596	-17.5073	16.4856	83.8391
6	0.0876	0.0197	0.547	0.6737	1.2861	2.3672	-0.2009	-0.3172	0.8075	0.0847	-0.0194	0.5045	-0.3125	0.2061	0.2078	1.2161	-0.22	0.0407	1.2126	-0.2693	1.8218	13.6738	17.1646	71.0577
7	0.3815	-1.0425	-0.2711	4.3407	1.6479	2.9361	0.8936	0.4431	0.0867	-0.8153	1.8672	-0.7269	-1.2486	0.6296	0.9818	1.3634	-0.0413	0.1422	2.3186	-0.9608	2.4045	-2.8827	30.6024	84.8946
8	4.3968	0.0135	-0.1309	3.2141	-0.5292	1.9796	-0.2994	0.4027	-1.1399	0.5263	-0.6798	1.3886	0.7171	-1.1216	0.95	1.6766	-0.1458	0.0924	1.4845	-0.6115	1.8827	-3.0991	-24.6246	43.7123
9	4.416	-0.5411	-0.5744	0.9346	-1.2805	3.3797	-0.4015	-1.0899	-0.1604	1.3014	-0.3383	0.1083	-0.2692	1.8006	0.1508	1.0982	-0.308	0.2156	1.3123	0.0066	1.1382	24.7383	20.6654	93.4453
10	1.621	2.8967	2.5623	3.1955	3.6412	3.1651	-0.4958	1.1729	-0.2414	-0.0298	0.6601	0.5575	-0.2224	2.1055	-0.3201	1.848	-0.1957	0.0975	1.5767	-0.3741	1.1903	-4.1669	-1.1647	79.809
11	2.088	-0.9809	-1.6533	2.4996	-0.794	2.6082	-0.362	0.0916	0.2268	-0.5755	-0.7386	1.2364	0.4466	-1.7957	-0.0197	1.4307	0.1017	-0.0395	3.012	-1.1478	2.8443	4.4527	19.5998	100.9657
12	3.0262	-1.2001	1.593	5.9827	0.908	1.8621	-0.6718	1.2786	-1.6952	-0.0721	-0.1567	0.7931	0.7626	0.7107	0.2943	1.7576	0.6325	0.351	3.186	-0.0026	2.1975	53.1025	-7.2347	58.774
13	3.5359	-0.7015	-1.6573	4.9745	-0.891	5.2585	-0.5643	0.8404	0.2483	-0.3711	-0.0113	3.4415	-0.8029	-1.9003	0.0692	1.3874	1.0258	-0.799	-0.1541	0.2315	2.6481	2.9926	65.5458	14.7901
14	5.6702	0.9493	-1.6858	0.79	-1.0868	1.5298	-0.986	0.8056	-0.0853	-0.3048	0.5133	0.5741	0.2166	-0.7432	0.3507	1.3557	-0.073	-0.1521	1.4861	0.1283	1.5142	-4.2859	41.8659	12.629
15	-0.0872	-0.1531	0.0455	3.9641	-3.31	2.0639	-0.6271	0.1823	0.1869	-3.0365	1.3294	0.5308	1.1781	-0.4761	-0.3623	1.7099	0.1288	-0.3809	1.0426	0.5599	1.5525	29.5857	23.9729	9.7827
16	0.1218	0.4714	0.1266	6.1311	-1.8897	1.7236	0.3673	-0.3791	1.7137	0.1674	-0.1686	1.5393	0.3962	-0.9584	-0.2001	1.6179	-0.0285	0.2159	1.0342	0.0681	2.6209	22.6745	55.571	8.553
17	1.6004	-1.192	-0.1567	2.6084	-1.1444	0.5571	-1.0589	0.1388	-0.9977	-0.4259	0.8943	-0.043	-0.1158	-1.3775	0.2616	1.7679	-0.7012	0.1361	1.9252	-0.3781	2.1117	-26.4914	5.3501	17.1913

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 118 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 119 through 255 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 256 through 316 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 317 through 564 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 118 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 119 through 275 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 276 through 319 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 320 through 564 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 170 )	C
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 171 through 275 )	C
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 276 through 318 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 319 through 564 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 1 through 72 )	D
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 73 through 170 )	D
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 171 through 255 )	D
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 256 through 318 )	D
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 319 through 564 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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