PDB-5c5d: Crystal structure of Treponema denticola PurE2-S38D

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c5d

タイトル

Crystal structure of Treponema denticola PurE2-S38D

要素

phosphoribosylaminoimidazole carboxylase

キーワード

LYASE / purine biosynthesis / carboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoribosylaminoimidazole carboxylase / 5-amino-4-imidazole carboxylate lyase activity / phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Treponema denticola (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Sullivan, K.L. / Kappock, T.J.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Function of conserved residues in the class II PurE active site
著者: Sullivan, K.L. / Mathews, I.I. / Kappock, T.j.

履歴

登録	2015年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c5d.cif.gz	260 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c5d.ent.gz	213.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c5d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5c5d_validation.pdf.gz	450.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c5d_full_validation.pdf.gz	453 KB	表示
XML形式データ	5c5d_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	5c5d_validation.cif.gz	44.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c5d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rggS 3rg8 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rgg-1 3rg8-d 1z0g-d 1xmp-d 4ogg-d 4z7j-1 3ors-d 1z0t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: phosphoribosylaminoimidazole carboxylase

B: phosphoribosylaminoimidazole carboxylase

C: phosphoribosylaminoimidazole carboxylase

D: phosphoribosylaminoimidazole carboxylase

ヘテロ分子

69.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: phosphoribosylaminoimidazole carboxylase

B: phosphoribosylaminoimidazole carboxylase

C: phosphoribosylaminoimidazole carboxylase

D: phosphoribosylaminoimidazole carboxylase

ヘテロ分子

A: phosphoribosylaminoimidazole carboxylase

B: phosphoribosylaminoimidazole carboxylase

C: phosphoribosylaminoimidazole carboxylase

D: phosphoribosylaminoimidazole carboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
139 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.084, 154.958, 89.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-360- HOH

#1: タンパク質	phosphoribosylaminoimidazole carboxylase / AIR carboxylase / 5-aminoimidazole ribonucleotide carboxylase 分子量: 17245.883 Da / 分子数: 4 / 変異: S38D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Synthetic gene 由来: (組換発現) Treponema denticola (strain ATCC 35405 / CIP 103919 / DSM 14222) (バクテリア) 株: ATCC 35405 / CIP 103919 / DSM 14222 / 遺伝子: purE, TDE_0687 / プラスミド: pET23a / 詳細 (発現宿主): pJK644 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q73PV9, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 14-16% (w/v) PEG 1000, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月15日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 64883 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.7 % / B_iso Wilson estimate: 21.54 Å² / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 55.32
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 14.3 % / R_merge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 5.26 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 3rgg

3rgg

解像度: 1.69→44.565 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19	3312	5.11 %	same as 3rgg
R_work	0.1545	-	-	-
obs	0.1563	64843	99.22 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→44.565 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4800	0	20	571	5391

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4930
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.29	6649
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.12	1870
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	760
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	849

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.69-1.7141	0.2118	115	0.2002	2150	X-RAY DIFFRACTION	84
1.7141-1.7397	0.2517	138	0.1877	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7397-1.7669	0.2352	135	0.1818	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7669-1.7959	0.2106	131	0.1841	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7959-1.8268	0.2093	148	0.1652	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8268-1.86	0.1952	149	0.1692	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.8958	0.1886	156	0.1678	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8958-1.9345	0.2288	142	0.1671	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9345-1.9766	0.2146	138	0.163	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9766-2.0226	0.201	141	0.1579	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0226-2.0731	0.1814	151	0.1614	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0731-2.1292	0.2026	128	0.1654	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1292-2.1918	0.1948	137	0.1607	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1918-2.2626	0.1761	136	0.152	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2626-2.3435	0.2189	136	0.1563	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3435-2.4373	0.1912	142	0.1605	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4373-2.5482	0.2099	132	0.173	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5482-2.6825	0.1706	121	0.1634	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6825-2.8506	0.2118	135	0.1636	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8506-3.0706	0.1857	137	0.1609	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0706-3.3795	0.2016	146	0.1558	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3795-3.8683	0.1909	148	0.1379	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8683-4.8727	0.1504	150	0.1274	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8727-44.5805	0.1764	120	0.1476	2721	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3189	-0.241	-0.0274	0.4466	-0.2697	0.3679	-0.3619	0.0983	0.8117	0.0683	0.0263	-0.2385	-0.4848	0.2816	0.0431	0.3717	-0.1325	-0.2136	0.1112	0.1344	0.6671	8.4109	-12.392	18.484
2	1.631	0.2858	0.4905	1.1514	0.2884	1.1435	-0.0136	0.1092	0.0558	0.0435	0.0819	-0.182	0.0559	0.2394	-0.0639	0.1022	-0.0018	-0.0108	0.2114	-0.0505	0.1682	24.6979	-41.9268	34.3469
3	1.2732	-0.2232	0.2409	0.9951	0.0571	1.0893	0.0477	0.0931	-0.0737	-0.0853	0.0621	-0.0809	0.2185	0.0609	-0.089	0.1531	0.0165	-0.0043	0.0979	-0.0153	0.1328	3.1278	-64.4588	13.5956
4	1.0746	-0.3219	0.3164	1.4913	-0.2371	0.9325	0.053	0.2209	0.218	-0.1642	-0.0579	-0.0623	0.0399	0.006	0.0068	0.1238	0.0109	0.0079	0.2264	0.0659	0.1602	-12.7279	-34.7156	-1.9947

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 159 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 1 through 158 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 1 through 158 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 1 through 159 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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