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- PDB-5c38: Crystal structure of AABB + UDP-C-Gal + DI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c38
タイトルCrystal structure of AABB + UDP-C-Gal + DI
要素Histo-blood group ABO system transferase
キーワードTRANSFERASE / Glycosyltransferase Deoxyinhibitor ABO(H) Blood-Group System Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding ...fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / nucleotide binding / Golgi apparatus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 6 / Glycosyltransferase family 6 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DA8 / : / Chem-URM / Histo-blood group ABO system transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Gagnon, S. / Meloncelli, P. / Zheng, R.B. / Haji-Ghassemi, O. / Johal, A.R. / Borisova, S. / Lowary, T.L. / Evans, S.V.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-77655 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: High Resolution Structures of the Human ABO(H) Blood Group Enzymes in Complex with Donor Analogs Reveal That the Enzymes Utilize Multiple Donor Conformations to Bind Substrates in a Stepwise Manner.
著者: Gagnon, S.M. / Meloncelli, P.J. / Zheng, R.B. / Haji-Ghassemi, O. / Johal, A.R. / Borisova, S.N. / Lowary, T.L. / Evans, S.V.
履歴
登録2015年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22015年11月18日Group: Database references
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.source / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histo-blood group ABO system transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7684
ポリマ－34,7261
非ポリマー1,0423
水4,720262
1
A: Histo-blood group ABO system transferase
ヘテロ分子

A: Histo-blood group ABO system transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5368
ポリマ－69,4522
非ポリマー2,0846
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area5400 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area21710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.510, 149.040, 79.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-728-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Histo-blood group ABO system transferase / Fucosylglycoprotein 3-alpha-galactosyltransferase / Fucosylglycoprotein alpha-N- ...Fucosylglycoprotein 3-alpha-galactosyltransferase / Fucosylglycoprotein alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-galactosyltransferase / Histo-blood group A transferase / A transferase / Histo-blood group B transferase / B transferase / NAGAT


分子量: 34726.070 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP resdiues 64-354 / 変異: L266M, G268A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P16442, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase, fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-URM / (((2S,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl)methyl)phosphonic (((2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphoric) anhydride / Uridine diphospho methylene galactopyranose


分子量: 564.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N2O16P2
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-DA8 / octyl 3-deoxy-2-O-(6-deoxy-alpha-L-galactopyranosyl)-beta-D-xylo-hexopyranoside / Alpha-L-Fucp-(1,2)-Beta-D-3-deoxy-Galp-O(CH2)7CH3


分子量: 422.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H38O9
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Grown in 1% polyethylene glycol (PEG) 4000, 4.5-5% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 100 mM ammonium sulfate, 70 mM sodium chloride, 50 mM N-[-acetamido]-2-iminodiacetic acid (ADA), 30 mM ...詳細: Grown in 1% polyethylene glycol (PEG) 4000, 4.5-5% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 100 mM ammonium sulfate, 70 mM sodium chloride, 50 mM N-[-acetamido]-2-iminodiacetic acid (ADA), 30 mM sodium acetate, 5 mM manganese chloride. Grown 5-10 days.

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→19.88 Å / Num. obs: 55396 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.26 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 237687 / Scaling rejects: 1784
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
1.45-1.53.450.3083.21897554941.0814100
1.5-1.563.580.2553.91976755101.074699.9
1.56-1.633.750.2154.72064954851.0468100
1.63-1.723.960.17462204255261.03164100
1.72-1.834.340.1318.12420455150.97289100
1.83-1.974.530.09211.12543955500.91303100
1.97-2.174.660.0714.82612555510.87233100
2.17-2.484.750.051202662055690.8518799.9
2.48-3.124.790.03826.32694555870.8519399.3
3.12-19.884.750.02248.22692156090.8628796.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREK9.4SSIデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
CrystalClear1.3.6 SP2 r1データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LZ0

1lz0


解像度: 1.45→6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 0.903 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1949 2811 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.1817 52585 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.09 Å2 / Biso mean: 14.088 Å2 / Biso min: 8.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2228 0 64 262 2554
Biso mean--17.18 25.96 -
残基数----277
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022398
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.9983260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.923.0033902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3795279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.31923.113106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.45415382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4011515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2520.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02505
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.485 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.483 169 -
Rwork0.503 3451 -
all-3620 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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