PDB-5c2c: GWS1B RubisCO: Form II RubisCO derived from uncultivated Gallione...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c2c

タイトル

GWS1B RubisCO: Form II RubisCO derived from uncultivated Gallionellacea species (unliganded form)

要素

Form II RubisCO

キーワード

LYASE / RubisCO / hexamer / metagenomics

機能・相同性

機能・相同性情報

ribulose-bisphosphate carboxylase / carbon fixation / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallionella (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Arbing, M.A. / Varaljay, V.A. / Satagopan, S. / Tabita, F.R.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Environ.Microbiol. / 年: 2016
タイトル: Functional metagenomic selection of ribulose 1, 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from uncultivated bacteria.
著者: Varaljay, V.A. / Satagopan, S. / North, J.A. / Witte, B. / Dourado, M.N. / Anantharaman, K. / Arbing, M.A. / McCann, S.H. / Oremland, R.S. / Banfield, J.F. / Wrighton, K.C. / Tabita, F.R.

履歴

登録	2015年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c2c.cif.gz	722.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c2c.ent.gz	604.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c2c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/5c2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/5c2c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5c2gC 4lf2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lf2-d 5hql-d 5c2g-d 5hao-d 5hk4-d 5hqm-1 5enp-d 5hjy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#11 - 2000年11月ルビスコ (Rubisco) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Form II RubisCO

B: Form II RubisCO

C: Form II RubisCO

ヘテロ分子

158 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Form II RubisCO

B: Form II RubisCO

C: Form II RubisCO

ヘテロ分子

A: Form II RubisCO

B: Form II RubisCO

C: Form II RubisCO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
317 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.220, 169.310, 76.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.20, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Form II RubisCO 分子量: 52712.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallionella (バクテリア) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0A0X1KHE5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 702 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	The authors state that the sample sequence is derived from an uncultivated bacterium and is not ...The authors state that the sample sequence is derived from an uncultivated bacterium and is not available in any database. The N-terminal amino acid sequence (MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH) is an expression tag.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: Protein buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% glycerol, 10 mM MgCl2, 20 mM NaHCO3. Protein concentration: 21 mg/ml. Crystals grew at 2:1 ratio of protein to reservoir solution (200 mM ...詳細: Protein buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% glycerol, 10 mM MgCl2, 20 mM NaHCO3. Protein concentration: 21 mg/ml. Crystals grew at 2:1 ratio of protein to reservoir solution (200 mM calcium acetate, 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 18% PEG 8000).

結晶

マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.13 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Protein buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% glycerol, 10 mM MgCl2, 20 mM NaHCO3. Protein concentration: 21 mg/ml. Crystals grew at 2:1 ratio of protein to reservoir solution (200 mM ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年6月4日 / 詳細: VariMax optics

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.09→49.363 Å / Num. obs: 85964 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 25.38 Å² / R_merge F obs: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_rim(I) all: 0.136 / Χ²: 0.963 / Net I/av σ(I): 12.95 / Net I/σ(I): 12.67 / Num. measured all: 640295

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.09-2.14	6.68	0.801	0.849	2.36	39282	6481	5877	0.92	90.7
2.14-2.2		0.907	0.627	3.41	45976	6266	6242	0.675	99.6
2.2-2.27		0.931	0.539	3.95	44672	6042	6031	0.58	99.8
2.27-2.34		0.951	0.437	4.82	43884	5938	5914	0.47	99.6
2.34-2.41		0.96	0.394	5.34	42347	5702	5677	0.423	99.6
2.41-2.5		0.966	0.355	5.84	41220	5551	5513	0.381	99.3
2.5-2.59		0.974	0.307	6.69	39914	5350	5320	0.33	99.4
2.59-2.7		0.981	0.258	7.9	38413	5135	5104	0.277	99.4
2.7-2.82		0.986	0.222	9.25	37123	4959	4920	0.238	99.2
2.82-2.96		0.99	0.174	11.35	35271	4693	4665	0.187	99.4
2.96-3.12		0.993	0.137	14.3	33809	4494	4471	0.147	99.5
3.12-3.3		0.995	0.113	16.86	32076	4271	4231	0.121	99.1
3.3-3.53		0.997	0.089	20.77	29847	3980	3946	0.096	99.1
3.53-3.82		0.997	0.073	25.28	28165	3737	3718	0.078	99.5
3.82-4.18		0.998	0.062	27.68	25604	3432	3395	0.067	98.9
4.18-4.67		0.998	0.053	31.91	23361	3136	3113	0.057	99.3
4.67-5.4		0.998	0.052	31.76	20716	2730	2717	0.056	99.5
5.4-6.61		0.998	0.059	29.18	17681	2330	2315	0.063	99.4
6.61-9.35		0.999	0.043	36.16	13768	1817	1808	0.047	99.5
9.35-49.36		0.999	0.037	41.78	7166	1013	987	0.04	97.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LF2

4lf2

解像度: 2.09→49.363 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1992	4296	5 %	Random selection
R_work	0.1669	-	-	-
obs	0.1685	85948	99.03 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→49.363 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10080	0	7	702	10789

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	10338
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.741	14011
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.186	3685
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	1464
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1858

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0901-2.1138	0.377	118	0.3701	2232	X-RAY DIFFRACTION	80
2.1138-2.1387	0.2467	144	0.2256	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1387-2.1648	0.2614	142	0.2203	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1648-2.1922	0.2212	146	0.2149	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1922-2.221	0.2488	141	0.2036	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.221-2.2515	0.2666	145	0.2043	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2515-2.2836	0.2312	146	0.2013	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2836-2.3177	0.2165	144	0.1962	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3177-2.3539	0.2346	143	0.1965	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3539-2.3925	0.2428	144	0.1889	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3925-2.4338	0.2223	143	0.1881	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4338-2.478	0.2603	146	0.1958	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.478-2.5257	0.2175	142	0.1901	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5257-2.5772	0.2207	142	0.1901	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5772-2.6333	0.226	146	0.1896	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6333-2.6945	0.2241	143	0.1841	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6945-2.7619	0.2252	144	0.1855	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7619-2.8366	0.1898	143	0.1777	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8366-2.92	0.23	144	0.1846	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
2.92-3.0143	0.1991	143	0.1794	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0143-3.122	0.2251	145	0.1662	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.122-3.2469	0.2187	144	0.163	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2469-3.3947	0.1869	144	0.1604	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3947-3.5736	0.1762	143	0.1531	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5736-3.7974	0.165	146	0.1348	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7974-4.0905	0.1518	143	0.1312	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0905-4.5019	0.1517	145	0.1219	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5019-5.1527	0.1424	146	0.1219	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1527-6.4896	0.198	145	0.1571	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4896-49.3767	0.1889	146	0.1621	2796	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6099	0.1369	-0.2134	0.3954	-0.1131	0.4484	-0.0447	0.1247	-0.1426	-0.1146	-0.0113	-0.0014	0.105	-0.0568	0.0576	0.2089	-0.0061	0.0033	0.1834	-0.041	0.2336	-25.4227	12.7898	19.411
2	0.5626	-0.0413	-0.1859	0.6365	-0.1661	1.6147	0.0289	0.1896	0.0382	-0.0809	0.036	0.1728	-0.0863	-0.4125	-0.0479	0.1944	0.052	-0.0382	0.2947	0.028	0.275	-45.6635	43.364	17.1524
3	1.132	-0.3567	-0.1333	0.4749	0.0902	0.3025	0.1173	0.2313	0.245	-0.128	-0.0273	-0.0284	-0.1522	-0.068	-0.0817	0.3049	0.0439	0.0301	0.2278	0.0719	0.3011	-27.9574	67.7251	17.564

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)