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- PDB-5byu: Crystal structure of unnamed thioesterase Ipg2867 from Legionella... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5byu
タイトルCrystal structure of unnamed thioesterase Ipg2867 from Legionella pneumophila
要素Thioesterase
キーワードHYDROLASE / Thioesterase / hotdog fold / 4HBT
機能・相同性Thioesterase-like superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta / COENZYME A / Thioesterase
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Swarbrick, C.M.D. / Forwood, J.K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of unnamed thioesterase Ipg2867 from Legionella pneumophila
著者: Swarbrick, C.M.D. / Forwood, J.K.
履歴
登録2015年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioesterase
B: Thioesterase
C: Thioesterase
D: Thioesterase
E: Thioesterase
F: Thioesterase
G: Thioesterase
H: Thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,53812
ポリマ－121,4688
非ポリマー3,0704
水3,207178
1
A: Thioesterase
B: Thioesterase
C: Thioesterase
D: Thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2696
ポリマ－60,7344
非ポリマー1,5352
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8770 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21260 Å2
手法PISA
2
E: Thioesterase
F: Thioesterase
G: Thioesterase
H: Thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2696
ポリマ－60,7344
非ポリマー1,5352
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8810 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.140, 99.630, 112.142
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Thioesterase


分子量: 15183.446 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg2867 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 DE3 pLysS / 参照: UniProt: Q5ZRL4
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 40 mM citric acid, 30 mM bis-tris propane, 14% PEG 3350 and 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→35 Å / Num. obs: 40946 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2034: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QY3

3qy3


解像度: 2.4→34.998 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.57 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2456 2144 5.24 %Random
Rwork0.229 ---
obs0.2314 40927 96.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→34.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7871 0 192 178 8241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1911256
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6983022
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061387
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4008-2.45660.28361230.31222581X-RAY DIFFRACTION90
2.4566-2.51810.32151430.3012511X-RAY DIFFRACTION92
2.5181-2.58610.2921340.28442607X-RAY DIFFRACTION91
2.5861-2.66210.25451260.292570X-RAY DIFFRACTION93
2.6621-2.7480.29311170.27982583X-RAY DIFFRACTION92
2.748-2.84620.29691490.28032596X-RAY DIFFRACTION92
2.8462-2.960.30251380.27452551X-RAY DIFFRACTION92
2.96-3.09460.30351490.26392589X-RAY DIFFRACTION91
3.0946-3.25760.24441380.24822586X-RAY DIFFRACTION92
3.2576-3.46140.2431460.23222553X-RAY DIFFRACTION92
3.4614-3.72820.25151510.21022600X-RAY DIFFRACTION92
3.7282-4.10250.241450.19862604X-RAY DIFFRACTION92
4.1025-4.69420.17471290.16392581X-RAY DIFFRACTION92
4.6942-5.90670.22841320.18612634X-RAY DIFFRACTION93
5.9067-29.90110.21831550.21222648X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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